Finally, some data from Israel on vaccine effectiveness. Before we start, a couple of comments: 1. Almost all new infections in Israel are with the delta variant. 2. We don’t believe confirmed cases count since there are complicated incentives for testings.
The data that we look at is new severe hospitalizations by age group and vaccination status. Let's look at the numbers:
Since the start of July, there were 117 severe cases. Of them, 79 in ages 60+, 28 in ages 40-60 and 10 below 40.
> In the 40-60 group (blue), 8 of the 28 were vaccinated (29%). About 85% of this group is vaccinated, so this translated to ~90% effectiveness. More or less what we expect. Great. (below 40, there are 10 unvaccinated severe patients)
> In the 65+ group (red) 71 were vaccinated (90%). This looks much more troubling. What is going on here? According to the data, around 95% of this group are vaccinated, which would translate to ~50% effectiveness. Could that be an underestimate?
I think so. I think that there are more than 95% that are protected: that includes people outside the country (~2%), recovering of COVID-19 (~2%), and differences between sectors (the spread is now mostly in the general pop, not Arabs or ultraorthodox which are less vaccinated).
What does that mean? If the “real” background is 98% protected, it brings us towards ~80% effectiveness, which is probably what we would expect waning immunity in older population.
Another piece of information we received is the number of patients currently in severe conditions. In the 60+ group, there are 36 vaccinated and 10 unvaccinated. According to the data above in the last week, there were 34 new severe cases, only 2 unvaccinated.
If we assume all of them are still in severe condition, that will leave us with 4 vaccinated cases and 8 unvaccinated cases that are severe for over a week. In the 10 days before there were 37 vaccinated cases and 6 unvaccinated.
The conclusion from this is that vaccinated patients are improving much more rapidly from severe disease.
End.
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
בואו נדבר שוב על נתב״ג. למה אני חושב שזה מקור כל הצרה?
אז קודם כל נתונים, מתחילת יולי (עד ה-17 לחודש) היו 9,169 מאומתים, מתוכם 922 הגיעו מחו״ל. תעשו את החשבון לבד. אם ה-R שלנו הוא 1.3, בלי מאומתי נתב״ג אנחנו ב-1.17, בערך חצי מהדרך להקטנת ההתפשטות.
אבל זה רק חישוב נאיבי. אין לי את המספרים המדויקים, אבל בהנחה שנכנסים 20,000 איש ביום לישראל, כ-0.25% מהחוזרים נושאים את הנגיף. באותה תקופה, הסיכוי היומי להדבק בכלל האוכלוסיה ~0.005%. זה יחס של פי 50.
כלומר, הסיכוי של חוזר מנתב״ג להיות חולה ולהדביק אחרים הוא פי 50 (!!!) מאשר אדם אקראי. גם אם יש תת-אבחון בישראל, זה מקסימום פקטור של 2, לא מתקרב ל-50.
מסתבר שבמצגת ״מכלול אשפוז״ של משרד הבריאות יש נתונים על חולים קשה לפי סטטוס חיסון. יש כאן מספר קבוצות גיל. הנתונים על אחת הקבוצות מטרידים, ומצוינים על השניה. היה הרבה רעש על מחסור בנתונים בימים האחרונים (@rutihersh), אז נראה לי שזה שווה פוסט. נצלול למספרים -
נתחיל בקבוצת הגיל 41-65 (כחול). בקבוצה זו 28 חולים קשים, מתוכם בין 6 ל-11 לא מחוסנים (יש 5 עמודות בהן אין מספר בסוגריים), שזה 20-40%. בהנחה שכ-85% מקבוצה זו מחוסנים זה מתרגם ל-90-95% יעילות במניעת מחלה קשה. אחלה.
בקבוצת הגיל 65+ (אדום) ספרתי 79 חולים קשה, מתוכם 71 מחוסנים (בסוגריים) (90%). זה רק קצת פחות מאחוז המחוסנים בקבוצת גיל זו. נראה שהחיסונים לא יעילים במיוחד בקבוצה זו. נתון מטריד מאוד. מה יכולים להיות ההסברים? הנה רעיונות: 1. אם 98% מחוסנים בקבוצה הזו אז זה כן מתרגם ל80% יעילות.
למה זה קורה לנו? למה יש פה גל רביעי?
