Un variant détecté en Bretagne sous surveillance.

« L’analyse moléculaire (...) met en évidence un nouveau variant (dérivé du clade 20C) porteur de 9 mutations dans la région codant pour la protéine S mais également dans d’autres régions virales. »

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/dgs-ur…
« Une évaluation est en cours afin d’apprécier l’impact possible de ces modifications génétiques sur un défaut de reconnaissance par les tests virologiques conduisant à un sous-diagnostic et susceptible d’interférer avec la stratégie de dépistage et de [traçage] »
Il y avait eu un article sur ce variant dans la presse locale.

Merci à @jeanne_la_rouge pour le signalement (merci aussi aux autres, mais elle vous avait grillés).

letelegramme.fr/bretagne/covid…
Comme la science française est miraculeuse, on y apprenait tout de suite que « ce nouveau variant ne présente "aucune source d’inquiétude", insiste l’ARS. »
« Il n’y a aucun élément en faveur d’une plus forte transmissibilité ou sévérité", précisent les autorités sanitaires. »

Et ils trouvent ça en quelques jours chrono sur la base d'un foyer de contamination de 71 personnes. Trop fort, on attend avec impatience la prépublication.
« Ce qui nous a préoccupés, c’est le fait que des malades ont fait jusqu’à 4 tests PCR négatifs. »

« Autre sujet d’inquiétude : plusieurs malades avaient déjà contracté le virus classique une première fois. »

Bref, "variant à suivre". On verra ce que ça donne.
« "Une des pistes, c’est que le virus transite de manière plus rapide entre les voies respiratoires supérieures et les voies respiratoires inférieures", a avancé Alain Tertre, responsable de la cellule régionale de SPF. "Mais ce sont des hypothèses" »

20minutes.fr/societe/300001…

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11 Mar
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 2 au 8 mars).

La France était à 220,4 jeudi dernier (221,6 après consolidation), aujourd'hui elle est à 223. Image
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/ Image
Le taux d'incidence par région.

Augmentation en Corse, hausse plus légère en Bretagne, Normandie et Île-de-France. Image
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25 Feb
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 16 au 22 février).

La France était à 190 jeudi dernier (192 après consolidation), aujourd'hui elle est à 214.
Vue relative, pour distinguer le catastrophique du très mauvais.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
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25 Feb
« La compétition entre parasites est un processus plus intuitif. D'une certaine manière, les parasites "consomment" des ressources de leur hôte et si un hôte est infecté par plusieurs parasites, ceux-ci peuvent entrer en compétition pour une même ressource.
(...) Plus frappant, si l'on compare des souches de différentes virulences, on constate que plus une souche est virulente et plus elle gagne la compétition intra-hôte en s'appropriant plus de ressources.
(...) [Si une souche] est virulente et l'autre pas, la virulente se transmettra fortement, la bénigne se transmettra faiblement (...). Dans ce dernier cas, la souche moins virulente est clairement désavantagée (...).
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22 Feb
[Prépublication] Étude de cohorte (SIREN) sur 23 000 soignants au Royaume-Uni. Efficacité du Pfizer contre l'infection (symptomatique ou non) :

• 72% (95% CI 58—86) 21 jours après la première dose
• 86% (95% CI 76—97) 7 jours après la deuxième dose

papers.ssrn.com/sol3/papers.cf…
Ce résultat concerne la cohorte séronégative et sans PCR+ au départ (pas d'infection antérieure détectée, donc).

La souche dominante au moment de l'étude était B.1.1.7.
Leur modèle montre également que la cohorte séropositive avait déjà une protection de 90% (95% CI 88—92%), comparé à la cohorte séronégative, suite à l'infection naturelle.
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4 Feb
Carte du taux d'incidence par département (nombre de cas détectés pour 100 000 habitants sur les 7 derniers jours disponibles, ici du 26 janvier au 1er février).

La France était à 211,9 jeudi dernier (212,6 après consolidation), aujourd'hui elle est à 213,3.
Notez l'affaiblissement de la partition Ouest/Est (situation il y a 3 semaines à gauche, aujourd'hui à droite) : le mauvais s'est homogénéisé.
Le taux d'incidence par classe d'âge.

germain-forestier.info/covid/
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3 Feb
« Cette étude de jeunes recrues masculines des Marines trouve que la présence d'anticorps au SARS-CoV-2 confère un taux d'incidence de l'infection réduit de 82%. Le % d'infections symptomatiques était comparable entre les participants séro+ et séro- »

medrxiv.org/content/10.110…
« Parmi le groupe des séropositifs, les participants devenus infectés avaient des titres d'anticorps plus bas que les non infectés, et avaient plus de chances de ne pas avoir une activité neutralisante détectable des anticorps. »
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Read 4 tweets

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