Mutasyonların yerleşmesi için seçilim baskısı gerekir. Bu önbasımda seçilim baskısının virüsler üzerindeki etkisini harika bir örnekle görüyoruz. Bir Covid19 hastasında konvalesan plasma kullanımı sonucunda pozitif seçilime uğrayan mutasyonlar ortaya
çıkıyor. Görselde de görüldüğü gibi:
👉İlk 65 günde mutasyon çeşitliliği yok, fakat
👉65. günde ilk ve ikinci konvalesan plazma (CP) kullanımı sonucu oluşan seçilim baskısı bazı mutasyonların ortaya çıkmasına sebep oluyor.
👉Önce delH69/V70 ve D796H mutasyonları, arkasından da
W64G, Y200H, T240I mutasyonları,
👉93. ve 95. günlerde Remdesivir ve üçüncü konvalesan plazma sonucu tekrar bir seçilim baskısı ile yine en başta görülen delH69/70 ve D796H mutasyonları ortaya çıkıyor.
👉Peki her konvalesan plazma tedavisinde neden aynı delH69/70 ve D796H
mutasyonları ortaya çıkıyor?
👉Sebep: bu mutasyonlar Konvalesan Plazmadaki poliklonal antikorların bağlandığı yüzeylere yakın.
👉Görselde mutasyonların Spike proteini yapısındaki konumları dışarıya bakan kısmında olması göze çarpıyor.
👉Önemli: Bu istisnai bir örnek çünkü
bu hasta aynı zamanda B hücresi Lenfoma kanseri için Rituximab tedavisi gören birisi, yani B hücreleri tedavi ile yok edilmiş dolayısıyla kendisi antikor oluşturamıyor. Dolayısıyla tamamen konvalesan plazmanın oluşturduğu seçilim baskısı sonucu çıkan mutasyonlara tanık oluyoruz.
👉Hatırlatma: Mutasyonlar virüsler ve insanlar dahil bütün canlılarda olur ve bu çok normaldir.
👉Fakat mutasyonların yerleşmesi için seçilim baskısı ve adaptasyon gerekir.
👉Bu önbasımda bunun harika bir örneğini görüyoruz: Konvalesan plazma seçilim baskısını oluşturuyor,
ortaya çıkan mutasyonlar da plazmadan “kaçış” sağlayarak adaptasyona sebep oluyor.
👉Yani gözümüzün önünde bir virüsün evrimleşmesine tanık oluyoruz (evrim de seçilim ve adaptasyon sonucu olur).
👉Hatırlatma: SARSCOV2’de yüzlerce mutasyon var. Hepsi NextStrain.org ‘da.
👉SARSCOV2 mutasyonlarının şimdilik pandemide bir etkisi olduğuna dair hiçbir veri yok. Bunun hakkında bilgi için bu flood:
Şu an canlı yayında Pfizer’ın aşı başvurusunun FDA komitesini izliyorum. Bu yayınlar halka açıktır. Ben ve meslektaşlarım da geliştirdiğimiz terapiler için FDA ile benzer görüşmelerde bulunduk. Herkes izleyebilir:
Şu an canlı yayında konuşanları size tanıtayım:
Stanley Perlman: Iowa iniversitesi, coronavirus uzmani.
Susan Wollersheim: Georgetown universitesi pediatri bulaşıcı hastalık uzmanı.
Dorian Fink: FDA aşı baş direktörü.
Kathrin Jansen: Pfizer aşı bölümü başkanı.
Yayın nihayet bitti. 8 saat ve 40 dakika sürdü. En sonda komiteye şu soru soruldu: “Based on the totality of scientific evidence available, do the benefits of the Pfizer/BioNTech COVID-19 vaccine outweigh its risks for use in individuals 16 years of age and older?” Türkçesi:
Virolog hatırlatması: bugüne kadar en hızlı geliştirilen aşı 4 sene sürdü, (kabakulak virüsü). HPV aşısı 15 sene civarı sürdü. Peki, Covid19 için bu kadar çabuk aşı geliştirilir mi? Bu hızda yapılan aşı çalışmalarına güvenilir mi? Açıklıyorum: 1/n
2/n 👉Aşı geliştirilmesinde önemli evreler var:
1️⃣Hastalığın tanınması, eğer viral kökenli ise virüsün izolasyonu ve genomunun sekanslanması
2️⃣Labda in vitro deneylerin yapılması
3️⃣Hayvan modelinin bulunup in vivo deneylerin yapılması
4️⃣Klinik deneyler
5️⃣İmalat, patent, onay.
