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@SystemsVirology
May 11 • 11 tweets • 5 min read Twitter logo Read on Twitter
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第20弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1 （俗称 #ケルベロス）の特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。

G2P-Japan🇯🇵、発足から28か月で発表論文数20に到達です🎉 1/
nature.com/articles/s4146…
2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株 が #収斂進化 していることが指摘されていました。2/
その最先端に位置するひとつが、5つのスパイクの収斂進化サイトの変異（R346T, K444T, L452R, N460K, F486V）をコンプリートした、BQ.1.1株です。添付の系統樹が示すように、BQ.1.1はBA.5の子供にあたる株です。3/ Image
本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytrasによる分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、①上記5つのサイトの収斂進化が複数の系統で同時多発的に起きていること、②その頻度が特にBA.4/5系統で高いことを明らかにしました。4/ Image
また、③上記5つの収斂進化サイトの変異が、すべて実効再生産数の上昇に寄与すること（図左）、④この5つの変異をコンプリートしたBQ.1.1がもっとも高い相対実行再生産数（Re）を示すこと（図右）を明らかにしました。5/ Image
次に、細胞実験によって、①BQ.1.1はBA.5に比べて、BA.2やBA.5のブレイクスルー血清に対して顕著な抵抗性を示すこと（図左）、②BQ.1.1の融合力はBA.5の2.4倍（BA.2の4.6倍！）高いこと（図右）を明らかにしました。6/ ImageImage
G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.2株（第10弾@CellCellPress）、BA.5株（第12弾@CellCellPress）、BA.2.75株（第14弾@cellhostmicrobe）の研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には強い正の相関があることが示唆されています。7/
「オミクロンBA.2一家」の子どもたちであるBA.5とBA.2.75は、先祖であるBA.2よりも融合力が高く、ハムスターでの病原性が高いことも示しています。つまり、BA.5の2.4倍（BA.2の4.6倍！）も融合力が高いBQ.1.1は、BA.5よりも病原性が増強されていると予想されたのですが... 8/
予想に反し、BQ.1.1の病原性はBA.5と同程度か、それよりも低いことがわかりました。この結果は、①オミクロンの病原性はもう最大まで高まっていて、BA.5あたりの病原性がマックス；②融合力upによって高まった病原性ポテンシャルをスパイク以外の変異で弱めている、などの可能性が考えられます。9/ Image
多様化からの収斂進化、というまたも予想外な進化を見せた新型コロナでした。オミクロンの今後の進化戦略を予想するのは難しいですが、「5類」移行を含めたこれからの波の動向については、やはりみなさんの感染対策次第になるかと思います🙏 10/10
後日談（余談）。今回の論文はなかなか難産で、昨年12月のプレプリント公開👇🏻からこの論文の公開まで、約5か月を要しました。通常の生命科学の論文のタイムスケールとしては至極妥当か早いくらいですが、この辺からも、平時の足音が聴こえてきている気がします...😌 10/10+1

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May 11
BREAKING🔔 The 20th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Nature Communications @NatureComms. We illuminated the convergent evolution of #Omicron and characteristics of BQ.1.1 (aka #Cerberos). Please RT

20 papers in 28 months since the launch of G2P-Japan🎉 1/
nature.com/articles/s4146…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
Omicron BQ.1.1 (aka #Cerberus), a descendant of BA.5, bears all five substitutions at the convergent sites: R346T, K444T, L452R, N460K, F486V. 3/ Image
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May 3
BREAKING🔔 The 19th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis . We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant of interest, XBB.1.16 (aka #Arcturus) Please RT🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin…
XBB.1.16 = XBB.1 + #F486P, #E180V, and #T478K in spike.
cf. XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike (i.e., XBB.1.16 = XBB.1.5 + #E180V and #T478K in spike). 2/ Image
A phylogenetic tree shows that XBB.1.16 is a descendant of XBB.1, not of XBB.1.5. 3/ Image
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May 3
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株（俗称 #アークトゥルス）の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin…
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V と #T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image
XBB.1.5とXBB.1.16は共通する変異もありますが、分子系統学的にはそれぞれ独立に誕生したものです。つまり、XBB.1.5とXBB.1.16は、「XBB.1の子供たち（＝XBB.1.5とXBB.1.16は兄妹）」であって、XBB.1.16は「XBB.1.5の子供」ではありません。3/ Image
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Jan 15
BREAKING🔔 We introduce the latest work from G2P-Japan🇯🇵 focusing on the virological characteristics of new SARS-CoV-2 lineage of concern, XBB.1.5 (aka #Kraken), which is rapidly spreading in the US🇺🇸 Please RT! Preprint/peer-review paper will come soon🔥 1/
XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike. We also found that a part of XBB.1.5 has reversion mutation in Y144del (=XBB.1.5 + #ins144Y) in spike. Because #Y144del evades antiviral immunity and decreases pseudovirus infectivity, its reversion might be also critical. 2/
First, a brilliant young talent, @jampei2, showed that the relative basic reproduction number (Re) of XBB.1.5 is >1.2-fold greater than the parental XBB.1 (❗️). Importantly the "1.2-fold difference" is similar to the differences between BA.1 versus BA.2 and BA.2 versus BA.5. 3/
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Jan 15
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の最新作「オミクロン亜株XBB.1.5の性状解析」を、論文/プレプリント公開前に速報します（図はメイキング）。本研究では、流行拡大中の#オミクロン XBB.1.5株（通称 #クラーケン）の性質を解明しました🔥 1/
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5株です。この株は、↓で我々が報告しているXBB.1株（G2P-Japan🇯🇵プレプリント第15弾）が、スパイクに #F486P という変異を獲得したものです。2/
それに加え、XBB系統が持っていた #Y144del という欠損が復帰したXBB.1.5株（XBB.1.5+ins144Y）も確認されています。Y144del という変異は、ブレイクスルー血清への抵抗性の上昇と、ウイルスの感染力の減少に作用する変異です（G2P-Japan🇯🇵プレプリント第15弾より）。3/
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Dec 27, 2022
BREAKING🔔 The 15th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the virological characteristics of one of the latest SARS-CoV-2 lineages of concern, XBB, which was generated by recombination of two #Omicron subvariants. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. An example is BQ.1.1, which has convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346T, K444T, L452R, N460K & F486V. We reported it as below⬇️ 2/
Another variant of concern is XBB (aka #gryphon). First, two young talents, @jampei2 & @SpyrosLytras, showed that XBB emerged by recombination of two co-circulating BA.2 lineages, BJ.1 & BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during 2022 summer in India or its neighboring countries. 3/
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