Je vais commencer la journée en vous expliquant un peu ce qu'est la bioinformatique :
Comme @jessica_compbio l'a très bien expliqué, la bioinformatique est une discipline qui se place à l'interface de la biologie et de l'informatique dont l'objectif est de résoudre des problématiques biologiques avec l'utilisation d'outils informatiques .
Alors, la bio-informatique est une discipline très vaste et on y retrouve plusieurs champs d'applications :
La bioinformatique génomique (c'est moi !) qui travaille sur les données issues de matériel génétique. Il y a beaucoup de déclinaisons comme la métagénomique mais j'en parlerais plus tard.
Arrive ensuite la bioinformatique structurale, qui travaille sur les structures des protéines, leur interactions ou encore leur repliement. J'ai travaillé sur ce sujet en stage, et c'est vraiment passionnant !
La bio-informatique systémique ou intégrative, qui étudie un système à différentes échelles (ADN, la cellule, l'individu) et qui s'intéresse aux interactions qu'on peut retrouver dans ce même système et son environnement.
Et enfin les autres champs d'applications : la phylogénie qui étudie la relation de parenté entre différents organismes, la génétique des populations qui étudie la distribution et des changements de la fréquence des versions d'allèles dans les populations, les statistiques, etc.
Tout ça pour dire que la bio-informatique, c'est vraiment tout ce qui touche à la biologie, et en tant que bioinformaticien il faut savoir être très polyvalent !
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D'autres exemples sur l'utilisation de données WGS en sécurité sanitaire :
Par exemple, les Danois ont découvert qu'ils avaient des persistances géographiques de certains types de génome de S.Dublin. Ils ont donc des souches qui sont sur le sol danois depuis 20 ans et qui continuent de causer des épidémies. C'est fou non ?
En Allemagne, le WGS a permis de séparer 3 clusters du même sorovar assez rare. Les données portaient à penser à une seule source, mais en réalité il y en avait 3.
Aujourd'hui, je vais enfin parler de mon domaine : la bio-informatique génomique en sécurité alimentaire ! Je parlerais (enfin) de ma thèse demain, mais aujourd'hui, je voulais vraiment prendre du temps pour introduire le sujet.
Hier, on a pu voir comment était résolu les enquêtes épidémiologiques. Aujourd'hui, je vais vous montrer qu'est-ce que les données WGS peuvent apporter aux analyses.
Je vous ferais également un petit thread sur les techniques de séquençage un peu plus tard si ça vous intéresse 😉
Petit point serovar : hier je vous ais expliqué ce que c'était un sérovar, mais comment on le détermine ?
l y a plusieurs méthodes afin de déterminer microbiologiquement le sérovar d'une Salmonella. PFGE, PCR...je ne vais pas tous les décrire parce que le thread devient long, mais je vais parler de la méthode de référence utilisé par mon laboratoire d'accueil.
A l'ANSES, on utilise le sérotypage par agglutination. Qu'est-ce que c'est ? En gros, c'est réaction spécifique entre un anticorps présent dans un sérum test et un antigène porté par le microorganisme étudié, comme expliqué dans le schema (crédit : ac-montpellier)
Hello hello,
Aujourd'hui comme annoncé, je vais parler de sécurité sanitaire et de caractérisation des Salmonelles.
Je voulais absolument présenter ça avec un exemple concret, et ça a été difficile de trouver quelque chose de bien décrit et publié officiellement en France.
Je vais donc raconter une investigation de cas groupés de Salmonella datant de 2012. C'est un peu vieux, mais l'investigation a très bien été décrite et je ne risque pas de divulguer des informations sensibles 😅
Pour poser les bases, en France, une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est déclarée lorsqu'il existe au moins 2 cas de maladie avec une symptomatologie similaire, souvent gastro-intestinale. En 2018, 1 630 TIAC ont été déclaré.
Comme promis, voici le thread sur les salmonelles ! Ici, je vais décrire rapidement les salmonelles et les classifications des salmonelles 😉
Alors la Salmonella, c'est quoi ? 🦠
Entérobactérie ✅ Bacilles avec des flagelles péritriches (tout autour de la cellule) ✅Gram négatif ✅ 0,7 à 1,5 μm de diamètre✅Superbe photo coloré d'une Salmonelle en contact avec une cellule✅ (crédit NIAID)
Elle provoque des maladies, comme la fièvre typhoïde chez les salmonelle typhiques, ou la salmonellose chez les salmonelles non-typhiques.
Dans ce thread, je vais vous parler un peu de mon parcours et comment j'en suis arrivée à faire de la bio-informatique. Il y a deux types de bio-informaticien : les bio-informaticiens de formation et les bio-informaticiens qui ont appris "sur le tas". Moi, je suis de formation.
J'ai commencé à m'y intéresser en terminale quand il fallait choisir son avenir.
J'aimais bien la biologie, et j'avais commencé à faire un peu d'informatique avec l'option "informatique sciences du numérique" (ISN) qui venait d'être mis en place.
Je me suis dit que j'allais continuer dans ces deux domaines. J'ai donc rejoins l'université de Versailles St Quentin en Yvelines @uvsq pour une licence en Biologie-Informatique.