Thread by @SaiyanBio

Une fois n’est pas coutume, je vais aborder un sujet avec un regard prudent sur la maxime que l’on a bcp entendu «le variant delta est 1000 fois + contagieux»
Avec des vraies données à moi dedans

Est-ce que c’est si simple ? est-ce que les « CéTé » disent tout ?
Go !!
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la fameuse notion « il est 1000 fois + contagieux » vient de cet article :

medrxiv.org/content/10.110…

Ils ont comparé le signal de détection (les Ct) entre l’infection historique de Wuhan et le premier cluster chinois de variant delta.
Ils trouvent un signal 10 Ct + tôt, donc 2^10 = 1024 => voici la source du « 1000 fois + contagieux »

Ce qui nous intéresse en France aujourd’hui est de savoir si le variant delta est beaucoup + contaminant que les dernières vagues…
Donc j’ai comparé mes Ct aussi !

petites précisions : j’ai comparé variant Delta vs. Anglais (« 3è vague ») vs D614G (« 2è vague »). J’ai pris les même période épidémiques, avec le même automate et le même kit réactif (ce dernier point explique pourquoi je n’ai pas pu évaluer les données de la 1ère vague)

Sur la moyenne de nos 2 cibles du virus, on a une charge virale un peu + forte du delta par rapport à l’anglais, et encore + par rapport à D614G
3,6 Ct d’écart : le delta serait 12 fois + contagieux que le virus de la seconde vague

On retrouve à peu près les mêmes résultats si on regarde la première cible qui sort dans la manip (la seconde peut moins bien « accrochée » à sa cible en raison d’autres mutations)

MAIS !!!!
Dans mon kit je détecte également un gène humain - ce qui me permet de savoir si on a récupéré suffisamment de cellules lors du prélèvements
Et ce qui est notable, c’est que j’ai davantage de cellules humaines dans mon tube en ce moment qu’à l’automne :

d’où cela peut venir ?
- on a de meilleurs délais de prises en charge : l’échantillon est moins altéré
- nos préleveurs sont mieux habitués au geste et à recueillir suffisamment de cellules

et donc on peut comparer les ratio « virus / cellules humaines » : et là surprise ! il n’y a plus de différences :

- est-ce que ça veut dire que le delta n’est pas plus contagieux ? Non
on ne mesure par exemple pas l’affinité de la protéine S sur les récepteurs humains, qui est probablement responsable ++ de cette contagiosité

…. et je présente des données limitées (50 échantillons de chaque, c’est déjà long de tout trier propre !), il peut y avoir une différence… mais qui ne doit pas être énorme…

- qu’en retenir des études sur les Ct ?
Que si on ne normalise pas (par ex. avec un gène humain) c’est dangereux (comme vu ici). Nos techniques et gestes de prélèvements ont bougé depuis 1 an.
Maintenant vous savez.

- et concernant l’infection COVID ?
le « il est 1000 fois + contagieux » est par rapport à la souche historique, pas par rapport aux autres vagues. Même si le Ct ne dit pas tout, la charge virale n’est pas si différente. Mais les comportements « à risque » probablement…?