今日のオミクロンメモ

ちょいちょい、オミクロンはACE2への結合力強いよ!と弱いよ!の報告が入り乱れて困惑してるんやけども。

この報告ではACE2結合だけでなく、細胞膜融合能も弱い。だが、細胞間感染は圧倒的である。
TMPRSSを利用せず細胞間感染する
biorxiv.org/content/10.110…
力を強めたのでは?と筆者ら。

じゃ具体的に何よ?不明

これ、オミクロンの合胞体形成能は最弱。
つぎ、ACE2結合量も最弱。
んで、CaLu3への感染力が落ちると。
sACE2で処理するとS1放出は認める。
ほんほん、S1を隠したのね。くらいに流して次

ワクチン(というより新型コロナ)への免疫は殆どS1に対するもの。
との論文

biorxiv.org/content/10.110…
3量体S蛋白、NTD、RBD、膜融合前のS2、後のS2それぞれへの中和抗体価をみると、回復者血漿と不活化ワクチン血漿だけが似ているプロファイルで、RBD, NTDへの抗体価が低い。

このことから、自然感染で免疫対象と生体が認識しているのはS1脱落後のウイルスか?

一方、S2抗体は中和に貢献しない?
mRNAワクチン血漿そのまま、3量体S蛋白に対するモノクロ抗体抜いた、融合前S2に対する抗体抜いた、融合後S2に対する抗体抜いたの図。

S2関連抗体抜いても影響なし。
mRNA血漿のワクチン効果はほぼS1に対する抗体価である。

特にRBD。
この2報でほぼο株の強い免疫回避能はS1を隠したことによるものっぽい雰囲気へ。

ACE2, TMPRSSを介した感染は下がり(その戦略を捨て)、細胞間感染はなんか強めたらしい。
だからGuptaLaboからのあの報告かと繋がった。
biorxiv.org/content/10.110…
Guptaのは前紹介したから飛ばそ。

彼らの実験系ではオミクロンの膜融合能は、武漢株より劇的に弱い。

「オミクロン…奴は四天王の中でも最弱…」
ま、上のmRNAワクチンで誘導される免疫はS1よりで、だからオミクロンに効きにくいという話、じゃ回復者血漿と同じくS2よりの免疫すればいい?という話になるかもしれないが、
結局不活化ワクチンは充分な抗体価をそもそも稼げなかったところがあり。

ふーん。と
ちなみにこれはどうなんだろう。
利益関係はありそうな気がする。

「不活化ワクチンはオミクロンに効くし(RBDサブユニットワクチンである)ZF2001はもっと効くぜ!」と中国より。

図は凄いのだが読む気はしなかった。
抗体価がオミクロンには3倍しか落ちないらしい。やべー
これが本当なら世界はもっと騒いでいる気がするし、中国一人勝ちな気もするのだが。

biorxiv.org/content/10.110…

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23 Dec
これは日本にも参考になる朗報。
南アの状況はいろいろ違うことが多すぎて参考にしきれなかった。
12歳以上の子供のワクさえ50%超えの英国でデルタ株からオミクロン株への置き換えが進めば進むほど入院者が増えている!この先の死者数はデルタ株を超えるの必至。 ImageImage
不謹慎ですが、以下のTweetを参考にさせて頂きました。
科学分からないHopiumは黙れ
さて、海外のニュースは英国とNCIDの初期解析から入院率は80%低い!を全面に出したりしてますが、日本のニュースはインペリアルカレッジの40%低いを引用する慎重さ。
N数多いインペリアルカレッジの方が確度は高いでしょう。

見ていきましょう
imperial.ac.uk/media/imperial…
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22 Dec
イギリスのデータ

昨夜、ADEだ!と流れてきたTweetがイギリスの国家統計局のCISデータに基づいている。

何事だろうか、と見るとかなり分かりにくい統計結果だった。

この画像Table1b、一見するとワクチン打つほど感染する様に見える。
最大-345%へと
ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
でもこの統計のタイトルはこう。

新コロ陽性者中のオミクロンの割合調査

11/29-12/12の2週間データで、人数も書いてある。
間違えを防ぐために強陽性(Ct30未満)だけを解析対象にしている。 ImageImage
なお、どうやら年齢制限はしておらず幼児の感染者も統計に含めている(Table1cから12歳未満のオミクロン感染者に占める割合は3.3%、オミクロンが若い人へ対象を移してもこの年代の子供はやっぱり強い)。

なので、英国全部のワクチン接種割合(中間地点12/5時点)から計算してみよう Image
Read 16 tweets
20 Dec
okinawatimes.co.jp/articles/-/873…

沖縄のクラスターの前に、コロナ疑いの米兵が民間機で移動していても気付かなくないかこれ?