כשמסתכלים על התפשטות מחלה מסתכלים על ה-R האפקטיבי, כמה אנשים מדביק כל חולה. אחרי החיסונים הצלחנו להוריד את המספר הזה ל~0.7, וכך זה המשיך עד לכמעט אפס חולים. אז איך חזרנו ל-R~1.3? שרשור ארוך מדי על מחשבות שלי בנושא...
להורדת ה-R מה-R0 (יכולת ההדבקה של הנגיף ללא הגבלות וחיסונים) יש כמה סיבות שמשתלבות, לא רק חיסונים, וכדאי לדון מה התרומה שלהן למצב. לדעתי סיבות אפשריות הן (1) עליה של R0 בדלתא (כביכול יותר מדבק), (2) פריצת החיסון ע״י דלתא, (3) הורדת המסיכות, (4) ביטול התו הירוק,
(5) עליה מתמדת בהכנסת הנגיף מחו״ל, (6) מד ״פחד״ מהנגיף שגורם להגבלות אישיות וולנטריות. סביר שיש עוד סיבות, אבל זה מה שעולה לי לראש כרגע כבעל אפקט משמעותי.
איך יודעים שדלתא יותר מדבק מאלפא? ברור, תוך זמן קצר מאז שהתגלה הוא הוריאנט הפופולארי ביותר במדינות רבות. סחף גנטי מהיר קשור בדרך כלל ביתרון אבולוציוני, ויתרון אבולוציוני במקרה שלנו הוא ״יכולת העברה״. אבל זהו, לא בהכרח. היו איתי לשרשור ארוך שכולל בעיקר מחשבות =>
דלתא התפשט ברחבי הודו במשך תקופה ארוכה והדביק שם בתוך תקופה קצרה מעל 20 מליון איש (מזוהים, סביר שהרבה יותר בפועל). בגלל שיש כ״כ הרבה הודים, ובגלל שבחודשים אלו הוירולנטיות הכלל עולמית היתה בדעיכה, דלתא הפך לנפוץ באופן ממוצע: באפריל-מאי זוהו בהודו 17 מ׳ איש, בשאר העולם רק 23 מ׳ איש
בגלל מחסור חמור בשירותי בריאות, הודים רבים שנחשפו לנגיף בחרו לברוח מהודו למערב. הבריטים בחרו לא לעצור את הטיסות מהודו (נקיפות מצפון?) ונתנו לעשרות אלפי הודים שנחשפו לדלתא להיכנס למדינה. במצב שבו ה-R של וריאנט אחד מתחזק כל הזמן בגלל ייבוא מבחוץ הוא ישתלט מהר מאוד.
האם חיסוניות-עדר אפשרית? לפני כחודש רואינתי לכתבה הזו ב-@Nature. מסקנת הכתבת היא שחיסויות-עדר אינה סבירה. לדעתי, העדויות המצטברות דווקא מעידות שאנחנו כבר חצינו את החסם של חסינות עדר. (פוסט בעברית לבקשת @Meir_Rubin) --> nature.com/articles/d4158…
הכתבת מזכירה 5 סיבות: 1. לא ברור עם החיסון מונע העברה. אני חושב שיש כבר מספיק עדויות לכך שהחיסון כן מונע העברה, וברמה גבוה מאוד, כנראה באיזור ה-90%. 2. יש מדינות מחוסנות יותר ויש פחות ולכן לא ניתן להשיג שליטה גלובלית. תודה לאל, אנחנו ביותר.
3. הוריאנטים החדשים - בישראל כבר השתלט לחלוטין הוריאנט הבריטי, כך שמה שאנחנו רואים כבר כולל את השינויים שהוא מביא איתו (והוריאנטים האחרים כנראה לא מדבקים יותר, אפשר לדון בכך בנפרד).
Is herd-immunity probable? I was interviewed a month ago for this piece in @Nature. The conclusion of the reporter is that the answer is no. IMHO, with the emerging evidence coming from Israel the answer is YES! nature.com/articles/d4158…
Why? First, empirically, Israel opened almost everything and R is at ~0.66. Second, more evidence suggests that transmission-blocking is high (~90%). Third, immunization in Israel is already after the B.1.1.7 variant is dominating (>90%).
About a month ago @geller_mic posted this model on what vaccination rate required for herd-immunity. With no restrictions and R~4, we estimated it at 90%. Our mistake was that vaccines are probably highly protective against transmission.