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Dec 28, 2022 9 tweets 6 min read Read on X
THREAD XBB

XBB.1.5 vient d'obtenir un surnom, Kraken. P̈révalent à New York, il booste une forte vague

Il est récemment apparu en France, en faible nombre, dans 4 régions

Les XBB pouvant causer une de nos prochaines vagues, ils méritent une petite synthèse.

#Covid19 #Variant Image
XBB est un recombinant de BJ.1 (branche BA.2.10), et de BM.1.1.1 (branche BA.2.75.3) avec une cassure en Spike, repéré le 12 septembre. La majeure partie du virus, après la cassure, provient de M.1.1.1.

#Covid19 #Variant Image
XBB se retrouve avec 5 mutations Spike améliorant l'affinité aux recepteurs ACE2 (dont Y144del, la meilleure), et donc l'infectivité du virus, 3 mutations d'échappement immunitaire ++ (346T, 460K, 486S), 3 mutations d'EI + (445P, 446S, 490S), et deux standard.

#Covid19 #Variant
XBB.1▶️XBB + S:G252V

Une autre mutation du NTD spike améliorant l'infectivité du virus.

XBB.1.1▶️+ ORF1a:P309L

Vue dans Delta, mutation Nsp1 renforçant le détournement de nos cellules au profit de la réplication virale.

#Covid19 #Variant
XBB.1.2 et 3 ne sont pas intéressants ajd.

XBB.1.4▶️XBB.1 + S:T883I

Mutation des BA.5* de l'été 2021➡️Avantage de croissance

XBB.1.4.1▶️+ S:S673G

Mutation à l'extrémité du furine cleavage site. La même à l'autre bout (686), accroit, in vitro, la transmission de +100%.
La star du moment :

XBB.1.5▶️XBB.1 + S:S486P

Le passage (toujours en 2 étapes) à la purine en S:486 donne le plus gros avantage d'échappement immunitaire connu à ce jour.

Cela peut expliquer son apparente dominance sur le reste de la famille.

#Covid19 #Variant
XBB.2▶️XBB + S:D253G

Mutation boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.

XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V

Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (réplication/transcription)

#Covid19 #Variant
XBB.4▶️XBB + S:K444R

Cette mutation est la seconde meilleure mutation d'échappement immunitaire connue aujourd'hui.

Tous ces XBB sont présents en France aujourd'hui, à bas bruit, attendant que leur heure vienne, peut-être.

#Covid19 #Variant Image

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Dec 15, 2023
THREAD #SARSCoV2

Des scientifiques de l'institut Pasteur démontrent la persistance virale du SARS-CoV-2 , vivant, dans l'organisme jusqu'à 18 mois après l'infection

- Expériences réalisées avec les souches d'origine (France), et Omicron

#COVID19

nature.com/articles/s4159…
- Le virus se cache DANS notre système immunitaire (macrophages)
- Il réduit la production d'interféron B pour masquer sa présence, ce qui ralentit aussi sa reproduction. Mais, il se reproduit
- L'équipe confirme que le virus utilise des nanotunnels

#SARSCoV2 #Covid19 Image
pour se propager de cellule en cellule sans passer par l'extérieur, ce qui ralentit aussi l'apoptose des cellules hôte
- Cette persistance créée une légère réaction inflammatoire (élévation interleurkines et protéine C réactive) constatée chez de nombreux #LongCovid

#SARSCoV2 Image
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Aug 6, 2023
THREAD #VARIANT #COVID19

Malgré la suppression de l'ensemble des indicateurs spécifiques officiels (déni total), on constate le démarrage d'une nouvelle vague de SARS-CoV-2 en Europe, comme en France.

Les sous-lignages EG.5 en sont responsables.


EG.5 est descendu de la lignée XBB.1.9.2, l'un des deux variants de la vague de l'hiver.

EG.5▶️XBB.1.9.2 + S:F456L

➡️S:F486L : Nouvelle mutation d'échappement immunitaire très efficace, que l'on retrouve dans les lignées

#Covid19 #Variant


Image
XBB.1,1.59, XBB.1,16.6. FE.1.1, FE1.2, toutes en progression en France,

Le variant majoritaire de cette vague, à 20% de prévalence, est EG.5.1

EG.5.1▶️EG.5 + S:Q52H

➡️La mutation S:Q52H est le replacement de l'acide aminé Glutamine (Q) par l'histidine (H)

#Covid19 #variant Image
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Mar 8, 2023
THREAD : SUIVI #COVID19

⚠️ Nouvelle règle !

