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9 Oct, 14 tweets, 6 min read
Bjr, ci-joint quelques exemples de mon travail et mes contributions sur l’épidémie Covid ds le monde. Tout d’abord l’estimation avec une méthode simple du nombre de gens contaminés chaque jour et du Rt présenté ds un graphique avec d’autres données pertinentes. Ex France 1/n
Les données de base cas et décès sont celle de l’OMS. Les données SPF complémente les graphes pour la France, mais ne sont pas utilisée dans les calculs du Rt 2/n
Le graphe est en échelle log car représentatif du processus épidémique qui suit une loi géométrique. Avec toutefois des courbes en échelle linéaire (sur la droite) : Rt, CHI (Containement and Health Index) et IM (le taux de personnes a priori immunisées) 3/n
Je regarde cela en détail pour 25 pays dont les données sont cohérentes (ne veut pas dire « justes ») avec suffisamment de décès pour que la méthode marche. Exem de maitrise rapide de l’épidémie (Australie) vs. 2nd vague (Espagne) vs. ou l’épidémie s’enkyste (Argentine). Ex 4/n
Aussi vue générale pour le monde 5/n
Des graphiques variés peuvent être en être déduits. Zoom sur les cas, les cas normalisés par les tests avec les données hospitalières France 6/n
Ou, en échelle linéaire plus visible, Rt vs SI (Stringency Index) ou CHI (Containement and Health Index) pour voir comment, qualitativement, la dynamique épidémique se modifie en fonction de ces indexes. 7/n
Ou alors des scenarios à venir peuvent être estimé. 8/n
Notez que les extrapolations se font sur la tendance (via un « linear square fit ») des dernières données, ce qui a du sens pour les 1-2 semaines suivant le dernier Rt calculé mais ensuite l’extrapolation est relativement arbitraire et spéculative (suivant 3 curseurs) 9/n
Ou des simulations sur des cas particuliers comme ces deux cas.
et 10/n
Ne pas oublier que la dernière valeur calculée du Rt est de l’ordre de 2 semaines antérieures aux données des cas et des décès. Au fait, le calcul pour déterminer le Rt est précisé dans ce document. 11/n
J’ai aussi des vues d’ensemble des cas et des décès par régions du monde et par sous-régions (ex Europe) 12/n
Ou en juxtaposant le Rt de divers pays ou en comparant leur nombre de contaminations journalière 13/n
That's all.. for the moment. Work in Progress 14/n

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10 Oct
Petite « exégèse» critique des propos de Mr Toubiana
1.« Épidémie en fin de course à cause du nombre de décès » ? Mr Taubiana ferait bien de consulter le super travail de @gforestier sur le profil des âges de gens contaminés, sa dynamique

et pourquoi cela est différent de Mars-Avril, comme l’a montré les études sérologiques entre autres raisons logiques comme le fait que les + vulnérables ont été + prudent et se protègent. Et que l’amélioration des soins a aussi diminué de facto le IFR
2.« En Mars on monte vite, alors que maintenant on monte un. Tout petit peu » Mr Taubiana n’aurait-il pas vu que le virus circulait « non contraint » début Mars, avec des conditions de super-propagations,
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10 Oct
"Exegese" critique du discours du Pr #Toussaint (#FuturapolisSanté, 10/10)

1. Personne n'a dit que la 2nd vague ressemblerait à la 1er, ne serait-ce que les conditions & restrictions diffèrent bcp ==> Malhonnêteté intellectuelle de la part du Pr Toussaint
Le scenario de 2e vague qu'il présente est d'ailleurs totalement ridicule .
2.“Entre 20 et 25 millions de personnes seront contaminées d’ici la fin de l’année » Sachant que 5 millions de personnes (~7.5% population) l’ont été jusqu’à aujourd’hui, c’est donc 15 à 20 Millions nouvelles contaminations que le Pr Toussaint envisage d’ici la fin de l’année
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25 Sep
Bjr, 1/n Ce graphe représente 3 scenarios possibles d’évolution de l’épidémie en FR.
Scenario 1, courbes pointillé, avec Rt qui devient < 1 aujourd’hui.
Scenario 2, courbes tiret court, avec Rt qui devient < 1 mi-Oct
Scenario 3, courbes tiret long, avec Rt qui devient < 1 mi-Nov
2/n On voit immédiatement l’importance des faibles variations de Rt et celle de la date pour laquelle il devient <1 sur la dynamique de l’épidémie et le bilan sanitaire. Notons que pour aucun des trois scenarios, Rt ne dépasse jamais la valeur de 1.35 a partir d’aujourd’hui
3/n Ainsi le scenario 3 reproduit un bilan de la seconde vague peu enviable par rapport à la première, avec ~24000 décès supplémentaires entre aujourd’hui et le 30 Novembre. Et encore grâce a un IFR + faible (variant de 0.37% à 0.45% entre 25/09 et 30/11) qu’en Mars (0.8%)
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17 Sep
Les graphes suivants montre qu’il a y peu de différence selon que l’on lisse linéairement (courbe jaune) le calcul du R0 brut moyen a l’échelle du pays ou qu’on le lisse par segment (courbe noire), en l’occurrence aux dates de changement de mise en place/levée des restrictions. ImageImage
Alors que la courbe jaune laisserait penser que l’épidémie a décrue « normalement » pré-confinement jusqu’à faire penser que le R0 serait passer sous 1, confinement ou pas, la courbe noire montre l’inverse.
La décrue du R0 pré-conf pourrait en fait s’expliquer par le passage d’un mode de propagation de foyers distincts, ou les évènements « sur-propagateur » petits ou grands jouent un rôle important, a un mode de propagation communautaire ou ces évènements ont moins de poids.
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12 Sep
La prédiction est un art difficile! Ci-joint
-Extrapolation avec data du 28/08. Scenario pessimiste (“Trend” tiré discontinu long) moyen (Cautious, tiré discontinu court) optimiste (pointillé) pour R0, cas, décès, contaminations.
-Mise a jour de R0 (en noir) avec data du 8/09 Image
On voit qu'on est sur la tendance moyenne (« cautious ») avec un R0 qui aurait commencé à très légèrement décliner mi-aout (due à une prise de conscience des Français ?) mais qui malheureusement risque de se traduire par une centaine de décès journalier début Octobre.
Croisons les doigts pour que la rentrée de Septembre n’est pas inversé de nouveau la tendance.
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28 Apr
@theShiftPR0JECT @OIL_MEN Et si on se libérait d’abord de la dépendance de la Chine, son charbon, ses routes de la soie, en relocalisant notre industrie, nos mines, etc…? Quitte à augmenter nos émissions de GHG locales pour diminuer d’autant plus nos émissions importées.
Car passer de la voiture au vélo à Paris quand Pékin passe du vélo a la voiture électrique au charbon ne change pas vraiment la donne pour le climat.
Et d’en profiter pour relancer le nucléaire contre le charbon, et plutôt que des ENR+gas, car substituer véhicules thermiques pour les transports routier (50% du pétrole) par des véhicules électriques n’a de sens que si l’électricité est bas carbone
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