Thread by @Panda31808732

« Pour éviter un risque de rebond épidémique cet été, il est préférable que la décrue actuelle des infections et hospitalisations soit maintenue pendant encore quelques semaines et que le rythme actuel de vaccination soit maintenu ou augmenté. »

modelisation-covid19.pasteur.fr/loosening/Mise…

Concernant la poursuite de la décrue de l'incidence, je ne retiendrais pas mon souffle…

covid19.apple.com/mobility

Les auteurs précisent bien : « Le modèle est construit en prenant en compte les caractéristiques du variant B.1.1.7 actuellement dominant. Il ne prend pas en compte l’émergence de variants qui pourraient partiellement échapper à la protection…

… conférée par l’infection naturelle ou la vaccination ou pourraient être plus transmissibles que B.1.1.7. La présence de tels variants sur le territoire français pourrait compliquer la situation. »

Concernant la situation dans les semaines à venir et cet été, on va probablement être, comme début 2021, dans un scénario de type « Attention, un train peut en cacher un autre ».

En l'espace de quelques mois, la campagne de vaccination a massivement augmenté l'immunité en population, et ça va continuer. À ce jour, 33,7% de la population a reçu au moins une dose et les intentions de vaccination dans les dernières enquêtes (SPF et Cevipof)…

… tournent autour des deux tiers des adultes, soit environ 50% de la population. Entre début 2021, où ~15% de la population avait été infectée et 0,1% vaccinée, et la fin de l'été, où on sera passés respectivement à ~50% et ~25-30% (avec recoupage partiel des deux catégories)…

… on aura donc eu une modification considérable du paysage dans lequel évolue le virus.

B.1.1.7, la souche actuellement dominante (>80% des infections), présente peu d'échappement immunitaire et les vaccins la tiennent bien (cf. Royaume-Uni et Israël).

On peut donc supposer que B.1.1.7 va être remplacée par des souches plus adaptées à un environnement d'immunité majoritaire en population — c'est par exemple ce que l'on commence à observer en Angleterre.

https://twitter.com/Panda31808732/status/1395693077247971328

On note déjà des signes de ce phénomène en France, avec l'augmentation de la fréquence des souches portant E484K, une mutation associée à l'échappement immunitaire (source = analyse de risque CNR/SPF liée aux variants du 19/05) :

Cf. également :

https://twitter.com/Panda31808732/status/1394764416302919688

Les autres variants préoccupants — B.1.351, P.1 et B.1.617 — pourraient donc être les prochains candidats pour devenir dominants ; ou bien un autre variant que la France importera fatalement par le tourisme ; ou qu'elle produira elle-même.

[Le délire du laissez-circuler a déjà produit 3 variants en France : A.27 (Mondor), B.1.616 (Bretagne) et B.1.622 (La Réunion). Aucun n'a percé, mais plus on joue à la roulette avec l'évolution, plus on risque de perdre.]

Avec la vaccination, le vivier d'hôtes à disposition du virus se répartit entre :

(1) les vaccinés
(2) les non-vaccinés présentant de l'immunité naturelle suite à une infection passée
(3) les naïfs : ni infectés, ni vaccinés (il y aura en particulier beaucoup d'enfants ici)

L'effet n'est pas total, mais les données concordent sur le fait que la vaccination protège en partie contre l'infection. Une partie des vaccinés seront donc inaccessibles pour le virus, mais certaines souches pourraient mieux les exploiter que d'autres.

academic.oup.com/ofid/advance-a…

Diverses études ont montré une protection contre la réinfection de l'ordre de 80-90% dans les 6 mois qui suivent une infection. Mais ce niveau de protection, qui s'affaiblit a priori avec le temps, ne vaudra pas contre les souches échappant à l'immunité.

Ex. : dans les essais AstraZeneca et Novavax en Afrique du Sud, les séro+ avaient la même incidence cumulée que les séro- quant aux infections symptomatiques par B.1.351 (souche dominante là-bas en deuxième vague). Donc pas de protection suite à l'infection en première vague.

Sur les 14 à 16 millions de personnes infectées en France depuis le début de la pandémie, il y en aura bien quelques millions qui refuseront le vaccin. Ces ex-infectés non-vaccinés pourront donc être réinfectés par telle ou telle souche à échappement immunitaire.

En supposant que le succès de B.1.617.2 au Royaume-Uni repose au moins en partie sur cet échappement immunitaire, ce variant pourrait aussi devenir un problème cet été. Outre le Royaume-Uni, on le trouve déjà à nos portes en Allemagne, en Suisse…

La France étant une passoire totale avec une surveillance génomique faiblarde (2 enquêtes Flash par mois avec des sous-échantillons régionaux limités, criblage incapable de distinguer certains variants à cause de mutations communes), on n'arrivera pas à l'intercepter.

Tout comme B.1.1.7 avait mis 4-5 mois à créer une vague d'ampleur, une souche à échappement immunitaire partant de très bas, voire de 0, mettrait du temps à produire une épidémie massive.

Ex. B.1.351 et P.1 représentaient 6,8 et 0,6% des génomes séquencés fin avril (Flash 8).

Si on rapporte ça à la taille réelle de l'épidémie, quelque part entre 20 et 25 000 infections par jour à la mi-mai, ça donne 1000 à 1500 infections/jour pour B.1.351 et une grosse centaine pour P.1, contre 16 à 20 000 pour B.1.1.7.

Les conséquences d'une éventuelle croissance exponentielle ne seraient donc pas immédiatement visibles, ce qui inciterait le pouvoir à se gargariser sur le fait que "la situation est maîtrisée," il y a de la place à l'hôpital, de toute façon on a le vaccin maintenant, etc., etc.

Bref, attention au premier train (rebond estival post-déconfinement de B.1.1.7) mais aussi au second (croissance exponentielle cet été d'une souche en échappement immunitaire qui pourrait ensuite provoquer une vague automnale-hivernale une fois la taille critique atteinte).