Nowcasting para óbitos no Brasil

Com os dados do opendatasus já organizados pela equipe de nowcasting do @obscovid19br (valeu @rafalpx )

Total de óbitos por SRAG-COVID corrigidos com atraso: 193.757 (190.030; 200.229)
Se olharmos a série de óbitos por SRAG corrigindo os atrasos já estamos com 269.774 (265.777; 276.123) vidas perdidas.

As figuras são muito parecidas, mas não são as mesmas.
Temos 270 mil óbitos por SRAG, desses 193 mil com confirmação confirmação.

Vale lembrar que desde março, nosso grupo (e acredito que muitos outros grupos tb) vêm afirmando que a maioria dos casos de SRAG são causados pela COVID-19.
Tem outros vírus rolando? Certamente, mas numa proporção muito mais baixa. Mais baixa que o usual pois as medidas de proteção para a Covid (mascara e distanciamento físico) são muito mais eficientes para os virus respiratórios usuais (Influenza, VSR, adenovirus, etc)
O total oficial de óbitos por Covid (MS): 196.561.

Estamos muito perto da triste barreira dos 200 mil óbitos oficiais por Covid no país. E o ministério ainda não reconhece a transmissão pelo ar!

Detalhes técnicos:

O modelo de nowcasting está descrito em Bastos et al. (2019) (onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.10…)

Nesse caso eu removi as duas ultimas semanas por conta dos feriados e atrasos distintos nessa época por troca de mandato, e fiz uma previsão para essas duas semanas.
Adicionando essa matéria sobre subnotificao. Olha que não estamos incluindo a subnotificacao no modelo, só o atraso de notificacao.

Minha intencao é abrir o código (ja é aberto desde 2019 como material suplementar do paper). Mas vou colocar no git um codigo minimalista pra replicar o nowcasting de obitos e fazer analise por estados. Me falta paciencia pra fazer algo visual, tomara que alguem se anime.

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1 Jan
Se a nova variante for confirmada mais transmissível, apesar dela não ser mais letal ela é mais mortal. Wait... what?
Numa conversa com a @mellziland ela sugeriu que eu escrevesse um fio explicando a diferença de letalidade e mortalidade, e porque essa variante pode ser mais mortal.
Olhando o dicionário do google dá pra entender de onde vem a confusão. Então vamos lá, aqui estamos falando de conceitos epidemiológicos, e é bom sempre serem definidos.
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31 Dec 20
Seria bom saber algum informação desses casos. Em particular, o histórico de viagem. Pois se for caso autóctone é mais preocupante.

Vale lembrar que no ponto de vista populacional uma variante mais transmissível é muito pior que uma variante mais letal.
Individualmente é obvio que uma variante mais letal é pior. Mas uma variante mais transmissível ao infectar mais gente vai implicar em mais hospitalizações e óbitos.
Pq sera que eu nao estou surpreso que a galera do @CaddeProject está por tras desse achado? Well done @nmrfaria, @estercsabino e Equipe.
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31 Dec 20
Um resultado relevante é que se sua distribuição a priori p(θ) for própria, então a posteriori p(θ|y) tb será própria O que vai te permitir fazer afirmações que vc não poderia fazer no mundo frequentista. Como p.e. dizer θ tem probabilidade 0.95 de pertencer ao intervalo de 95%.
Ou calcular, em algumas situações, a probabilidade da hipotese nula ser verdadeira. P(H0 ser verdade | y) = P(θ <= 0 | y). (Isso nao funciona se H0 for θ=t0).
E dai? Nossos modelos no infogripe sao bayesianos, com prioris proprias e podemos fazer calcular a probabilidade de uma cidade ter mais que X hospitalizações essa semana, ou estimar a probabilidade de uma cidade ou regiao estar em alta, estavel ou em queda.
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29 Dec 20
Super certo estamos no fim da fila, mas ainda ninguem se deu bem. Se a populacao de paises q iniciaram a vacinacao achar q as vacinas vao acabar com a epidemia rapidamente e voltarem ao antigo normal, então a situacao pode ficar pior do q seria se nao houvesse vacina. (Paradoxo)
Isso que falei vai valer pra ca qdo chegar alguma vacina. Vacina é só uma das formas de enfrentamento da epidemia. É a forna mais eficiente, isso é um fato, mas enquanto nao tiver um numero suficiente de imunizados a epidemia NAO estara controlada.
Nesse sentido a comunicacao tem um papel essencial. Mas sem vacina estamos falhando em comunicar formas eficientes de evitar surtos, já q é alto o numero de pessoas q seguem ignorando o distanciamento, uso incorreto de mascaras, afericao de temperatura no pulso, etc.
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17 Dec 20
Essa é a série de hospitalizações por COVID-19 para cada 100 mil habitantes nos 26 estados + DF. Excluí as últimas 4 semanas pois o nowcasting para casos de Covid ainda não está bom. No entanto, dado as noticías recentes, a expectativa para as última quatro semanas não é boa.
Todo mundo falou da situação do Amazonas que, de fato, foi muito ruim e foi o primeiro estado a chegar (próximo?) ao colapso do sistema de saúde. Mas percebam q outros estados como PA, CE, PE, SE, RJ e IMHO o pior deles DF também passaram por momentos muito difíceis.
Os estados da região Sul, e alguns outros estados, a mais de um mês atrás já estavam apontando uma retomada das hospitalizações. Percebam que os estados da região Sul, diferente dos outros estados, enfrentam hoje seu pior momento em termos de hospitalizações por Covid.
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16 Dec 20
Por que vacinar muitos é importante? Quantos sao muitos? Protecao individual versus coletiva? Papel dos antivaxxers?

Segue um fio.
Nenhuma vacina garante proteção a todos q a tomam. Existe uma chance de uma pessoa tomar uma vacina e nao gerar nenhuma resposta. Nesse caso, se a pessoa vacina eventualmente entra em contato com o virus ela vai se infectar.
Geralmente estamos falando de proporções baixas, mas por estarmos falando de populações temos grandes numeros. Lembrem se 1% de 200 milhões são 2 milhões!
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