Dvir Aran Profile picture
27 Jul, 9 tweets, 3 min read
Vaccine impact in Israel: changing trends. Analysis thread with @AArgoetti.
From about a month and a half ago we are experiencing a new “Delta” burst. Cases are accumulating, and more and more severe patients are in the hospitals.
You’ve probably seen reports from Israel on low vaccine effectiveness in this wave. Is it because of Delta? Waning immunity? We think the reason is mostly that we got the denominator wrong.
See this graph. Until mid-July, the number (normalized to group size) of severe cases in the 65+ group was more or less similar between vaccined and unvaccined. This seemed troubling. But in the last 10 days trends have changed,
and now there are almost 3 times more daily new unvaccined severe cases. Looking at this plot, it seems that the R in the vaccined group is very close to 1, but in the last 10 days its almost 4 in the unvaccined group. We think its as expected with no mitigations beyond vaccines.
So why does it look like there is no difference until mid-July? @AArgoetti looked at the trends of cases in cities stratified by their vaccination rates.
We can see that cities on the lower quartile had low number of cases until recently, but since mid-July, most cases are coming from those cities.
This is what we got wrong. This “wave” started from cities with high vaccination rate and couldn’t “find” unvaccined adults at risk. The denominator we need to use until mid-July is >95% vaccination rate and not the country’s average.
So to summarize, the vaccines are highly effective in preventing severe cases and probably also symptomatic diseases, even for those vaccinated early.
Just to correct one misconception from my thread - many of you understood that we think there is no waning immunity. This analysis does not reject the waning hypothesis, it just shows that the vaccines are still highly effective even with possible waning.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Dvir Aran

Dvir Aran Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @dvir_a

24 Jul
אז בעקבות הציוץ של @Nadav_Eyal ביום שישי ״זכיתי״ לחטוף את עוצמות הסחל׳ה של הטוויטר הישראלי. כיף. באמת מבאס שאנשים מרשים לעצמם להתבטא בצורה כזו ומשתמשים בתיבת תהודה עצמית כדי להוריד את רמת השיח לרמות תחתית. זה לא משהו שלא ידעתי, רק שזה באמת שונה שזה מכוון אליך.
אין לי עניין מיוחד לתת במה לגועל הזה, ולכן לא אשתף. אבל האמת שאני מרגיש שזה קצת מגיע לי כי כנראה בשבוע האחרון גם אני קצת התדרדרתי לרמת שיח לא מכבדת, ואני מבטיח לעשות מאמץ להימנע מזה להבא.
בואו נתמקד בעיקר. אולי הדבר המרכזי ביותר שצריך לעשות במחקר הוא להגדיר בצורה נכונה את קבוצת הביקורת. לשום ממצא אין ערך בלי השוואה נכונה לקבוצת ביקורת. כשמסתכלים על 235 סוגי ההטיות שהגדיר יואנידיס מגלים שרבות מהן קשורות לבעיה הזו של חוסר התאמה בין קבוצת ההתערבות ולקבוצת הביקורת.
Read 19 tweets
21 Jul
Waning immunity, take 2. More data from MoH. The plot speaks for itself. X-axis is the week of vaccination, y-axis is the relative risk for infection in last two weeks. Data suggests that early vaxxed risk for infection is doubled compared to late vaccinated. With @geller_mic.
What can explain this trend except waning?
Maybe early vaxxed are more aware of COVID-19 and get tested at higher rates. This can be tested by the MoH.
Read 4 tweets
21 Jul
Are we seeing immunity waning in Israel? The MoH shared some raw data, and together with @geller_mic we tried to get a qualitative answer to this question. TL;DR – it seems that there is immunity waning, increasing risk of infection of early vaccinated by ~80%. ==>
Several remarks before we start:
1. This is a qualitative analysis. We don’t have data on individuals, only very limited information shared by the MoH.
2. We are talking about immunity waning, not vaccine effectiveness. Delta may affect VE, but data here is independent of that
3. The analysis below is on the risk of infection, not severe disease. I wrote about VE of severe disease in a different thread.
4. This is twitter science, take it as it is. There are many assumptions and caveats to this analysis.
Read 17 tweets
20 Jul
האם יש דעיכה בחיסוניות? משרד הבריאות פרסם קצת מידע גולמי אתמול ויחד עם @geller_mic ניסינו לקבל הערכה איכותית לשאלה הזו. אמל״ק – יש, אבל זה לא כזה דרמטי (כרגע).
שתי הערות מקדמיות: 1. זו אנליזה איכותית. אין לנו נתונים על אנשים, רק המידע החלקי שמתפרסם ע״י משרד הבריאות. מתישהו כללית, מכבי ומשהב״ר יפרסמו את האנליזות שלהם. עד אז זה מה יש.
2. אנחנו מדברים פה על הדעיכה של החיסוניות, לא על היעילות מול דלתא.
3. זה ציוץ בטוויטר, לא מאמר מדעי...
אז אחרי שהבהרנו את זה, בואו נצלול למידע שהתפרסם. עד סוף ינואר 1.8 מליון איש קיבלו את המנה השניה. בנתונים אפשר לראות מה קרה לקבוצה זו של מתחסנים מוקדמים בשבועות האחרונים – כמה אימותים וכמה חולים קשה, מחולק לשתי קבוצות גיל.
Read 11 tweets
19 Jul
בואו נדבר שוב על נתב״ג. למה אני חושב שזה מקור כל הצרה?

אז קודם כל נתונים, מתחילת יולי (עד ה-17 לחודש) היו 9,169 מאומתים, מתוכם 922 הגיעו מחו״ל. תעשו את החשבון לבד. אם ה-R שלנו הוא 1.3, בלי מאומתי נתב״ג אנחנו ב-1.17, בערך חצי מהדרך להקטנת ההתפשטות.
אבל זה רק חישוב נאיבי. אין לי את המספרים המדויקים, אבל בהנחה שנכנסים 20,000 איש ביום לישראל, כ-0.25% מהחוזרים נושאים את הנגיף. באותה תקופה, הסיכוי היומי להדבק בכלל האוכלוסיה ~0.005%. זה יחס של פי 50.
כלומר, הסיכוי של חוזר מנתב״ג להיות חולה ולהדביק אחרים הוא פי 50 (!!!) מאשר אדם אקראי. גם אם יש תת-אבחון בישראל, זה מקסימום פקטור של 2, לא מתקרב ל-50.
Read 6 tweets
18 Jul
Finally, some data from Israel on vaccine effectiveness. Before we start, a couple of comments: 1. Almost all new infections in Israel are with the delta variant. 2. We don’t believe confirmed cases count since there are complicated incentives for testings.
The data that we look at is new severe hospitalizations by age group and vaccination status. Let's look at the numbers:

Since the start of July, there were 117 severe cases. Of them, 79 in ages 60+, 28 in ages 40-60 and 10 below 40.
> In the 40-60 group (blue), 8 of the 28 were vaccinated (29%). About 85% of this group is vaccinated, so this translated to ~90% effectiveness. More or less what we expect. Great. (below 40, there are 10 unvaccinated severe patients)
Read 9 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(