神奈川県座間に集まった110人のうち、10人は民間機で移動していたとのニュースもあったけど。

何がしたいのかよく分からんわ
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…

イギリスが1万人をオミクロン感染者として新規登録。
Londonはもうほぼオミクロン。

まだ14日以内の発症者は104人、死亡は12人なのだが、それはこれから14日後にこの1万人がどうなるか見なきゃ分からない。じれったい
ニュースリンク失念

EUはオミクロン対応ショットの購入契約、Pfizerは3月までに準備できるとしている。

この速度だとその前にピーク終わってそうな気もする。
Read 14 tweets
19 Dec
デンマークのデータ3

今回は大事。
先日、大きなマイナスになったけど、その後からデンマークは12歳以下の患者を表に入れない改訂を行いました。理由は子供は殆どワクチン未接種だから。

こうなると、ワクチン効果計算するときも母集団から12歳以下の人数を除かないといけません。
というわけで、デンマーク最新版の報告からVEを算出するには
12歳以下の人口数をwikipediaから拾ってきて、その割合13.17%をワクチン未接種人口数から引いて…とやりました。
つまり、ワクチン未接種の12歳以下の感染はもともと少ないけどVEの計算から除かれVEは上がる方向ですね。
結果はこう。

ο株へワクチン効果は
1回接種で19%
2回接種で−23.5%
3回接種で42.8%

δ株へのワクチン効果は
1回接種で50%
2回接種で62.6%
3回接種で83.7%
Read 6 tweets
19 Dec
今日のオミクロン。

WHOからワクチンの誘導する細胞性免疫についてシンプルなスライド

cdn.who.int/media/docs/def…
これを皆さんはどう捉えますか?

WHOの結論は、大丈夫だよ!オミクロンにも細胞性免疫は残るよ!

の様です(笑)
「ワクチンにより誘導された細胞性免疫がオミクロンに対してどれだけ下がる?下がらない?」

これが論点の実験です

1. 16 sample用意したよ!そのうちオミクロンに反応しなかった3 sampleを解析から抜いたよ!

2. オミクロンに反応しない3を除いた13検体で減少認めたけど30%程度だったよ!
3. 次の検体では9検体しか使わなかったよ!(理由不明、おそらくCD4反応が良かったもの)

4.そしたら6検体はオミクロンに対しても反応残ってたよ!つまり2/3は残ってるよ!
(え?6/16の間違えでは…?)

以上、WHOからの報告でした。

もうこれはコメントするの辞めようか…

13×0.7=9.1
9.1/16=57%
Read 32 tweets
18 Dec
話題になってたインペリアルカレッジのデータ。

大事なのはο株の再感染率はδの5.4倍!じゃないと思うぞ(皆知ってた)
imperial.ac.uk/mrc-global-inf…
倍加時間が1.6dayとかちょっと凄い早さ(どんどん短くなってない?)

倍加時間11-14日のδに対して「もうこれ以上感染力上がる変異ないんでは?」と言ってたのがもう懐かしいよね

次の表
大事なのは赤字ではなく、差がなかった黒字だったりする。
・症状・無症状割合が変わらない
・入院率が変わらない
【思い出してくれ】

オミクロン(笑)と言ってた人達のHopiumを。
「🇿🇦ではオミクロン感染者は無症状ばっかり!🇿🇦ではオミクロン感染者は全員軽症!」

って言うてませんでした?つい、昨日くらいまで声高に。

完全にインペリアルカレッジに否定されてますやん。
δに比べて入院率0.95倍
Read 17 tweets

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