Omikron hat möglicherweise eine kürzere Generationszeit.
Warum wäre das gut? Weil sich dadurch die Schätzungen für den intrinsischen Übertragungsvorteil ggü Delta verringern und Omikron somit einfacher zu bekämpfen wäre als befürchtet.
Was ist die Evidenz dafür? 1/
@trvrb fasst das in diesem Thread sehr gut zusammen.
1. Die gemessene Inkubationszeit bei dem norwegischen Superspreading-Event war deutlich kürzer als wir es von Delta kennen, 3 Tage statt ~4-5 bei Delta 2/
2. In Südafrika scheint der Peak überschritten. Dafür gibt es andere mögliche Erklärungen, aber dennoch, eine kürzere Generationszeit wäre eine sehr einfache Erklärung im Sinne von Occams Rasiermesser. 3/
3. In England und Schottland gab es im Omikron-Anteils-Plot einen prägnanten Knick: der relative Übertragungsvorteil scheint sich verlangsamt zu haben - und zwar just dann als die Fälle insgesamt langsamer zu wachsen schienen (auch Delta).
(Plot von @seabbs)
4/
Das ist genau das, was man bei einer kürzeren Generationszeit erwarten würde. Je höher die Zahl der Kontakte und damit der Anstieg der Fallzahlen umso schneller (auch relativ) wächst der Anteil einer Variante mit kürzere Generationszeit.
5/
Das gilt auch im Umkehrschluss. Eine Variante mit kürzerer Generationszeit verschwindet schneller, wenn die Fallzahlen sinken, zum Beispiel wegen Kontaktbeschränkungen. Hier kommt Deutschland ins Spiel. 6/
In Deutschland scheint der relative Übertragungsvorteil geringer zu sein als in UK/Dänemark/USA wo Wachstumsraten von 0,3-0,4/Tag gesehen wurden.
In Deutschland jedoch scheint es eher um die 0,2/Tag zu sein. 7/
Die Erklärung könnte neben geringerer Immunität nun auch die sinkenden Fallzahlen insgesamt zu sein. Sinkende Fallzahlen führen dazu, dass Omikron ggü Delta weniger bevorteilt ist, sich auch relativ weniger schnell ausbreiten kann. 8/
Wir scheinen Glück gehabt zu haben, dass wir bereits vor Omikron wegen der hohen Deltazahlen starke Kontaktbeschränkungen hatten.
Die verkürzte Omikron-Generationszeit ist noch nicht definitiv, aber mir erscheint sie als eine sehr plausible Erklärung für diverse Beobachtungen. 9/
Das alles ändert erst einmal nichts daran, dass wir weiterhin unsere Kontakte minimieren sollten.
Möglicherweise haben wir aber etwas mehr Zeit um die Impfkampagne noch weiter voranzutreiben. 10/
Jetzt wo eine Impfpflicht im Raum steht und immer wahrscheinlicher wird, ist es eine sehr gute Zeit für Ungeimpfte sich Erstimpfen zu lassen.
Wenn man sich sowieso impfen lassen muss, dann doch lieber jetzt, wo es einen klaren Vorteil bringt in der kommenden Omikronwelle. 11/
Nachtrag: Der britische Modellierungsexpertenrat hat die Implikationen einer kürzeren Generationszeit bereits am 18. Dezember sehr gut beschrieben
Je kürzer die Generationszeit, umso größer ist der Effekt von Maßnahmen. 12/
gov.uk/government/pub…
Im Modellierungsratsbericht ist auch diese schöne Grafik enthalten, ein Mapping von Wahrscheinlichkeiten zu Wörtern, die diese Wahrscheinlichkeiten ausdrücken.
Ich wünsche mir zu Weihnachten, dass sich mehr von uns daran orientieren. 13/
Hier hat @MartinKalop sehr schön visualisiert, warum eine kürzere Generationszeit bedeutet, dass gleiche Kontaktverringerung eine größere Auswirkungen hat. 14/
h/t @AlgeMartin

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23 Dec
Just found out Germany's @rki_de publishes all of their SARS-CoV-2 sequences on @github, with daily updates and very quick turnarounds.
They even run pangolin on the results so one can tell which variant the sequences belong to (e.g. Omicron).
To date there are 1036 Omicrons.
You can find the repo here: github.com/robert-koch-in…
The pangolin calls are in a file called (a bit cryptically) "Entwicklungslinien".
Big thanks to everyone involved, this is amazing.
On GISAID, there are only 274 Omicrons to date, so the delay is much shorted.
The publishing to Github seems to be done by @HannesWuensche, great job, thanks a lot!
Now someone just needs to build a nice graph that can be updated daily to show where we stand with Omicron in Germany.
The metadata is great, contains sampling type (random vs. targeted).
Read 7 tweets
22 Dec
Heute ist Bundespressekonferenz.
Ich wünsche mir eine informierte Frage dazu, wann das @rki_de Omikron endlich ordentlich misst.
Bisher ist es eine Farce, auch wenn Lothar Wieler in der letzten BPK das Gegenteil behauptet hat.
Mehr Details im Thread 🧵⬇️ 1/
Die Verbreitung von Omikron kann auf 2 Arten gemessen werden:
1. Vollgenomsequenzierung
2. Varianten-PCR
In Sachen Sequenzierung ist 🇩🇪 mittlerweile gut aufgestellt. Das Problem ist aber: Sequenzieren ist _immer_ langsamer als die Varianten-PCR, Verzögerung ca. 2 Wochen 2/
Deswegen ist die Varianten-PCR, zum Beispiel durch S-Gene-Target-Failure (SGTF) so wichtig. Weil sie theoretisch so schnell ist wie der PCR-Test.
Dutzende Länder machen das bei Omikron sehr gut. Alle bekannten Kurven kommen durch diese Methode:
UK, Dänemark, Belgien, USA 3/
Read 25 tweets
18 Dec
Ich übersetze diesen wirklich ausgezeichneten Thread des eines Direktors des Europäischen Bioinformatik- und Molekularbiologieinstituts:
"Omikron-Gedanken aus dem dunklen Weihnachtslondon.
Zusammenfassung: Europe+Welt erwartet ein Omikron-Sturm der zunehmend schlimm aussieht 1/
"Trotz ernsthafter Maßnahmen im UK: diese Virus repliziert schnell. Mehr Maßnahmen sind wahrscheinlich notwendig."
"Kontext: Ich [Ewan Birney] bin ein Experte in Humangenetik und Computational Biology. 2/
"I kenne Experten in Infektionsepidemiologie, Virusgenomik, Immunologie und klinischen Versuchen.
Ich habe einige Interessenskonflikte: bin Berater und Anteilseigner von @nanopore und war Proband im Astra-Zeneca-Trial. 3/
Read 35 tweets
16 Dec
Welchen Anteil an allen Fällen hat Omikron in Deutschland momentan?
In KW48 (29.11.-5.12.) war der Anteil in der repräsentativen Stichprobe 0,6% [0,3%-1%] (KI meine Schätzung)
Bei einer Anteils-Verdopplungszeit von 2,0-2,3 Tagen ist der Anteil diese Woche (KW50) bei 35% [17%-56%]
Diese Rechnung zeigt genau das Problem der deutschen Surveillance: man verlässt sich komplett auf die wichtige und gute aber ziemlich langsame Vollgenomsequenzierung.
Varianten-PCR wird nur mancherorts gemacht und nicht wirklich systematisch zusammengetragen wie in 🏴󠁧󠁢󠁥󠁮󠁧󠁿🏴󠁧󠁢󠁳󠁣󠁴󠁿🇩🇰🇧🇪
Leider verstehen viele nicht, dass die Zahlen die sie vom RKI bekommen effektiv 2 Wochen alt sind und das bei einer Verdopplungszeit von 2 Tagen bedeutet, dass man sich um Faktor 2^7=128 in Sicherheit wiegt.
Das scheint sogar manche Experten zu treffen.
tagesschau.de/inland/rki-cor…
Read 5 tweets
10 Dec
Omikron ist in Deutschland bereits überall verbreitet.
67 Sequenzen mit Datum 23.11. bis 3.12. sind von deutschen Laboren auf GISAID hochgeladen worden.
Es ist nicht nur ein Cluster, es sind mindestens ein Dutzend unabhängige Eintragungen. 1/
auspice.us/?c=division&f_…
7 mal wurde Omikron in der KW 47 (bis 28.11.) im Rahmen der repräsentativen Stichprobe sequenziert.
Da dort nur 1,3% der Positiven sequenziert wurden heißt das, es könnten damals ca. 500 der insgesamt 400k Fälle Omicron gewesen sein -> ca. 1 in 1000
2/
Bei einer Verdopplungszeit von 3 Tagen, bedeutet das, momentan könnten in Deutschland bereits 2^4 = 16 * 1 in 1000 also etwa 2% Omikron sein.
Ein Vergleich mit Dänemark, England und Schottland zeigt: das ist plausibel. 3/
Read 8 tweets
9 Dec
Ganz schlechter Artikel @WDRaktuell
Nein, das ist keine "Sicherheitslücke", hier wurde nichts "aufgedeckt", das ist alles by Design.
Weil sich Zertifikate einfach kopieren lassen ist es so wichtig, dass IMMER die Identität per Ausweis überprüft wird.
www1.wdr.de/nachrichten/rh… Image
Fragt doch erstmal bei echten Experten nach wie @LilithWittmann @chaosupdates und schreibt keine reißerischen Artikel über Themen, die ihr nicht versteht.
Am Ende nutzen manche wegen eurer Falschinformationen nicht die CWA und es kostet Menschenleben. Verantwortungslos.
Schreibt ihr als nächstes darüber was für eine Sicherheitslücke es sei, dass man beim Alkohol kaufen seinen Ausweis zeigen muss?
Weil das Personal dann Geburtsdatum, Namen, Ausweisnummer etc. kennt?
Read 4 tweets

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