Thread by @OscarGenomics

El #SARSCoV2 muta y crea nuevas variantes, y lo hace desde que ocurrió el salto a nuestra especie.
El virus está sometido a una selección purificante o positiva.
¿Sabes qué implica esto?
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Las mismas mutaciones aparecen en diferente regiones, porque suponen una mejor adaptación del virus a su nuevo hospedador (nosotras/os). Son las que proporcionan mayor éxito reproductivo al virus y terminan siendo las más prevalentes.
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Hay 3 mutaciones que hasta el momento han supuesto un salto cualitativo en la pandemia:

D6⃣1⃣4⃣G en la proteína de la espícula,
R2⃣0⃣3⃣K y
G2⃣0⃣4⃣R, estas dos últimas en la nucleocápside.

Son el "núcleo" de una constelación de mutaciones que las acompañan.
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Sabemos que la espícula es la puerta de entrada del virus a la célula humana, así que no es de extrañar que haya habido una selección purificadora en el sitio de unión (RBD) de la espícula, favoreciendo aquellas mutaciones que son más eficientes en la infección.
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Esta mutación se detectó en la variante Alpha secuenciada por primera vez en el ReinoUnido y que contribuyó a su expansión a otras zonas geográfica, principalmente europeas. Pero que ha sido adoptada por todas las VOC (variants of concern).
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Las mutaciones de la nucleocapside, parecen dar una ventaja evolutiva para proteger al material genético del virus y asegurar su transcripción. Está región del genoma del SARSCoV2 parece acumular la mayor proporción de mutaciones positivas.
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El número de mutaciónes positivas en la Nucleocápside (N) es significativamente ⬆️ al de mutaciones en la Spike. La N es importante para la supervivencia del virus y su replicación. De hecho se ha propuesto como objetivo de algunas vacunas 💉. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15078946/
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También hay otras mutaciones que aparecen en otras regiones del genoma, que o bien no tienen ventaja evolutiva y simplemente son "accesorias". O bien han desaparecido porque suponían una desventaja para la adaptación del virus durante la pandemia.
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Al inicio de la pandemia (antes de Febrero de 2020), cuando todavía no éramos conscientes de lo que se nos venía encima, hubo un periodo de rápida diversificación del virus coincidente con su transmisión en cada región geográfica.
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A partir de Marzo de 2020, hubo una extinción masiva y una homogeneización de mutaciones (variantes) debida principalmente a los confinamientos. El confinamiento funcionó para frenar la expansión de algunas variantes.
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Esto ya lo vimos en un paper que publicamos dentro del consorcio SeqCovid medrxiv.org/content/10.110…
. Tras la relajación de las restricciones, se produjo una nueva diversificación de variantes, pero esta vez de forma más progresiva.
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Esta evolución tuvo un enorme componente regional, donde las mutaciones y variantes tuvieron un importante componente geográfico.

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¿Qué hubiese pasado sin confinamientos? No lo sabemos, pero posiblemente habría ocasionado una mayor y más rápida diversificación de las mutaciones y por tanto de la variantes. (*quizás*)
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En el año y medio que ha pasado de pandemia, el SARS-CoV-2 está adaptándose a los humanos. Parte de esta adaptación está basada en generar mutaciones que puedan favorecer una mayor transmisión del virus y que escapen de la respuesta de nuestro sistema inmunitario.
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¿Qué pasará a partir de ahora con las mutaciones? Pues es difícil de saber, y cualquier predicción que hagamos puede fallar.
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La transmisibilidad del virus es alta en comparación con otros virus respiratorios, lo que juega a favor de la supervivencia del virus, al igual que un periodo contagiador y asintomático relativamente largo en algunos individuos de la población.
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Aunque la mortalidad es relativamente baja en el conjunto global de las población, el virus es capaz de saturar el sistema sanitario y tener una alta letalidad en grupos de edades avanzadas de la población.
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Es poco probable que ocurran mutaciones en el virus q supongan un cambio drástico (mayor o menor) en su letalidad. La táctica del virus parece ser ⬆️ su capacidad infectiva, poco parece importarle lo que ocurra con la persona una vez que ha sido capaz de infectar a otra.
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Disclaimer: No confundir el lenguaje anterior con voluntad del virus. Los virus no tiene voluntad ni intención. Las mutaciones ocurren al azar por estrategia evolutiva.
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Cortar las cadenas de contagio con las medidas preventivas que conocemos y las vacunas siguen siendo las medidas principales para acabar con la pandemia. Pero hay que hacerlo rápido y todos.
En una pandemia tenemos que estar todos unidos y hacer una estrategia común.
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Todo esto y muchos más detalles técnicos en este artículo publicado en PNAS pnas.org/content/118/29….
(Con algunas cosas de mi cosecha, lo reconozco, así que tomadlas con cautela, y perdonad el lenguaje poco técnico en algunos tweets del hilo, motivados por facilitar el mensaje).

Y gracias a @Miss_Salmonella por hacerme llegar el paper 😉.
Por último, reivindicar la importancia de la epidemiología genómica y la secuenciación del genoma del #SARSCoV2. No solo en humanos, también en animales, donde se han visto mutaciones similares theconversation.com/nanoporos-secu…