Share this page!

Yaniv Erlich Profile picture
Twitter logo
24 Dec, 9 tweets, 3 min read
מאמר סופר מעניין על המכניזם של cell entry באומיקרון לעומת דלתא ו wuhan ולמה הוא אולי פחות וירולנטי. שרשור קצר שמסביר מה הולך כאן.

biorxiv.org/content/10.110…
כולנו שמענו על Spike ועל כך שהוא נקשר ל ACE2 כדי להכנס לתוך התאים. אבל התהליך הזה הוא מאד לא פשוט. כמו שאתם מכניסים מפתח לתוך מנעול וצריכים קצת לנער את המפתח שיכנס בקלות, גם הספייק צריך קצת דרגות חופש כדי להיקשר טוב ל ACE2 ולבצע את הכניסה לתא.
כאן מגיע לעזרתו של הספייק רצפטור נוסף שנקרא TMPRSS2. הרצפטור הזה הוא פשוט סכין שחותכת חלבונים. הוא חותך את הספייק כמו שחותכים במודעת תלישה וזה ונותן לספייק עוד דרגות חופש שהוא צריך לקישור מיטבי ל ACE2.
עכשיו ה TMPRSS2 הוא רצוי אבל לא הכרחי כדי לאפשר לוירוס הכנס לתאים. הוא פשוט הבוסטר של הספייק, ושם את הוירוס על טורבו 😀 (אגב הוא גם עוזר לוירוס השפעת ולסרטן הפרוסטטה. אני לא בטוח שאף אחד יודע מה טוב בגן הזה חוץ מלאמלל אותנו. כי שמורידים אותו בעכברים הם נראים שמחים לחלוטין).
המאמר של Gupta עשה ניסוי בו הוא הדביק תאי ריאה בכמה זנים של קורונה. פעם אחת הוא הדביק תאים שנקראים Calu-3 ומבטאים TMPRSS2 ופעם אחת תאים שנקראים H1299 שאין להם את הרצפטור הזה. ב Calu-3, איפה שיש TMPRSS2, דלתא גדל נהדר ואומיקרון הרבה פחות. ב H1299, דלתא ואומיקרון גדלו אותו דבר.
זה מציע שאומיקרון אבד את היכולת להשתמש ב TMPRSS2.
הם עשו ניסוי נוסף ולקחו תאי כלייה של עובר אנושי (יום אחד אני אספר את הסיפור על התאים האלה). ברגיל, התאים האלה לא מבטאים לא את TMPRSS2 ולא ACE2. באמצעות הנדסה גנטית, הם בטאו בתנאי אחד רק ACE2 ובתנאי אחר ACE2+TMPRSS2 והדביקו.
כל גרף בתמונה למעלה זה זן אחר. עמודה שמאלית בכל גרף: רק ACE2. עמודה ימנית בכל גרף: ACE2+TMPRSS2.
מה קבלנו?
שמוסיפים TMPRSS2, דלתא (אמצע) וזן ווהאן (שמאלי), עושים עלייה בהדבקה. אבל אומיקרון אדיש.
הם עשו עוד עבודה והראו ש TMPRSS2 מתבטא בתאי ריאה ופחות בתאים בדרכי הנשימה העליונות. כנראה שבאף הקורונה לא באמת צריכה את TMPRSS2 כדי להשתכפל יפה (אולי טמפרטורה יותר נמוכה?). אבל כנראה לשכפול בריאה זה דיי חשוב. והאומיקרון עם כל המוטציות שלו אבד את היכולת להשתמש ב TMPRSS2 לחיתוך.
לכן הוא אולי-אולי-אולי הוא פשוט פחות על טורבו בריאה לעומת זנים אחרים, מה שמסביר את הנתונים הקצת יותר מעודדים מאנגליה.

אבל לא הייתי פותח שמפניה. יש כמובן שיש שאלה אחת לא פתורה: האם האומיקרון יכול למצוא נתיב אבולוציוני שיאפשר לו בסוף לחזור להשתמש ב TMPRSS2? אם כן, זה לא יהיה יפה.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
　

Keep Current with Yaniv Erlich

Yaniv Erlich Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @erlichya

Yaniv Erlich Profile picture
23 Dec
Want to produce Paxlovid, Pfizer's new antiviral?