Le dépistage à l'hôpital du covid-19 pour tous les patients n'est plus obligatoire.

Outre le fait qu'on pourra vous coller un COVID+ contagieux peu symptomatique dans votre chambre, cela va fausser

#Covid19 #Enfants #Ecole

1/6
les chiffres hospitaliers si/quand chaque établissement l'abandonnera, au fur et à mesure que les patients hospitalisés "avec covid" disparaîtront.

Et, on ne saura jamais combien, ce qui nous retire le dernier outil de suivi fiable.

#Covid19 #Enfants #Ecole

2/
Tant que le gouvernement ne demande pas qu'on écrive juste "pneumonie", il nous reste les décès.

Un nouvel enfant de moins de 10 ans est décédé du covid cette semaine.

Au total : 105 #enfants morts.
6 en 2023
71 en 2022
28 en 2020-21

#Covid19 #Ecole

3/6
Read 6 tweets
Mar 7, 2023
Oldies but Goodies 11)

Mission : Impossible (1966 - 1973)
Mission : Impossible (1988 - 1990)
Mission : Impossible (film 1996)
Mission : Impossible 2 (film 2000)
Mission : Impossible III (film 2006)
M:I Ghost Protocol (film 2011)

#Series #TVSeries #60s #MissionImpossible

1/10
M:I Rogue Nation (film 2015)
M:I Fallout (film 2018)
M:I Dead Reckoning Part (film 2023)

Grant Collier, the son of Barney Collier, is played by Phil Morris, Greg Morris' son. The latter appears in an episode.

#Series #TVSeries #60s #70s #80s #MissionImpossible

2/10
Directed by Brian de Palma

First appearances of Ethan Hunt, Ving Rhames as Luther Stickell, and Henri Czerny as Eugene Kittridge.

#Series #TVSeries #60s #70s #80s #MissionImpossible

3/10
Read 10 tweets
Mar 6, 2023
🚨 THREAD #VARIANT🚨

Celui-ci va probablement prendre le podium.

XBB.1.17▶️XBB.1 + S:E180V + S:K478R + S:S486P + ORF1a:L3829F + ORF1b:D1746Y + ORF9b:I5T + ORF9b:N55S

▶️S:486P: Echappement immunitaire +++. L'amène au niveau de XBB.1.5
▶️S:E180V: Non significatif.

#Covid19
▶️S:K478R: CM.4.1, BA.2.38.3. Confère un léger avantage d'échappement immunitaire.
▶️ORF1a:L3829F: Très présent dans les séquences de patients chroniques immunodéprimés, et dans les BQ*. NSP6/ Son effet est inconnu.
▶️ORF1b:D1746Y: Rare.NSP12. Cible

#Covid19 #Variant
de plusieurs antiviraux, dont le remdevisir. Emergeant d'un patient chronique, peut donner un avantage contre des antiviraux. Pure spéculation.
▶️ORF9b:I5T: Présent dans XBB.1.9* et seule mutation pouvant expliquer son apparente avantage sur 1.5*. .

#Covid19 #Variant
Read 5 tweets
Feb 10, 2023
THREAD #DIPHTERIE🇨🇵

SPF nous gate. Nous n'avions pas eu de nouvelles depuis le point à fin novembre.

Au 31/12/22, la France comptait 60 cas (+5 en 1 mois) pour l'année, contre 10 en moyenne. x6.

Sur ces cas, 29 étaient résidents français.

#Diphtérie #Covid19 #Immunite
35 cas en métropole, dont 28 migrants et 6 voyageurs, ainsi qu'une personne contaminée sur le territoire.

3 étaient à jour du vaccin. Le statut vaccinal des autres est inconnu.

Le vaccin diphtérie à jour a une efficacité de près de 100%, sauf

#Covid19 #Immunite #Diphterie
dysfonctionnements immunitaires.

Cette croissance de cas chez migrants et voyageurs, mais aussi de clusters locaux, est constatée par l'ECDC partout (3* + de cas que la moyenne)

A Mayotte et à la Réunion, il y a contaminations communautaires. Un bébé est décédé.

#Diphterie
Read 5 tweets

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