D'autres exemples sur l'utilisation de données WGS en sécurité sanitaire :
Par exemple, les Danois ont découvert qu'ils avaient des persistances géographiques de certains types de génome de S.Dublin. Ils ont donc des souches qui sont sur le sol danois depuis 20 ans et qui continuent de causer des épidémies. C'est fou non ?
En Allemagne, le WGS a permis de séparer 3 clusters du même sorovar assez rare. Les données portaient à penser à une seule source, mais en réalité il y en avait 3.
En Australie, le WGS a pu fournir des détails beaucoup plus discriminatoires pour montrer que plusieurs outbreaks qui avait lieu dans différents juridictions étaient reliés.
En Allemagne, la source d'une TIAC de Salmonella Derby a été retrouvé en séquençant les Salmonella de différentes sources, comme les données épidémiologiques ne permettaient pas de trouver un lien.
Un exemple très bien illustré du CDC sur un outbreak qui dure 1 an :
Au cours de l'année représentée ci-dessus, plusieurs foyers ont été identifiés, soit en temps réel, soit rétrospectivement. Les cas sont colorés.
Au cours de l'année représentée ci-dessus, plusieurs foyers ont été identifiés, soit en temps réel, soit rétrospectivement. Les cas sont colorés.
Pour la plupart, PFGE trie correctement les cas qui sont liés et font partie de la même épidémie à partir d'autres cas non liés. Mais sur la plus grande épidémie en rouge, vous remarquerez que de nombreux cas gris non épidémiques sont mélangés aux cas d'épidémie
En utilisant WGS, les cas d'épidémie sont beaucoup plus regroupés et se distinguent clairement des cas non épidémiques. Le plus grand groupe (rouge) ici a été détecté à l'origine parmi un petit nombre de clients dans deux restaurants différents dans deux états distincts.
Mais WGS a montré que les deux groupes de maladies faisaient en fait partie d'une épidémie plus large, impliquant plusieurs patients qui n'étaient allés à aucun des deux restaurants.
Aujourd'hui à l'ANSES le WGS est utilisé comme support pour l'investigation de TIAC, ou afin de mesurer avec précision si deux souches sont reliés ou non.
C'est également beaucoup utilisé afin de rechercher des gènes de résistances ou de virulence.
C'est également beaucoup utilisé afin de rechercher des gènes de résistances ou de virulence.
Moi, j'utilise les données WGS afin de :
1) comprendre les liens génétiques entre les souches de mes sérovars en France
2) essayer de trouver des marqueurs de chaîne pour retrouver la source de contamination d'une souche.
Mais je ferais un thread pour l'expliquer en profondeur 😉
1) comprendre les liens génétiques entre les souches de mes sérovars en France
2) essayer de trouver des marqueurs de chaîne pour retrouver la source de contamination d'une souche.
Mais je ferais un thread pour l'expliquer en profondeur 😉
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