Thread by @laBioauLabo

Petit point serovar : hier je vous ais expliqué ce que c'était un sérovar, mais comment on le détermine ?

l y a plusieurs méthodes afin de déterminer microbiologiquement le sérovar d'une Salmonella. PFGE, PCR...je ne vais pas tous les décrire parce que le thread devient long, mais je vais parler de la méthode de référence utilisé par mon laboratoire d'accueil.

A l'ANSES, on utilise le sérotypage par agglutination. Qu'est-ce que c'est ? En gros, c'est réaction spécifique entre un anticorps présent dans un sérum test et un antigène porté par le microorganisme étudié, comme expliqué dans le schema (crédit : ac-montpellier)

Vous vous souvenez du schema Kauffman–White d'hier ? Pour trouver le sérovar d'une Salmonella, on va tester plusieurs sérum, et voir s'il y a une agglutination. Par exemple ici voici les tests de serum pour identifier une S.Enteridis (1,9,12 : g,m : –).

Petite image pour que vous visualisez à quoi ça ressemble une agglutination (crédit : Statens Serum Institute)

Je reviens donc sur l'enquête. On a vu que dans les coprocultures, on avait retrouvé de la Salmonella.
Du côté de la source hydrique, on recherche de Salmonelle dans l'eau et....il n'y en a pas. Nada. Donc on lève l'interdiction de consommer de l'eau le 5 juillet.

On se re concentre sur cette fameuse fête de l'école qui reste l'hypothèse la plus probable.
94 % des malades avaient consommé du jambon lors de cette fête, mais des personnes non-malade en avait consommé également. Mais ça reste la piste la plus plausible.

En plus, des personnes qui n’avaient pas participé au repas, mais qui avaient consommé des restes de jambon ont été malades. Avec ça, on récupère les restes de jambons, et on recherche de la Salmonella.

Ces souches sont envoyées à l'ANSES (comme j'avais dit tout à l'heure, les souches alimentaires ça part chez eux).

Et bingo, on trouve une contamination sur la surface du jambon, mais pas dans le cœur

Et les souches retrouvées chez les humains et sur le jambon correspondent à des S.Typhimurium avec le même profil. Comme la TIAC est très localisée, on peut établir de manière assez forte le lien entre les cas de salmonellose et le jambon.

Des prélèvements d’ambiance et d’environnement de l’entreprise de salaison du jambon ont été négatif.

Une contamination croisée suite à manipulation après cuisson semblait donc la plus probable, donc l'enquête s'est conclu que la contamination était sûrement dû à un support contaminé, soit par des mains contaminées, ou les deux.

Et voilà le 26 juillet, la Cire a envoyé une note de rétro-information résumant les investigations et les conclusions de l’enquête.

Ce qui a été difficile dans cette enquête, et dans la plupart des enquêtes épidémiologiques, c'est qu'il peut y avoir énormément d'hypothèses, et que certains moments les épidémiologistes n'arrivaient pas à trouver la source de la contamination.

Le fait qu'il y ait eu des cas de gastro-entérites avant la fête de l'école a poussé l'enquête vers une source hydrique. De plus, tout le monde avait ingéré du jambon pendant la fête de l'école, et donc il n'y avait pas eu d'association significative au risque de maladie.

Enfin, il y avait plusieurs jambons, donc ils n'étaient peut-être pas tous contaminés.

Sur cette enquête, il y avait des restes de jambon qui étaient contaminés. Et c'est une chance ! Parce que dans la plupart des cas, il n'y a pas de restes des repas, surtout si une TIAC est déclarée longtemps après le premier patient.

J'en profite également pour dire qu'en France, beaucoup de TIAC sont repérés avec les systèmes de surveillances.

Par exemple, le CNR de Pasteur avait découvert en 2005 une épidémie de Salmonella Agona parce qu'ils avaient reçu plus que d'habitude d'échantillons à analyser sur une période assez courte.

Bref, je vais arrêter ici pour aujourd'hui, j'espère que ce thread vous a plu, demain, on va parler de Whole Genome Sequencing (enfin !), qu'est-ce que ça apporte en plus aux investigations de TIAC et le rôle des bio-informaticiens là-dedans😉

L'enquête si ça vous intéresse : "Investigation de cas groupés de salmonelloses à Salmonella Typhimurium aux Carroz d’Arâches, Haute-Savoie Juin-juillet 2012"