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11 Nov, 10 tweets, 3 min read
[corrélation CL/ infection - suite]
L'article du Monde sur l'étude Matta et al. publiée dans JAMA évoque un argument de C. Lemogne. ⬇️
Les auteurs disent ne pas trouver non plus de corrélation significative entre ce critère combiné et les symptômes.
Etudions l'argument.
C. Lemogne fait référence à ce tableau, et à la nouvelle colonne Model 7 :
Pour que cet argument soit décisif, il faudrait que la spécificité du critère "test biologique (PCR, test rapide) et/ou diagnostic d'un médecin" soit meilleure que celle des tests sérologiques.
Or les auteurs de l'étude n'évaluent ni la spécificité combinée de ce critère,
ni sa sensibilité. Du coup, ils n'ont aucun moyen d'estimer la part de faux-négatifs d'un côté ou la part de faux-positifs de l'autre côté, ce qui tout de même un poil gênant pour une interprétation des résultats.
Ou alors, cela voudrait dire qu'ils supposent (sans l'avoir écrit)
que la spécificité de ce critère est supérieure aux 98,5% des tests sérologiques. Donc que les faux positifs seraient peu importants sur le total de "testés/diagnostiqués positifs". C'est pourtant hautement improbable !
Je ne vois donc pas en quoi il s'agit d'une confirmation.🤷🏻‍♂️
Ce qui est noté, c'est la corrélation entre l'anosmie et les tests. Pour les autres critères, ils ne parviennent pas à mettre en évidence une corrélation significative.
Sauf que l'absence de preuve n'est pas la preuve de l'absence. Au regard des intervalles de confiance des
valeurs, la seule chose qu'on peut conclure, c'est qu'on ne peut rien conclure.
Une seule corrélation significative apparaît, l'anosmie. Mais comme il a déjà été précisé, les études indiquent que l'anosmie serait liée à une persistance virale dans le bulbe olfactif.
Cela peut donc avoir un impact autant sur la sérologie, que sur les diagnostics cliniques ("vous avez une perte de l'odorat ? Là croyez-moi, c'est un covid").

Dans le Model 4 de l'étude (Belief/Croyance), l'anosmie a un odd ratio de 17 [10-27], très au-delà de tous les autres
symptômes. Mais elle n'a un odd ratio que de 2,6 en sérologie, et que de 4,3 en "tests combinés Model 7".
Je ne comprends donc pas comment les auteurs peuvent faire les interprétations qu'ils énoncent.
Un avis ?
cc @MamzelleNaf @PGuerendel @random_poisson

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13 Nov
@ethalises @pascale_santi @sfoucart @MrSam144 @JeromeQuirant @le_science4all @Le___Doc @ChatSceptique @AlexSamTG Il y a plusieurs aspects qui s'accumulent.
- L'article est écrit alors que des critiques d'experts très construites sont déjà parues (F. Perry Wilson qui relève l'énorme problème sur les faux négatifs, D. Strain, McConway, J. Rossman en relèvent d'autres biais). Parmi les
@ethalises @pascale_santi @sfoucart @MrSam144 @JeromeQuirant @le_science4all @Le___Doc @ChatSceptique @AlexSamTG experts de relecture critique d'articles, aucun ne valide une robustesse ou un côté "méticuleux" de l'étude.
Cette phrase "A l’inverse, certains n’ont pas ressenti de symptômes du Covid-19 mais leur séropositivité suggère qu’ils ont pourtant bel et bien été infectés" laisse
@ethalises @pascale_santi @sfoucart @MrSam144 @JeromeQuirant @le_science4all @Le___Doc @ChatSceptique @AlexSamTG entendre que les journalistes n'ont pas compris le problème, mathématique, de la quantité et la proportion de faux positifs,
- Des propos tronqués (Salmon a dit que la cohorte de départ était robuste, le qualificatif ne concernait pas l'étude),
- Le mélange entre absence de
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12 Nov
Un article dans Science Media Center demande à 3 experts de réagir à l'étude française du JAMA (Matta, Lemogne et al.) concernant les causes du covid long.
#covidlong #apresJ20 @longcovid @apresj20 [thread]
sciencemediacentre.org/expert-reactio…
Sont interrogés :
🔹Dr David Strain, Maître de conférences clinique principal, Université d'Exeter
🔹Prof Kevin McConway, Professeur émérite de statistique appliquée, The Open University
🔹Dr Jeremy Rossman, Maître de conférences honoraire en virologie, Université du Kent
.../...
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.../...
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11 Nov
"Il y a deux défauts rédhibitoires dans la conception de l'étude [de Mappa, Lemogne et al. publiée dans JAMA], dont un seul suffirait à rendre le travail inutile".
Poke @apresj20 @Food_reward @Jerome_Larche @JMarieRenaudin
thesciencebit.net/2021/11/11/no-…
"L'expérience antérieure peut influencer les symptômes actuels, mais les symptômes actuels peuvent influencer (le souvenir) de l'expérience antérieure. Il n'y a tout simplement aucun moyen de savoir ce qui se passe."
Poke @pascale_santi @sfoucart
"les chercheurs n'ont pas vérifié d'autres infections, de sorte que leur conclusion selon laquelle les symptômes de longue durée de ces personnes doivent avoir été causés par des «croyances» tombe à plat"
"Ils ne peuvent pas déduire une explication de « croyance à la maladie »
Read 4 tweets
10 Nov
Imaginez.
Vous êtes une équipe de chercheurs qui fait une étude sur le covid. Pour cela, vous prenez 26823 personnes et leur faites passer un test sérologique.
Ce test a une sensibilité de 87% et une spécificité de 97,5%.
La spécificité, c'est la probabilité d'avoir un test
[1/5
négatif chez un non infecté.
Combien étaient atteints selon l'étude elle-même ? Environ 4%.
Soit 1073 personnes sur les 26823.
Comme la sensibilité est de 87%, 933 auront une sérologie positive. Les autres, 140, sont des "faux-négatifs".
En tant qu'auteurs, avisés,
[2/5]
vous remarquez que les faux-négatifs ne représentent que 1% du total des sérologies négatives. 👍
Selon la valeur de spécificité, chez un non-infecté, donc chez environ 26823 - 1073 = 25750 personnes, 2,5% ne seront pas négatifs alors qu'ils auraient dû l'être.
Mais 2,5% de
[3/5]
Read 7 tweets
10 Oct
Compte-rendu Conférence COVID à l'Institut Pasteur 29/09-01/10/2021. [thread] 👇
Après-midi du jeudi 30 septembre 2021, consacrée au covid long.
#ApresJ20 #CovidLong #LongCovid
Le compte rendu ne sera pas exhaustif : je ne vais évoquer que les aspects nouveaux/importants.
1/n
Partie 1: "Viral persistence and long Covid"
1re intervenante : Mayssam Nehme
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2/n
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9 Oct
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Pour éviter les malaises post-effort qui touchent certains malades Covid long quand ils dépassent un seuil physiologique, et qui relancent une aggravation de symptômes, les experts, avec l'expérience de l'encéphalomyélite myalgique, préconisent le "pacing".👇
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Mais il n'existe pas vraiment de mot en français pour traduire cette gestion des "batteries" et cet ajustement des activités à l’enveloppe énergétique
disponible.👇
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