Israel's Covid-19 end game: Lockdown + Rapid vaccination

Israel is the first to enter a 3rd lockdown but is also #2 in vaccines per capita with 2.4% vaccinated and a daily date of 1.1%

This strategy may end our Covid-19 fatalities by March. We modeled how this may play out

>>>
First, how did we reach a 3rd wave and 3rd lockdown?

Simple: we never ended the 2nd wave and still carry the burden of those mistakes:

Numbers were still high when we exited 2nd lockdown
And we repeated the same mistakes of the second wave. When cases started rising in specific sectors, first the Arab sector, then the orthodox, we didn't put enough measures in these peak areas, so eventually it spread to all sectors and all cities
A current concern is the recent rapid rise in the orthodox population, reaching an unprecedented R of 1.89, meaning doubling cases every 4 days

We never saw such rapid rise at high baseline numbers. The reason is unclear and one options that must be examined is the UK variant
All of this led to our third lockdown

We analyzed how this will play out on cases, critically ill, and deaths, given the vaccines

Our centralized healthcare system allows rapid vaccination: 2.4% of the population has been vaccinated and starting 12/27, it will be 1.1% per day
This can be dramatic. Israel has ~1.4 million people above age 60 so at >100K vaccines per day they can all be vaccinated in ~14 days

Since they account for 92% of deaths and 74% of critically ill, this can lower deaths 10-fold and critically ill 4-fold
Our modeling assumptions were:

-- 100K daily vaccinated from 12/27

-- 60+ vaccinated first (current strategy)

-- Vaccines effective 14 days after first dose, at 95% for symptoms and 65% for infectivity

-- Only 80% of people will agree to get the vaccine
The results:

Assuming a 3rd lockdown effective as the 2nd in terms of R, we reach a peak in mid-Jan. of ~6000 daily cases, ~900 critically ill, and 1100 additional deaths until March

But by March, there should be very few critically ill patients and no more rise after that
We also modeled continuing without a 3rd lockdown

Vaccinations at our rate are so effective, that at current realistic estimates of R being 1.2 or 1.25 we could get by without a lockdown, albeit with more deaths

Comparison of scenarios with different R values from 1.2 to 1.3
Bottom line: The combination of a lockdown and a daily vaccination rate of 1.1% of the population may end most Covid-19 fatalities in Israel by March
Great work by my students @H_Rossman, @tomer1812, @smadarshilo

And special thanks to @GorfineMalka and @ShalitUri with whom we collaborated on our model from cases to hospitalizations

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Eran Segal

Eran Segal Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @segal_eran

26 Dec
קצב החיסונים המהיר משנה דרמטית את התמונה

ניתחנו מה צפוי (מאומתים, קשים, נפטרים) בתרחיש:
1. הסגר המתוכנן
2. ללא סגר

מדגיש שאלו תרחישים שתלויים בהנחות על קצב החיסון ומקדם ההדבקה

תחת הנחות שהן לדעתנו ריאלויות (תרחישים 2a ו-2b), לא חייבים סגר, אבל יש לזה מחיר בחיי אדם

>>>
הנחנו:

-- חיסון האוכלוסייה בקצב של 100,000 ליום החל מה-27 לדצ׳

-- אנשים מעל גיל 60 יחוסנו ראשונים

-- החיסון יהיה יעיל שבועיים לאחר מתן המנה הראשונה

-- יעילות החיסון 95% במניעת תחלואה קשה, ו-65% במניעת הדבקה

-- רק כ-80% מהציבור בכל שכבת גיל יבחר להתחסן
בחלופה של הסגר שמתחיל מחר, ובהנחה שיעילותו תהיה דומה לסגר השני, יצא לנו ששיא התחלואה יהיה באמצע ינואר ומשם תתחיל ירידה בתחלואה. בשיא יהיו כ-6000 מאומתים, 900 חולים קשה בבתי החולים ועוד כ-1100 נפטרים מקורונה עד מרץ
Read 10 tweets
5 Dec
התחלואה עולה, אבל בקרוב מתחילים לחסן

מה עושים?

