Thread by @N_Dietis

Με ρωτούν πολλοί αν το rapid test ή το PCR test μπορούν να ανιχνεύσουν την Όμικρον.
🔸️Σύντομη απάντηση: κανένα απ'τα δύο. Αλλά μπορούμε να την ανιχνεύσουμε έμμεσα.

Εξηγώ πως κ γιατί γίνεται αυτό.👇

Η μέθοδος PCR ανιχνεύει την ύπαρξη των γονιδίων που αναζητάς σε ένα δείγμα.
Τα PCR test που ανιχνεύουν τον ScV2 ψάχνουν συνήθως για 3 γονίδια του ιού: S, N & ORF1 -καθένα υπεύθυνο για συγκεκριμένο τμήμα ιού. Η ύπαρξη των 3 στο δείγμα αποδεικνύει την ύπαρξη γεν.υλικού του ιού.

Το πρόβλημα με την Όμικρον είναι ότι έχει 50 ταυτόχρονες μεταλλάξεις σε όλο το γονιδίωμα του, από τις οποίες >30 είναι στο γονίδιο S, σε αυτό που ευθύνεται για την δημιουργία της κορώνης (την οποία αναγνωρίζουν τα περισσότετα αντισώματα).

Οι πολλές μεταλλάξεις στο γονίδιο-S αλλάζουν το προφίλ αναγνώρισης του απ'το PCR σε βαθμό που η μέθοδος δεν το αναγνωρίζει στο δείγμα.
Όμως η ανίχνευση μόνο των N και ORF1 αρκεί να βγάλει το PCR θετικό.
Αυτό το ονομάζουμε SGTF (S-Gene Target Failure: Αποτυχία Στόχου Γονιδίου S).

Η ύπαρξη σήματος SGTF σε θετικό δείγμα PCR δεν είναι κάτι αγνωστο. Υπήρχε κ στην Άλφα, όπου οι μεταλλάξεις της στο γονίδιο-S μας είχαν φέρει στην ίδια θέση.
Σε τέτοιες περιπτώσεις, μεταφράζεις την ύπαρξη SGTF σε θετικό PCR ως έμμεσο "σήμα" ύπαρξης της παραλλαγής ("proxy signal").

Επειδή όμως ένα σήμα SGTF σε θετικό PCR μπορεί να μας το δώσει κ άλλη παραλλαγή (πχ Α ή ακόμα κ % της Δ*), ο μόνος τρόπος επιβεβαίωσης της Όμικρον σε ένα δείγμα με SGTF είναι η ανάλυση γενετ. αλληλουχίας (sequencing), η οποία παίρνει χρόνο κ κοστίζει.
* μικρό % των Δ δίνουν SGTF.

Προς το παρόν, κάθε δείγμα με θετικό PCR + SGTF μεταφράζεται ως πιθανό κρούσμα με Όμικρον, σε σχέση με το όριο του σήματος που SGTF που υπήρχε προ-Ο (από διάφορες διάσκορπες παραλλαγές με μεταλλάξεις στο γονίδιο-S).

Κατά μια έννοια είμαστε τυχεροί που μπορέσαμε κ χρησιμοποιήσαμε αυτό το σήμα SGTF ως proxy ανίχνευσης της Ο, εκμεταλλευόμενοι το οτι η Δ δεν έχει SGTF κ ετσι την ανιχνεύσαμε γρηγορα ως διαφοεά απ'το βασικό υπόβαθρο (Δ). Αν αντί για Δ είχαμε την Α, δεν θα τη βρίσκαμε τόσο γρήγορα.

Φυσικά πολλές χώρες κάνουν αλληλουχία πάντα ένα % των δειγμάτων PCR που παίρνουν απ'τα τεστ, ώστε να βλέπουν τι γίνεται με τις παραλλαγές που υπάρχουν στον πληθυσμό (και έτσι ανιχνεύουν κ νέες παραλλαγές).
Πχ η 🇬🇧 ελέγχει ένα 20% όλων των PCR. Άλλες χώρες πολύ λιγότερο..

Το οτι η Όμικρον φαίνεται να έχει εξαπλωθεί σε πολλές χώρες αλλά τα κρούσματα να φαίνονται σχετικά λίγα, ίσως εξηγείται από την "ευκολία" να ανιχνευθεί το SGTF σε θετικά PCR, αφού είναι κάτι που το ξεχωρίζει από την Δ.
nytimes.com/interactive/20…

** Για να προλάβω παρεξηγήσεις:
Τα ράπιντ και τα PCR αναγνωρίζουν την ύπαρξη του ιού μέσω αντιγόνου & γενετικού υλικού αντίστοιχα.
ΔΕΝ ξεχωρίζουν όμως την μια παραλλαγή από την άλλη. Γι'αυτό είπα "δεν ανιχνεύουν την Ο". Δεν εννοώ "δεν ανιχνεύουν τον ιό".

https://twitter.com/spisapounas/status/1467113208309858304?t=Mg3rm8tG5EwfBGht2jM1UQ&s=19