3/n 👉Her evrede aşının geliştirilme süresi değişebilir: virüsün cinsine göre, kullanılan teknolojiye göre, klinik deneylere hasta bulabilmek, ülkelerin bürokrasisine ve patent kurallarına göre süre uzayıp kısalabilir.
Başından beri söylüyoruz: SARSCOV2’de binlerce mutasyon var ve bu çok normal. Bu mutasyonlar etkisiz. Bu mutasyonların daha zayıf veya ölümcül olduğuna dair hiçbir veri yok. Bugün de çıkan bir yayın kabak gibi aynı şeyi söylüyor. 1/n nature.com/articles/s4146…
2/n 👉46,723 SARSCOV2 genomuna baktılar.
👉12,706 mutasyona baktılar, aralarında 398 tanesi birden çok kez görüldü. Bunlardan sıkça görülen 185 mutasyon üzerine odaklaştılar (D614G dahil).
👉Gördüler ki bu mutasyonların hiçbiri enfeksiyonun akışını değiştirecek frekansta değil.
3/n 👉Veriler şunu gösteriyor: daha çok sıklıkta görülen D614G gibi mutasyonlar evrimde ‘founder effect’ dediğimiz erken yerleşim sayesinde sıklıkla görülüyor (örneğin: Avrupa’ya gelen ilk vakada bu mutasyon zaten vardı ve yerleşti, gibi.)
Virolog hatırlatması:
Doğal enfeksiyonun oluşturduğu bağışıklık ile aşının oluşturduğu bağışıklık farklıdır. Bu gerçek, eksik veya yanlış bilgilerden dolayı saptırılıyor ve maalesef “Covid19’a aşılar etki etmez” gibi hatalı sözler ortaya çıkıyor.
Açıklayayım:
👉Pek çok virüste konak canlıdaki bağışıklığı kontrol edecek proteinler evrimleşmiştir. Örneğin, Koronavirüslerinde Nsp15 isimli protein hücre içindeki en önemli bağışıklık moleküllerinden birini (PKR) engeller. Virüsle bu yüzden çok yönlü bağışıklık oluşamaz, ama aşılarla oluşur
👉Aşılar, cinslerine göre bağışıklık sisteminin farklı dallarını aktive edebilirler ama viral enfeksiyonlarda her dal aktive olmayabilir. Örnek: hücresel bağışıklığın dalları var (mesela TH1, TH2, vb) ve viral enfeksiyonda oluşmayan hücresel bağışıklık aşı ile oluşturulabilir.
Oxford aşısı diye bilinen Oxford/Vaccitech/Astrazeneca aşısı klinik deneylerinin bugün açıklanan verilerinde birincil etkinlik son noktasına (primary efficacy endpoint) ulaşıldı. Detayları açıklıyorum:
👉Deneylerde 131 Covid19 vakasında aşının ortalama %70 etkinliği görüldü. 1/n
2/n 👉AZD1222 isimli aşı bir viral vektör aşısıdır (detayları aşağıda açıklayacağım). Bir ay ara ile 2 doz olarak verilir.
👉%70 etkinlik ortalaması iki farklı gurupta görülen %90 ve %62 etkinliklerin yaklaşık ortalaması (etkinlikler istatistiksel olarak da olumlu, p<0.0001).
3/n 👉COV002 (%90 etkinlik) grubunda Birleşik Krallık ülkelerinde 12,390 katılımcıdan şimdilik 2,741 kişi bir ay arayla 2 doz aşılandı. İlk doz yarım doz (25milyar vektör), 2. doz tam doz (50milyar vektör). Plasebo olarak iki dozda da MenACWY isimli menenjit aşısı verildi.
COVID19’a sebep olan SARS-CoV-2 virüsü ile SARS’a sebep olan SARS-CoV-1 (eskiden SARS CoV virüsü) hatalı bir şekilde karıştırılıyor. Covid19 da bir çeşit SARS hastalığı (Severe Acute Respiratory Syndrome) yani ciddi aküt sokunum sendromu. Bugünkü PCR testlerinde SARS-CoV-2 testi
yapılıyor. Yani havaalanlarında yapılan PCR testi sadece Covid19’a sebep olan SARS-CoV-2 virüsüne dair. Bunun sebebi PCR testinin virüse özel genom sekansı kullanması. Merak eden bilimcilere: PCR tesi için kullanılan primer/prob sekansları: cdc.gov/coronavirus/20…
Elbette tesadüf bu primer/prob sekanslarından bazılar hem SARSCOV2 hem SARSCOV1’i tanıyabilir ama PCR testi için kombine 3 sekans lazım (iki primer, bir prob) ve bu üçü birden kullanıldığı için COVİD19 testi sadece SARSCOV2’yi test eder. PCR testini merak edenlere görsel: