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15 Jan, 5 tweets, 2 min read
Atualização (11/1), Até a semana 1 de 2021. Casos e óbitos semanais notificados como SRAG confirmados com COVID-19

Obitos notificadas: 191.000
Obitos estimados: 201.376 (197.090; 207.187)

Hospitalizações notificadas: 629.108
Hospitalizações estimadas: 664.430 (656.033 675.103)
Casos hospitalizados por SRAG-COVID no Brasil
Óbitos por SRAG-COVID no Brasil. Por esse previsão estamos no pior momento da epidemia em termos de óbitos. Em algumas semanas a gente pode confirmar isso. A estimativa pra semana 1/2021 é de 8730 (5176, 14239), o pico em maio foi de 7500 óbitos por semana.
Dessa vez seguindo a dica do @marfcg uso dados até a ultima semana epidemiológica de 2020, e faço uma previsão para a primeira semana de 2021, também conhecida como semana passada. Oh yeah, uma previsao para semana passada!
Modelo binomial negativo misto bayesiano com efeitos de tempo e atraso de notificacao implementado no INLA. (Bastos et al. 2019, Stats in Medicine)

Dados do opendatasus tratados e organizados pela excelente galera do @obscovid19br

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16 Jan
Óbitos por 100 habitantes (com correção de atraso) por estado. Image
Total de óbitos por estado Image
Óbitos por SRAG Image
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Leo Bastos, PhD 📈📉 Profile picture
13 Jan
Um pouco mais sobre os eventos graves num ensaio clínico, nao necessariamente no da coronavac. Qualquer ensaio clínico para covid.

Vamos supor que vamos fazer um ensaio clínico com 10000 voluntários, dois grupos A e B. E um dos objetivos é comparar os grupos para um evento raro.
No caso da Covid, hospitalizacao e óbito. Baseado no que a gente sabe até agora, em 10 meses de epidemia no Brasil (corrigindo atraso) tivemos até então:

645 mil hospitalizações por SRAG-COVID
200 mil óbitos por SRAG-COVID
Em um estudo com 10 mil voluntários na população, dividos em dois grupos de 5000, esperaríamos em 10 meses de estudo 15 hospitalizações e 5 óbitos em cada grupo.

O estudo precisaria ser muito maior para podermos diferenciar com segurança estatística os dois grupos.
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Leo Bastos, PhD 📈📉 Profile picture
13 Jan
Sobre o estatiquês da divulgação da Coronavac de ontem (12/1).

Ele usaram um modelo de Cox para estimar a razao de incidências (HR hazard ratio) para diferentes desfechos, e calcularam a eficacia de cada desfecho usando:

Eficacia = 1 - HR.

Warning: Fio bastante matemático.
Antes de continuar, deem uma olhada no excelente fio do Otavio

Os desfechos são o tempo até o evento, onde 3 eventos foram apresentados: (i) caso de Covid confirmado (com eficácia de 50%); (ii) casos de Covid que buscou assistencia (78%); e (iii) casos hospitalizados (100%). Vou chamar de evento pra facilitar a vida. Image
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5 Jan
Nowcasting para óbitos no Brasil

Com os dados do opendatasus já organizados pela equipe de nowcasting do @obscovid19br (valeu @rafalpx )

Total de óbitos por SRAG-COVID corrigidos com atraso: 193.757 (190.030; 200.229)
Se olharmos a série de óbitos por SRAG corrigindo os atrasos já estamos com 269.774 (265.777; 276.123) vidas perdidas.

As figuras são muito parecidas, mas não são as mesmas.
Temos 270 mil óbitos por SRAG, desses 193 mil com confirmação confirmação.

Vale lembrar que desde março, nosso grupo (e acredito que muitos outros grupos tb) vêm afirmando que a maioria dos casos de SRAG são causados pela COVID-19.
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Leo Bastos, PhD 📈📉 Profile picture
1 Jan
Se a nova variante for confirmada mais transmissível, apesar dela não ser mais letal ela é mais mortal. Wait... what?
Numa conversa com a @mellziland ela sugeriu que eu escrevesse um fio explicando a diferença de letalidade e mortalidade, e porque essa variante pode ser mais mortal.
Olhando o dicionário do google dá pra entender de onde vem a confusão. Então vamos lá, aqui estamos falando de conceitos epidemiológicos, e é bom sempre serem definidos.
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Leo Bastos, PhD 📈📉 Profile picture
31 Dec 20
Seria bom saber algum informação desses casos. Em particular, o histórico de viagem. Pois se for caso autóctone é mais preocupante.

Vale lembrar que no ponto de vista populacional uma variante mais transmissível é muito pior que uma variante mais letal.
Individualmente é obvio que uma variante mais letal é pior. Mas uma variante mais transmissível ao infectar mais gente vai implicar em mais hospitalizações e óbitos.
Pq sera que eu nao estou surpreso que a galera do @CaddeProject está por tras desse achado? Well done @nmrfaria, @estercsabino e Equipe.
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