ניתחנו שתי חלופות מבחינת השפעתן על מאומתים, חולים קשה, ונפטרים:

1. סגר מונע החל משבוע הבא

2. המשך המאמצים (שהנחנו שלא יצליחו) להורדת התחלואה בלי הגבלות נוספות, והורדת התחלואה בעזרת החיסון

>>>
את הניתוחים עשינו בעזרת מודל מלא של תהליך המחלה של אדם מאבחון PCR חיובי, והערכת הפרמטרים נעשתה לפי נתונים היסטוריים של כלל המאומתים בישראל

המודל פותח עם @GorfineMalka @ShalitUri @jonathansomer1 @RomGutman Asaf Ben Arie
@H_Rossman @tomer1812

פירוט:

>>> Image
בחלופה 1 הנחנו:

סגר ב-11 בדצמבר, דומה לשני אבל עם בתי הספר פתוחים בערים ירוקות

השפעת הסגר על התחלואה תהיה דומה לסגר השני, גם ביציאה מהסגר

התעלמנו מהשפעת החיסון בארבעת החודשים הקרובים

והתוצאות?

>>>
Read 11 tweets
20 Oct
Second lockdown?

In Israel, the first to impose a 2nd lockdown:

1. Surprisingly, the 2nd lockdown worked faster and more effectively than the 1st, despite being less tight

2. The effect differed across subpopulations, suggesting that differential policies may be effective
Lockdown is always indicative of failure to manage the pandemic

In Israel, managing the pandemic based on the capacity of the healthcare system was the one major mistake from which all else followed

Define a capacity and you will reach it, at record levels and high death toll
I summarised the mistakes, and what happened in the second wave here:

Read 19 tweets
18 Oct
באופן שהפתיע את כולם, ברמה הארצית, קצב הירידה בסגר השני מהיר יותר מבסגר הראשון

הירידה החלה גם מוקדם יותר. 10 ימים אחרי הסגר השני כבר ראו ירידה במאומתים לעומת 20 יום שלקח למאומתים לרדת אחרי הסגר הראשון

אבל ההבדל בין המגזרים מאד גדול

@guyzo @KerenMarc @Nadav_Eyal @RonnyLinder ImageImage
לגבי ההבדל בין המגזרים:

ערב הסגר הראשון, כמעט כל המאומתים היו במגזר הכללי

כמעט שלא היו מאומתים במגזר החרדי והעליה שם התחילה רק אחרי הסגר

במגזר הערבי כמעט שלא היו מאומתים לאורך כל הגל הראשון

>>> ImageImageImage
במגזר החרדי:

ערב הסגר הראשון, לא היו כמעט מאומתים. העליה במאומתים החלה רק אחרי הסגר, והירידה החלה 20 יום אחרי הסגר

בסגר השני, היו כבר הרבה מאומתים, העליה המשיכה אחרי הסגר, והירידה החלה 19 יום אחרי הסגר, בקצב מהיר יותר מהסגר הראשון ImageImage
Read 5 tweets
14 Oct
Lesson from Israel: Do not open schools with a high number of daily cases and high infection rates (R around 1). This will fuel a further surge

Analysis of two populations (secular and orthodox) who opened schools at different times, reaching similar outcomes >>>

@EricTopol
In the secular (non-arab, non-orthodox) population:

1. Surge started a few days after school opening

2. Rise started in kids (including 0–10 years of age), and only then spread to the adults

3. The spread was faster in kids than adults and was highest in kids 0–10 years of age Image
Here is the growth rate R:

R>1: Pandemic spreads
R<1: Pandemic contracts

When we opened schools, R was around 1, and the pandemic was stable, albeit at a high number of cases

The highest rate of spread was two weeks after opening schools, in kids 0–10 years of age Image
Read 5 tweets
12 Oct
Our new paper on using >2 million national symptom surveys to devise an algorithm for predicting the probability of an individual to test positive for COVID-19 based on answers to 9 simple questions (age, gender, and symptoms)

cell.com/med/fulltext/S… Image
We validated our model on held-out individuals from Israel (auROC of 0.737) and on independently-collected dataset from the U.S., U.K. and Sweden by @timspector Image
We find that loss of taste and small is the most distinctive symptom for predicting a positive COVID-19 test

We find interactions between several symptoms and age, suggesting variation in the clinical manifestation of the disease in different age groups Image
Read 6 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!