Sulkutoimista, niiden hyödyistä, haitoista, ja ajoituksesta puhutaan nyt paljon. Tässä ketjussa pohdin, miten sulkutoimia käytetään strategisesti eikä paniikkinappulana. Mitä Suomen epidemian tukahduttaminen mahdollisimman pian ennakoivilla sulkutoimilla tarkoittaisi? 1/9
Sulkutoimia on kahdenlaisia: 1) tukahdutusstategian ennakoiva circuit breaker, jolla painetaan alkava epidemia nolliin (U-Seelanti, Australia), 2) hätä-lockdown sairaaloiden kriisiydyttyä, mitä helpotetaan heti kun akuutein kriisi on ohi - ja epidemia palaa (Belgia, UK ym.). 2/9
Tukahdutusstrategian ennakoivien sulkutoimien kesto on joitakin viikkoja, jonka jälkeen epidemian hallintaan riittävät testaa-jäljitä-eristä ym. kevyemmät toimet toisin kuin laajan epidemian aikana. Tämä on kuin laastarin repäisy kerralla pitkän nitkutuksen sijasta. 3/9
Tärkeä asia: me tukahduttajat emme suinkaan aja jatkuvia sulkutoimia, vaan haluamme niistä eroon mahdollisimman nopeasti (pl. toimet rajoilla)! Mitä myöhemmin toimitaan ja mitä pahempi epidemia, sitä raskaampia toimia tarvitaan sen pitämiseksi kurissa. 4/9
Suomessa puhutaan nyt sulkutoimista, jotka tehtäisiin pakon edessä niin myöhään kuin mahdollista. Perusteena olevat THL:n mallinnukset ovat epärealistisia ja vanhenivat hetkessä. Hallitus yrittää toki välttää hätä-lockdownin, mutta epidemian hallinta näyttää tosi vaikealta. 5/9
Skenaariot vuodelle 2021: 1) Jatketaan länsimaiden kyseenalaiseksi osoittautunutta strategiaa: kärvistellään nykyisten tai pahempien rajoitusten kanssa vähintään 6 kk ja ehkä n. 10kk. Jossain vaiheessa ehkä hätä-lockdown kun rokotteet ei pysy varianttien vauhdissa. 🤒💸💀🤯 6/9
2) Päivitetään strategiaa: tehdään n. kuukauden circuit breaker, jonka kansa jaksaa kun on selvä tavoite ja rajallinen kesto. Sen jälkeen rajatoimet, testaa-jäljitä-eristä, kevyemmät suojatoimet mahdollistavat normaalimman elämän kunnes lopulta rokotesuoja on riittävä. 7/9
Mutta estävätkö oikea-aikaisuuteen velvoittavat lait tukahduttamis-sulkutoimet ilman suurta akuuttia hätää? Scheininin mukaan ei: jos tavoitteena tukahdutus, oikea aika on nyt. Muidenkin juristien soisi miettivän ratkaisuja eikä syitä estää toimet. 8/9
Ennakoiva sulku olisi toki koettelemus kevään kaltaisine toimineen. Mutta olenko naiivi ajatellessani, että suomalaiset lähtisivät mukaan yhteiseen kansalliseen projektiin, kun tavoitteet ja kesto on selvät? Sitten juhlittaisiin pääsiäistä ja koulujen päättäjäisiä yhdessä! 9/9
Tässä muuten hyvä ketju ja blogikirjoitus näistä malleista. Ne ovat toimenpidesuositusten tekemisessä ja vaihtoehtoisten koronastrategioiden arvioinnissa täysin hyödyttömiä.
Suomen koronatoimissa on edistystä, mutta selvän tavoitteen puuteen lisäksi ongelmana on keinovalikoiman jämähdys viime kevään raskaisiin, isoja haittoja aiheuttaviin työkaluihin. Lisätehoja torjuntaan voisi puristaa monesta paikasta. Ketju:
Yleinen ongelma on ilmalevitteisten tartuntojen vähättely. Käsienpesu on hyvä juttu, mutta pintatartunnat ovat tutkimusten mukaan aika pienessä roolissa. Jos pestään pintoja mutta unohdetaan ilmanvaihto ja maskit, on luotu väärää turvallisuuden tunnetta. theatlantic.com/ideas/archive/…
Maskin käyttö on mitä sattuu. Nyt pitäisi valjastaa kaikki voimat maskien saamiseksi käyttöön kaikissa julkisissa sisätiloissa. Vatuloinnin aika on ohi. Jos suositukset ei riitä niin pakolla sitten. Lisäksi Suomessakin pitäisi edistää FFP2-maskien käyttöä isomman riskin paikoissa
I'm excited to share our new preprint, led by my postdoc @g_dafni and @beryl_bbc in collaboration with Garrett Garborcauskas, @dgmacarthur, @nanopore and others: Transcriptome variation in human tissues revealed by long-read sequencing.