All you need to do is to follow the simple process in the short thread below.
Step 1:
Step 2:
Read 11 tweets
Yaniv Erlich Profile picture
22 Dec
Most people don't appreciate that we are basically beyond GATTACA wild's dream of tracing people using DNA.

A short thread 1/5 🧵
👇
If you recall, the police in GATTACA has access to Vincent's (the protagonist) eyelash. However, they can't identify him since he is not in any database.
2/5
We already at the point that nearly all US people can be identified via their DNA despite not being in any police database. How? about 1-2% of the US population took at DNA test that is searchable in 3rd party websites such as GEDmatch. 3/5
Read 5 tweets
Yaniv Erlich Profile picture
6 Dec
Excellent analysis by @IdoIrani about the waning booster effect (for infection) stratified by age group in Israel.

The worrying part: the rate of decline is most age groups is similar to the 2nd jab.
@IdoIrani This tweet is trending. So a few comments 1/2:
1 Data:
datadashboard.health.gov.il/COVID-19/gener…
2. This is a tweet not peer reviewed publication. It is a preliminary analysis with some caveats as described here.
3. The y-axis should be crude VE
4. Some Idiots...
have said that since I am a CEO of a start up and @IdoIrani is a PhD student, the analysis should be disqualified. This is my Google Scholar. Hope it passes your high bar 🤪.
scholar.google.co.il/citations?user…
5-∞. It is a preliminary signal.
Read 6 tweets
Yaniv Erlich Profile picture
3 Oct
Due to popular demand, a thread for the general audience on Molnupiravir, Merck's new treatment for Covid19.

Let's start!
The compound (left) looks like an RNA nucleotide called Cytidine (right) that is found in every cell in nature.

BTW: How do I know it is an RNA nucleotide? You see the two "legs" at the bottom with "OH OH"? If the right leg is OH it is RNA and if it's H, it is DNA. Easy.
The resemblance is nearly perfect except 2 places:
The diff in Blue (isobutylester) is bigger but less important. It's quickly cleaved by an enzyme once the drug is in our body and converted to be identical to a Cytidine.

The "OH" in Red is the magic of this molecule!
Why?
Read 19 tweets
Yaniv Erlich Profile picture
2 Oct
שרשור על מה זה Molnupiravir, התרופה החדשה של Merck כנגד Covid19.
יאללה מתחילים.
הדבר הראשון שרואים היא שהתרופה (משמאל) נראית כמו נוקלאוטיד RNA שנקרא Cytidine ומצוי בכל תא של אורגניזם בטבע (מימין).

אגב, איך אני יודע שזה נוקלאוטידים של RNA ולא DNA? רואים למטה כמו שני רגלים עם OH בכל צד? אז אם הרגל הימנית היא OH, זה RNA, ואם היא פשוט H, אז זה DNA. קל!
הדימיון כמעט מושלם חוץ משני מקומות:
השינוי בכחול הוא לא כזה חשוב לענייננו. מדובר בתוספת שיורדת מהר מאד בגוף על ידי אנזים מיוחד ומחזיר אותנו למצב כמו ב Cytidine רגיל.

השינוי ה OH בחלק שסימנתי באדום הוא הקסם של המולקולה הזאת שהופכת אותה מסתם Cytidine לסוכן כאוס.
איך?
Read 17 tweets
Yaniv Erlich Profile picture
27 Sep
covid19 in 🇮🇱.

Due to ✡️ holiday season, it is hard to get a reliable estimator of R. Previously, I showed that the avg susceptiblity of ISR population (S) is nicely correlated with R. This estimator is not affected by # test but only by # vaxxed and VE.
As a reminder, S(t), the susceptiblity of day t is 1 - Σf_i(t) •VE_i(t). Where f_i(t) is the % of the population that already took the i-th dose and VE is the efficacy of the dose in day t. Both parameters can be in calculated from MoH public dashboard on a daily basis.
So...
So here is S as a func of time (black) versus smoothed R (red). Both are coorelated.

Now, we don't have good data for R in Sep, BUT due to booster, S is in levels similar to Mar 21 (60%)! At that time, it was enough for R=0.9, so I'm cautionally encouraged that we= heading out😍
Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

Like this author's thread?

Get emails when @erlichya has new unrolls!

Check out other threads from @erlichya!

Read all threads by @erlichya

:(