okinawatimes.co.jp/articles/-/873…

沖縄のクラスターの前に、コロナ疑いの米兵が民間機で移動していても気付かなくないかこれ?

神奈川県座間に集まった110人のうち、10人は民間機で移動していたとのニュースもあったけど。

何がしたいのかよく分からんわ
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…

イギリスが1万人をオミクロン感染者として新規登録。
Londonはもうほぼオミクロン。

まだ14日以内の発症者は104人、死亡は12人なのだが、それはこれから14日後にこの1万人がどうなるか見なきゃ分からない。じれったい
ニュースリンク失念

EUはオミクロン対応ショットの購入契約、Pfizerは3月までに準備できるとしている。

この速度だとその前にピーク終わってそうな気もする。
あ、bloombergじゃなかった気がするけどこれでいいや。
bloomberg.com/news/articles/…
EMAはVIR biotechnologyとGSKのソトロビマブを推奨。
オミクロンに唯一効く抗体療法だからね。

これで、EMA推奨抗体療法の3つ目に。
reuters.com/business/healt…
オミクロンばっかり見てて国際製薬ニュースTweetしてなかったけどこんなとこでしょ。

Novavaxがそういえば日本にも申請したけど、オミクロン前まで期待値MAXだった僕は、E484Kをもつβ株に臨床試験で48%だったNvaxを冷めた目で見ている。

οでもそれ以下になることはほぼ確定で。
温度管理の楽さとmRNAとは別の機構のワクチンでブースターしたい人向けだろう。

いや、オミクロン対応ワクチンで納入してくれるならええけども。
今日のオミクロン

新しい文献はほぼなし。と思ってる。今日はあんまり検索してる時間なかったけど。

一報、タイトルみた瞬間は「とんでも楽観論か?」と思えたシミュレーション論文が、クソ冷たい結果だった。
medrxiv.org/content/10.110…
簡単に言うと、
10万人の国があったとして、輸入症例が3人/day、ワクチン効果80%が1年かけて消える、Re=5の時、新規感染者数は1日100件/10万人になるよ。
というもの。

それを世の中に無事に定着した状態と言えるのかと言えば言えないだろう。

そして皆さんご存知の様にワクチン効果は今のとこ
もっと早く落ちるし、オミクロンをRt=5に押さえておくにはそれなりの検査数や制約が必要だろう。

で、更に抗原性変化(変異)でこうなる。
このモデルから言うと、
おそらくワクチン効果はそれなりに長く保って貰わないと困る。
それも変異があっても。
そしてワクチン効果が2年間かけて消えるとしても、輸入症例数は様々な社会的制約でRt=4に抑えている時で0.25人/day/10万人が許容レベルか。

そもそも日本に直すと0.25って300人/day輸入症例可ってことで、島国の日本はf値は余裕な気もする。

大陸国にとってはRtをもっと抑えろって意味かなこの図。
もう少しf値を小さくした上での検討データ見たかったかも。
ん?ん?

情弱だから今気づいたけどこれ酷くね?

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22 Dec
イギリスのデータ

昨夜、ADEだ!と流れてきたTweetがイギリスの国家統計局のCISデータに基づいている。

何事だろうか、と見るとかなり分かりにくい統計結果だった。

この画像Table1b、一見するとワクチン打つほど感染する様に見える。
最大-345%へと
ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
でもこの統計のタイトルはこう。

新コロ陽性者中のオミクロンの割合調査

11/29-12/12の2週間データで、人数も書いてある。
間違えを防ぐために強陽性(Ct30未満)だけを解析対象にしている。 ImageImage
なお、どうやら年齢制限はしておらず幼児の感染者も統計に含めている(Table1cから12歳未満のオミクロン感染者に占める割合は3.3%、オミクロンが若い人へ対象を移してもこの年代の子供はやっぱり強い)。

なので、英国全部のワクチン接種割合(中間地点12/5時点)から計算してみよう Image
Read 16 tweets
21 Dec
今日のオミクロンメモ

ちょいちょい、オミクロンはACE2への結合力強いよ!と弱いよ!の報告が入り乱れて困惑してるんやけども。

この報告ではACE2結合だけでなく、細胞膜融合能も弱い。だが、細胞間感染は圧倒的である。
TMPRSSを利用せず細胞間感染する
biorxiv.org/content/10.110…
力を強めたのでは?と筆者ら。

