Welchen Anteil an allen Fällen hat Omikron in Deutschland momentan?
In KW48 (29.11.-5.12.) war der Anteil in der repräsentativen Stichprobe 0,6% [0,3%-1%] (KI meine Schätzung)
Bei einer Anteils-Verdopplungszeit von 2,0-2,3 Tagen ist der Anteil diese Woche (KW50) bei 35% [17%-56%]
Diese Rechnung zeigt genau das Problem der deutschen Surveillance: man verlässt sich komplett auf die wichtige und gute aber ziemlich langsame Vollgenomsequenzierung.
Varianten-PCR wird nur mancherorts gemacht und nicht wirklich systematisch zusammengetragen wie in 🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿🏴󠁧󠁢󠁳󠁣󠁴󠁿🇩🇰🇧🇪
Leider verstehen viele nicht, dass die Zahlen die sie vom RKI bekommen effektiv 2 Wochen alt sind und das bei einer Verdopplungszeit von 2 Tagen bedeutet, dass man sich um Faktor 2^7=128 in Sicherheit wiegt.
Das scheint sogar manche Experten zu treffen.
tagesschau.de/inland/rki-cor…
Erstens ist die Verdopplungszeit wohl 2,0-2,5 Tage.
Zweitens haben wir bei einem momentanen Anteil von 10-50% und täglich 50T Fällen bereits jetzt 5-25T Omikron-Fälle.
Berit Lange liegt also genau diese 2 Wochen daneben.
Ich hoffe, dass @Karl_Lauterbach das auf dem Schirm hat.
Aufgrund der Entwicklung der Fallzahlen (Inzidenz jetzt ist von Tests Ende KW49, Anfang KW50) halte ich die obere Grenze des Intervalls für sehr unwahrscheinlich.
Bundesweit werden es wohl kaum mehr als 25% für die KW50 sein.
Realistische Schätzung 10-20% für Tests von heute.

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18 Dec
Ich übersetze diesen wirklich ausgezeichneten Thread des eines Direktors des Europäischen Bioinformatik- und Molekularbiologieinstituts:
"Omikron-Gedanken aus dem dunklen Weihnachtslondon.
Zusammenfassung: Europe+Welt erwartet ein Omikron-Sturm der zunehmend schlimm aussieht 1/
"Trotz ernsthafter Maßnahmen im UK: diese Virus repliziert schnell. Mehr Maßnahmen sind wahrscheinlich notwendig."
"Kontext: Ich [Ewan Birney] bin ein Experte in Humangenetik und Computational Biology. 2/
"I kenne Experten in Infektionsepidemiologie, Virusgenomik, Immunologie und klinischen Versuchen.
Ich habe einige Interessenskonflikte: bin Berater und Anteilseigner von @nanopore und war Proband im Astra-Zeneca-Trial. 3/
Read 21 tweets
10 Dec
Omikron ist in Deutschland bereits überall verbreitet.
67 Sequenzen mit Datum 23.11. bis 3.12. sind von deutschen Laboren auf GISAID hochgeladen worden.
Es ist nicht nur ein Cluster, es sind mindestens ein Dutzend unabhängige Eintragungen. 1/
auspice.us/?c=division&f_…
7 mal wurde Omikron in der KW 47 (bis 28.11.) im Rahmen der repräsentativen Stichprobe sequenziert.
Da dort nur 1,3% der Positiven sequenziert wurden heißt das, es könnten damals ca. 500 der insgesamt 400k Fälle Omicron gewesen sein -> ca. 1 in 1000
2/
Bei einer Verdopplungszeit von 3 Tagen, bedeutet das, momentan könnten in Deutschland bereits 2^4 = 16 * 1 in 1000 also etwa 2% Omikron sein.
Ein Vergleich mit Dänemark, England und Schottland zeigt: das ist plausibel. 3/
Read 8 tweets
9 Dec
Ganz schlechter Artikel @WDRaktuell
Nein, das ist keine "Sicherheitslücke", hier wurde nichts "aufgedeckt", das ist alles by Design.
Weil sich Zertifikate einfach kopieren lassen ist es so wichtig, dass IMMER die Identität per Ausweis überprüft wird.
www1.wdr.de/nachrichten/rh… Image
Fragt doch erstmal bei echten Experten nach wie @LilithWittmann @chaosupdates und schreibt keine reißerischen Artikel über Themen, die ihr nicht versteht.
Am Ende nutzen manche wegen eurer Falschinformationen nicht die CWA und es kostet Menschenleben. Verantwortungslos.
Schreibt ihr als nächstes darüber was für eine Sicherheitslücke es sei, dass man beim Alkohol kaufen seinen Ausweis zeigen muss?
Weil das Personal dann Geburtsdatum, Namen, Ausweisnummer etc. kennt?
Read 4 tweets
1 Dec
Ghana has uploaded 33 Omicron sequences with collection dates ranging from 21st to 26th of November.
All samples state "Non-sentinel-surveillance (quarantined traveler)" but do not list the country of origin.
Samples can be seen on a phylogenetic tree here nextstrain.org/groups/neherla…
New additions to GISAID are:
43x 🇿🇦 South Africa
33x 🇬🇭 Ghana
9x 🇬🇧 UK
2x 🇯🇵 Japan
1x 🇧🇪 Belgium
1x 🇮🇪 Ireland
nextstrain.org/groups/neherla…
An explanation of how this tree is generated and what it means can be found here:
Read 6 tweets
1 Dec
If you catch a sample with SGTF (in Europe), what's the probability it's Omicron?
A 🧵excursion into Bayesian statistics.
p(Omicron | SGTF) = p(SGTF | Omicron) * p(Omicron) / p(SGTF)
The first is easy:
p(SGTF | Omicron) ~ 1 (all Omicron shows SGTF)
p(Omicron) is really tricky to estimate and depends on the situation. If you test travellers from South Africa, it could be 10% or even higher (on the Dutch planes it was ~25%). In a random non-traveller, it's much lower - hard to guess how high exactly.
My wild guess for p(Omicron) in representative surveillance in Germany would be 1 in 10,000 to 1 in 1,000 (corresponding to 5-50 daily cases in Germany).
We need one more piece of information: p(SGTF | non-Omicron).
Let's ask @covSpectrum: cov-spectrum.ethz.ch/explore/Europe…
Read 8 tweets
29 Nov
Genetic diversity within #Omicron can give us clues about its age and growth rate.
Omicron's abundant spike mutations and deletions interfere with sequencing, sometimes leading to incomplete genomes.
As a result phylogenetic inference struggles, causing spurious diversity. 1/5
To explore diversity within Omicron while addressing these issues @richardneher and I built a tree ignoring
1. sites mutated with respect to reference in more than 90% of available Omicron sequences
2. homoplasic sites that often fall in dropout regions
nextstrain.org/groups/neherla… 2/
The resulting tree has one big polytomy and a small number of notable clades.
Most sequences are within one or two mutations of the main group.
Though masking might lead to underestimates of the diversity, the resulting tree suggests a recent common ancestor 1-2 months ago. 3/5
Read 7 tweets

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