We introduce the largest long-read transcriptome sequencing data from human tissues, from GTEx samples. The ONT technology provides an exciting opportunity for improved analysis of the real biological unit of the transcriptome: transcripts - not genes or splice junctions. 2/8
We identified about 100K novel transcripts that validate well in proteome data and are enriched for tissue-specific expression and capture biological signals. This is an important extension of human transcript annotations and shows promise for the future. 3/8
Epidemian tukahduttamisen vaikein kohta on ollut matkustuskontrolli, mutta nyt Suomesta on tehty saari. Tätä tilaisuutta ei saa hukata: jos tartunnat painetaan nyt nollan tuntumaan, Suomen sisällä selvitään kevyillä rajoituksilla nykyiseen löysän hirren ankeuteen verrattuna. 1/5
Tartuntojen painaminen alas vaatii hetkellistä tiukennusta. Ongelma-alueilla muutamaksi viikoksi ravintolat ym. kiinni, etäkoulu - ja sitten helpottaa. Harvat tartuntaketjut voidaan nitistää paljon tehokkaammin testaa-jäljitä-eristä -täsmätoimilla, nyt kun rajavuoto pienenee. 2/5
Epidemian tukahdutettuamme riittävät kevyemmät toimet rokotekattavuuteen asti. Konsertit, harrastukset, pienet juhlat ym. takaisin - edelleen testeistä, maskeista ja etäisyyksistä huolehtien. Kevät voi olla nykyistä ankeutta tai kesän kaltaista varovaista mutta vapaata elämää.3/5
Mielenkiintoisia koronaskenaarioita VM:ltä. TL;DR: Nopeisiin, päättäväisiin toimiin kannustetaan 👍, mutta tukahdutus on jätetty arvioinnista pois, ja epidemian jojoilu näyttäytyy siten ideaalina 🤦♀️. Ketju 👇 vm.fi/-/10616/hallit…
On hienoa, että on mallinnettu sekä taloudellisia, terveydellisiä että sosiaalisia vaikutuksia. Epidemian laaja leviäminen (skenaariot 2 ~Ruotsi?, 3 ~Belgia?) näyttäytyy huonoina vaihtoehtoina. Monia hyviä pointteja nostettu esiin - monet jo @eroonkoronasta muistioissa 😉 2/6
Tähän tarkasteluun valituista tiukin on skenaario 1: "riittävillä" ja toistuvilla rajoituksilla pidetään tehohoidon tarve alle 50. Tällaista jojoilua me olemme aiemmin kutsuneet on/off-malliksi. Tässä ei tehdä poliittisia valintoja, mutta tämä näyttäytyy Suomen ideaalitienä. 3/6
Koronan esiintyvyys on nyt Helsingissä suunnilleen sama kuin New Yorkissa ja kasvaa nopeammin. Mutta homma saataisiin siellä helposti haltuun, jos jaksaisitte edes muutaman viikon elää kuten me täällä elämme vuoden päivät. Ketju newyorkilaisten arjesta:
Aluksi: Kaupungit ovat monin tavoin hyvin erilaisia, enkä tietenkään kannata New Yorkin toimien omaksumista Helsinkiin sellaisenaan. Muista maista ja kaupungeista voi kuitenkin saada perspektiiviä omaan menoon:
Työt: Etätöitä tekevät suunnilleen kaikki siihen kykenevät maaliskuusta ainakin ensi kesään. Työpaikoilla on oireseulontaa ja maskipakko paitsi jos on oma työhuone. Kokouksia ei pidetä kasvotusten. Itse olen maaliskuun jälkeen tavannut osaa tiimistäni livenä pari kertaa puistossa
Happy to share our new preprint, led by @silvakasela & UCSF's Stephanie Christenson! We analyzed genetic and non-genetic factors affecting the expression of COVID-19 relevant genes in the large airway epithelium, leveraging respiratory disease cohorts.🧵: medrxiv.org/content/10.110…
Back in March, we realized with lung disease collaborators that we have very relevant data on our hands: bronchial epithelium RNA-seq from lots of pre-COVID samples from 3 cohorts. Could this inform how COVID-19 risk factors affect molecular and cellular processes of infection?
We discovered that expression of ACE2 increases with obesity & hypertension - known COVID risk factors - in addition to previously known smoking. Reassuringly, we confirm that ACE2 increase with inflammation is driven by a truncated, non-binding isoform, as recently reported.