Share this page!

Maybe Scrolly?
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Twitter logo
Dec 27 • 9 tweets • 5 min read
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第15弾「組換えオミクロンXBBの性状解析」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株（通称 #グリフォン）の性質を解明しました。
biorxiv.org/content/10.110…

以下、本研究の概要です。1/
2022年後半になり、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が出現し、多様化しています。2/
たとえば、スパイクの5つの収斂進化変異（R346T, K444T, L452R, N460K, F486V）をコンプリートしたBQ.1.1株については、我々の先行プレプリント⬇️で、その誕生原理とウイルス学的な性状を報告しています。3/
本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytrasによる分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、XBBは、2022年、夏、インド周辺において、BJ.1とBM.1.1.1（BA.2.75の子孫）というふたつのオミクロン亜株の組換えによって誕生したことを明らかにしました。4/
XBBの実行再生産数（Re）は、もうひとつの現在進行形流行株BQ.1.1と同程度に高いものの、流行地域が異なることを明示しました。現在までの状況としては、BQ.1.1系統では西半球で、XBB系統は東半球でそれぞれ流行拡大していることがわかります。5/
中和実験の結果、XBBはBA.2に比べ、BA.5ブレイクスルー血清に対しては13倍（❗️）、BA.2ブレイクスルー血清に対しては30倍（‼️）というきわめて顕著な抵抗性を示す株であることを明らかにしました。6/
さらに、XBB株の融合力は、BA.2.75株よりも2.2倍高いことを明らかにしました。

G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.5株（第12弾@CellCellPress）などの研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には正の相関があることを見出しています。7/
しかし予想に反し、オミクロンBA.2一族のもうひとつの末裔であるBQ.1.1（⬆️のプレプリント第14弾参照）と同様、XBBの病原性は、その先祖の片割れのBA.2.75と同程度か、それよりも低いことがわかりました。8/
XBBは、#組換え によって流行拡大に成功した初めての株と言えます。本邦における頻度も増えてるし、BQ系統が主流だったアメリカでも爆増してます。オミクロンの進化の方向性を予想するのは難しいですが、今後の流行動向は、やはりみなさんの感染対策次第かと思います🙏 9/9
reuters.com/business/healt…

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
　

Keep Current with The Sato Lab (Kei Sato)

The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @SystemsVirology

The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Dec 27
BREAKING🔔 The 15th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the virological characteristics of one of the latest SARS-CoV-2 lineages of concern, XBB, which was generated by recombination of two #Omicron subvariants. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. An example is BQ.1.1, which has convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346T, K444T, L452R, N460K & F486V. We reported it as below⬇️ 2/
Another variant of concern is XBB (aka #gryphon). First, two young talents, @jampei2 & @SpyrosLytras, showed that XBB emerged by recombination of two co-circulating BA.2 lineages, BJ.1 & BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during 2022 summer in India or its neighboring countries. 3/
Read 8 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Dec 5
BREAKING🔔 The 14th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the evolutionary rule underlying the convergent evolution of #Omicron and the virological characteristics of one of the latest lineages of concern, BQ.1.1. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
Omicron BQ.1.1 (aka #Cerberus), a descendant of BA.5, bears all five substitutions at the convergent sites: #R346T #K444T #L452R #N460K #F486V. 3/
Read 9 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Dec 5
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第14弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1の性状解析」をbioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、オミクロン亜株の進化を描出し、 #オミクロン BQ.1.1（通称 #ケルベロス）の特徴を解明しました。以下まとめ⬇️ 1/
biorxiv.org/content/10.110…
2022年半ばのBA.5株の出現以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、これまでのような「全とっかえ」の置き換わりが進んでいません。また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株 が #収斂進化 していることが指摘されています。2/
2022年末現在、その最先端に位置するのが、5つのスパイクの収斂進化サイトの変異（#R346T #K444T #L452R #N460K #F486V）をコンプリートした、BQ.1.1株です。添付の系統樹が示すように、BQ.1.1はBA.5の子供にあたる株です。3/
Read 10 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Dec 5
BREAKING🔔 The 15th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at iScience @iScience_CP. We revealed that the virological features of #Omicron BA.1 variant are determined by the spike #S375F mutation. Please RT. 1/6
cell.com/iscience/fullt…
We have demonstrated that the Omicron BA.1 spike exhibits 1) decreased efficiency of spike cleavage and 2) attenuated fusogenicity:
Cf. The 5th paper from G2P-Japan🇯🇵↓
nature.com/articles/s4158…
However, it remained unclear which mutation(s) determine these BA.1’s features. 2/6
1️⃣Our comprehensive screening experiments revealed that these BA.1's features are determined by its receptor binding domain and particularly, only #S375F mutation is responsible. 3/6
Read 7 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Dec 5
#拡散希望 G2P-Japan🇯🇵の論文第15弾「#S375F：オミクロンBA.1を特徴づける変異」を、iScience @iScience_CP に発表しました。初代オミクロン である #BA1 の特徴が、#S375F というスパイクのたったひとつの変異で規定されることを解明しました。
以下、本研究の概要です。1/6
cell.com/iscience/fullt…
#オミクロン BA.1株は、①スパイクタンパク質の開裂効率の低下と、②低い膜融合活性、というふたつの特徴を持つことが明らかになっています。

参考：G2P-Japan🇯🇵論文第5弾↓
nature.com/articles/s4158…

しかし、スパイクタンパク質のどの変異がこれらの特徴を決めているのかは不明でした。2/6
1️⃣本研究ではまず、大規模なスクリーニング実験の結果、BA.1株の上記のふたつの特徴は、スパイクタンパク質のreceptor binding domainに規定され、その中でも特に、#S375F というたったひとつの変異によって特徴づけられることを明らかにしました。3/6
Read 8 tweets
The Sato Lab (Kei Sato) Profile picture
Oct 10
BREAKING🔔 The 14th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Cell Host & Microbe @cellhostmicrobe. #Omicron BA.2.75 (aka #Centaurus) seems to be more contagious than BA.5 and more pathogenic than the original BA.2. Please RT. 1/16
cell.com/cell-host-micr…
BA.2.75, emerged in India🇮🇳, is classified as VOC-LUM (variant of concern linage under monitoring) by WHO on July 7. Here we elucidated the transmissibility, sensitivity to antiviral immunity & drugs, and intrinsic pathogenicity of BA.2.75. 2/16
who.int/activities/tra…
BA.2.75 is a descendant of BA.2. However, BA.2.75 is phylogenetically different from BA.5, the currently predominant BA.2 descendant. BA.2.75 spike bears nine substitutions, but only a substitution is shared with BA.5 spike. 3/16 Image
Read 16 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Don't want to be a Premium member but still want to support us?

Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal

Or Donate anonymously using crypto!

Ethereum

0xfe58350B80634f60Fa6Dc149a72b4DFbc17D341E copy

Bitcoin

3ATGMxNzCUFzxpMCHL5sWSt4DVtS8UqXpi copy

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

Send Email!

:(