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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第21弾「組換えによって誕生した新しいオミクロン亜株XBBの特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株（俗称 #グリフォン）の特性を解明しました。 1/
nature.com/articles/s4146…
2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が多様化していました。2/
本研究ではまず、@jampei2 と@SpyrosLytras による分子系統学と流行ダイナミクスの学際融合解析によって、XBB株は、昨夏、BJ.1とBM.1.1.1（BA.2.75の子孫）というふたつのオミクロン亜株の組換えによって誕生したことを明らかにしました。4/ Image
また、XBBの実効再生産数（Re）は、もうひとつの流行株BQ.1.1と同程度に高いものの、流行地域が異なることを明示しました。2022年末までの状況としては、BQ.1.1系統では西半球で、XBB系統は東半球で流行拡大していたことがわかります。5/ Image
中和実験の結果、XBB.1は、BA.2に比べ、BA.2ブレイクスルー血清に対して30倍（！）、BA.5ブレイクスルー血清に対して13倍というきわめて顕著な抵抗性を示すことを明らかにしました。6/ Image
さらに、XBB.1株の融合力は、BA.2.75株よりも2.2倍高いことを明らかにしました。

G2P-Japanによるデルタ株（第5弾@Nature）、オミクロンBA.1株（第7弾@Nature）、BA.5株（第12弾@CellCellPress）などの研究から、スパイクの融合力とハムスターでの病原性には正の相関があることを見出しています。7/ Image
しかし、予想に反し、もうひとつの「オミクロンBA.2一家」の子どもであるBQ.1.1（第20弾 @NatureComms）と同様、XBB.1の病原性は、BA.2.75と同程度か、それよりも低いことがわかりました。8/ ImageImage
XBBは、組換えによって流行拡大に成功した初めての株と言えます。本邦におけるXBB系統の頻度は高まってきています。5類移行、PHEIC解除と、パンデミックもひと区切りな風潮ですが、今後の流行の動向は、やはりみなさんの感染対策次第と思います🙏 9/9
news.yahoo.co.jp/byline/kutsuna…

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May 16
BREAKING🔔 The 21st paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Nature Communications @NatureComms . We illuminated the virological characteristics of SARS-CoV-2 XBB variant (aka #Gryphon), generated by the recombination of two #Omicron subvariants. Please RT! 1/
nature.com/articles/s4146…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. An example is BQ.1.1, which have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346T, K444T, L452R, N460K & F486V. We reported it as below⬇️ 2/
Another variant of concern is XBB. First, two young talents, @jampei2 & @SpyrosLytras, showed that XBB emerged by recombination of two co-circulating BA.2 lineages, BJ.1 & BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during summer 2022. 3/ Image
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May 11
BREAKING🔔 The 20th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Nature Communications @NatureComms. We illuminated the convergent evolution of #Omicron and characteristics of BQ.1.1 (aka #Cerberos). Please RT

20 papers in 28 months since the launch of G2P-Japan🎉 1/
nature.com/articles/s4146…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
Omicron BQ.1.1 (aka #Cerberus), a descendant of BA.5, bears all five substitutions at the convergent sites: R346T, K444T, L452R, N460K, F486V. 3/ Image
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May 11
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第20弾「オミクロン亜株の収斂進化とBQ.1.1 （俗称 #ケルベロス）の特性解析」を、Nature Communications @NatureComms に発表しました。

G2P-Japan🇯🇵、発足から28か月で発表論文数20に到達です🎉 1/
nature.com/articles/s4146…
2022年後半、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中で多様化した #オミクロン亜株 が #収斂進化 していることが指摘されていました。2/
その最先端に位置するひとつが、5つのスパイクの収斂進化サイトの変異（R346T, K444T, L452R, N460K, F486V）をコンプリートした、BQ.1.1株です。添付の系統樹が示すように、BQ.1.1はBA.5の子供にあたる株です。3/ Image
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May 3
BREAKING🔔 The 19th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis . We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant of interest, XBB.1.16 (aka #Arcturus) Please RT🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin…
XBB.1.16 = XBB.1 + #F486P, #E180V, and #T478K in spike.
cf. XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike (i.e., XBB.1.16 = XBB.1.5 + #E180V and #T478K in spike). 2/ Image
A phylogenetic tree shows that XBB.1.16 is a descendant of XBB.1, not of XBB.1.5. 3/ Image
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May 3
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株（俗称 #アークトゥルス）の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin…
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V と #T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image
XBB.1.5とXBB.1.16は共通する変異もありますが、分子系統学的にはそれぞれ独立に誕生したものです。つまり、XBB.1.5とXBB.1.16は、「XBB.1の子供たち（＝XBB.1.5とXBB.1.16は兄妹）」であって、XBB.1.16は「XBB.1.5の子供」ではありません。3/ Image
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Jan 15
BREAKING🔔 We introduce the latest work from G2P-Japan🇯🇵 focusing on the virological characteristics of new SARS-CoV-2 lineage of concern, XBB.1.5 (aka #Kraken), which is rapidly spreading in the US🇺🇸 Please RT! Preprint/peer-review paper will come soon🔥 1/
XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike. We also found that a part of XBB.1.5 has reversion mutation in Y144del (=XBB.1.5 + #ins144Y) in spike. Because #Y144del evades antiviral immunity and decreases pseudovirus infectivity, its reversion might be also critical. 2/
First, a brilliant young talent, @jampei2, showed that the relative basic reproduction number (Re) of XBB.1.5 is >1.2-fold greater than the parental XBB.1 (❗️). Importantly the "1.2-fold difference" is similar to the differences between BA.1 versus BA.2 and BA.2 versus BA.5. 3/
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