Ok, hier is wel wat meer over te zeggen. Ja, engeland en denemarken doen meer. Maar genomic surveillance is een nieuwe tak van sport en op deze schaal nooit eerder toegepast. Er zijn nu meer genomen van SARS COV 2 dan van welk ander pathogeen dan ook. Neem bijv flu, of HIV 
Hebben we daarmee slecht zicht op die virussen? Hangt af van je verwachting. Als je elke variant bij de wortel wilt kunnen detecteren moet je zoveel mogelijk nieuwe cases sequencen. Dat gebeurt nergens. Is ook niet realistisch gezien aandeel asymptomatische verspreiders
Vraag dan dus: wat is je steekproef en welke vraag beantwoord je daar mee. In Nl is die zo vastgesteld dat je varianten betrouwbaar gaat vinden als ze ca 0.5% van de populatie uitmaken. Daarnaast bijzondere uitbraken of cases ecdc.europa.eu/en/publication…
Sequencen op de schaal van de UK was mogelijk vanwege een enorme research investering in het verleden. Bovendien ging er 20 millioen pond naar diezelfde onderzoekers aan het begin van de pandemie. Daarbij werden verschillende vraagstellingen “ toegestaan”. cogconsortium.uk
Nederland deed dat met ZONMW funding, maar sinds november 2020 is sequencing “ genationaliseerd”. RIVM coordineert en bepaalt wat gesequenced wordt. De GGD en overleggen met RIVM. Dit is van oudsher iets wat in regionale samenwerking thuishoort
Die is momenteel verstoord. Door de enorme opschaling van testcapaciteit en het proces van tenderen is het samenwerkingslandschap fundamenteel veranderd. Als wij nu willen sequencen moet de GGD afspraken maken met een van de labs die voor diagnostiek worden ingezet.
Langere lijnen dus. Uitzondering is de ggd die een lab in huis heeft ( amsterdam). De rest doet dat op competitieve contracten. Daarbij sneuvelen de specials ( norovirus, hiv, etc) bij de druk van de bulk bepalingen.
Terug naar de vraag: hoeveel sequencing is zinvol? Je houdt imho varianten niet tegen met sequencing, dus die surveillance benadering is prima. Bovendien wordt die aangevuld door gerichte PCR testen, beschikbaar zijn een week na eerste sequentie en dan ingezet kunnen worden
Dat wordt nu niet gezien als onderdeel surveillance. Zou het wel moeten zijn. Dat kunnen de ziekenhuislabs doen, inclusief sequencen bijzondere patienten. En wat in het hele verhaal achtervlijft is de verdere karakterisatie: fenotype bepaling
Genetische info is mooi maar zegt niet alles. Er is een netwerk ( internationaal) dat ook fenotypes bestudeert. Om virus eigenschappen echt te karakteriseren moet je meer doen. Bij flu en SARS COV 2 gebeurt dat met een netwerk van referentielabs ( RIVM en Erasmus voor nl)
Ziehier een deel van de opdracht nature.com/articles/s4159…. Dat moet worden ingericht. Het is geen luxe, het is noodzaak. Helaas nog niet structureel. Dat
De diverse soorten kennis worden verzameld en gewogen in de expertgroeo van de WHO who.int/publications/m… . Met oa @1986Bom @bart_haagmans
Kortom: sequencibg is een tool, niet een doel. Geeft zicht en kan beter maar is niet een middel om varianten tegen te houden. Dient vele doelen en kan ook beter worden ingericht dan nu. Daar wordt over nagedacht, oa hier veo-europe.eu
@threadreaderapp unroll please
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