じゃ具体的に何よ?不明

これ、オミクロンの合胞体形成能は最弱。
つぎ、ACE2結合量も最弱。
んで、CaLu3への感染力が落ちると。
sACE2で処理するとS1放出は認める。
Read 11 tweets
19 Dec
デンマークのデータ3

今回は大事。
先日、大きなマイナスになったけど、その後からデンマークは12歳以下の患者を表に入れない改訂を行いました。理由は子供は殆どワクチン未接種だから。

こうなると、ワクチン効果計算するときも母集団から12歳以下の人数を除かないといけません。
というわけで、デンマーク最新版の報告からVEを算出するには
12歳以下の人口数をwikipediaから拾ってきて、その割合13.17%をワクチン未接種人口数から引いて…とやりました。
つまり、ワクチン未接種の12歳以下の感染はもともと少ないけどVEの計算から除かれVEは上がる方向ですね。
結果はこう。

ο株へワクチン効果は
1回接種で19%
2回接種で−23.5%
3回接種で42.8%

δ株へのワクチン効果は
1回接種で50%
2回接種で62.6%
3回接種で83.7%
Read 6 tweets
19 Dec
今日のオミクロン。

WHOからワクチンの誘導する細胞性免疫についてシンプルなスライド

cdn.who.int/media/docs/def…
これを皆さんはどう捉えますか?

WHOの結論は、大丈夫だよ!オミクロンにも細胞性免疫は残るよ!

の様です(笑)
「ワクチンにより誘導された細胞性免疫がオミクロンに対してどれだけ下がる?下がらない?」

これが論点の実験です

1. 16 sample用意したよ!そのうちオミクロンに反応しなかった3 sampleを解析から抜いたよ!

2. オミクロンに反応しない3を除いた13検体で減少認めたけど30%程度だったよ!
3. 次の検体では9検体しか使わなかったよ!(理由不明、おそらくCD4反応が良かったもの)

4.そしたら6検体はオミクロンに対しても反応残ってたよ!つまり2/3は残ってるよ!
(え?6/16の間違えでは…?)

以上、WHOからの報告でした。

もうこれはコメントするの辞めようか…

13×0.7=9.1
9.1/16=57%
Read 32 tweets
18 Dec
話題になってたインペリアルカレッジのデータ。

大事なのはο株の再感染率はδの5.4倍!じゃないと思うぞ(皆知ってた)
imperial.ac.uk/mrc-global-inf…
倍加時間が1.6dayとかちょっと凄い早さ(どんどん短くなってない?)

倍加時間11-14日のδに対して「もうこれ以上感染力上がる変異ないんでは?」と言ってたのがもう懐かしいよね

次の表
大事なのは赤字ではなく、差がなかった黒字だったりする。
・症状・無症状割合が変わらない
・入院率が変わらない
【思い出してくれ】

オミクロン(笑)と言ってた人達のHopiumを。
「🇿🇦ではオミクロン感染者は無症状ばっかり!🇿🇦ではオミクロン感染者は全員軽症!」

って言うてませんでした?つい、昨日くらいまで声高に。

完全にインペリアルカレッジに否定されてますやん。
δに比べて入院率0.95倍
Read 17 tweets
16 Dec
さて今日のオミクロン

オミクロンのACE2への結合力は弱い
medrxiv.org/content/10.110…
昨日ACE2強制発現293T細胞へのオミクロン株感染性はδの2倍、元株の4倍高いとTweetした。
普通に考えれば毒性が強いという判断になる。

ところが、今日の文献が示しているのは、オミクロンはACE2への結合力は若干弱い。
にも関わらず感染性は強いとなると、おそらく膜融合能の効率化
変異として膜融合に関わると言われている部分を3つ持っていることが、ACE2以外の部分での感染性の高さを実現している可能性が高まった。

Read 12 tweets

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