Thread by @virusfantom

Başından beri söylüyoruz: SARSCOV2’de binlerce mutasyon var ve bu çok normal. Bu mutasyonlar etkisiz. Bu mutasyonların daha zayıf veya ölümcül olduğuna dair hiçbir veri yok. Bugün de çıkan bir yayın kabak gibi aynı şeyi söylüyor. 1/n nature.com/articles/s4146…

2/n
👉46,723 SARSCOV2 genomuna baktılar.
👉12,706 mutasyona baktılar, aralarında 398 tanesi birden çok kez görüldü. Bunlardan sıkça görülen 185 mutasyon üzerine odaklaştılar (D614G dahil).
👉Gördüler ki bu mutasyonların hiçbiri enfeksiyonun akışını değiştirecek frekansta değil.

3/n
👉Veriler şunu gösteriyor: daha çok sıklıkta görülen D614G gibi mutasyonlar evrimde ‘founder effect’ dediğimiz erken yerleşim sayesinde sıklıkla görülüyor (örneğin: Avrupa’ya gelen ilk vakada bu mutasyon zaten vardı ve yerleşti, gibi.)

4/n
👉Hatırlatma: Tüm canlılarda, virüsler dahil (evet, virüsler de bizler gibi nükleik asit çoğaltma ivmesiyle yaşayan bir canlıdır) mutasyonlar olur. Her insanda tek bir günde trilyonlarca mutasyon olur. Sebep: her genom kopyalandığındaki hata oranı.

5/n
👉Bir hatırlatma daha: Tüm genomumuzun sadece %2’si gendir. Bu yüzden genomumuzda oluşan mutasyonların çoğu etkisizdir, bazıları hücrenin ölümüne sebep olur (yani mutasyon yok olur ve görülmez), çok ender bazıları da hücreye üreme avantajı (Örnek: kanser) sağlar.

6/n
👉Mutasyonların yerleşmesi için Adaptasyon ve Seçilim gerekir. Örnek: antibiyotikler eksik veya yanlış kullanılırsa tesadüfen dirençli mutasyona sahip bakteriler seçilir ve mutasyon yerleşir.
👉Bir de Founder Effect sayesinde tesadüfen ilk nesillerdeki mutasyon yerleşebilir.

7/n
👉Virüslerde de benzer durum var: Bir mutasyonun yerleşmesi için seçilim (mutasyona bir seçilim baskısı, veya virüse üreme avantajı) gerekli. Bunu frekans hesapları ile anlayabiliriz ve bu yayında görüyoruz ki sıklıkla karşımıza çıkan 185 mutasyondan hiçbirinde avantaj yok.

8/n
👉Yani, bu yayında 185 SARSCOV2 mutasyonları virüsün yayılmasında herhangi bir etkisi yok.
👉Bu, bir gün etkisi olmaz anlamına gelmez. Örnek: Teoride herkes tek tip bir antikor üretse o zaman o antikor seçilim baskısı yapar ve kaçabilecek virüs mutasyonlarını seçebilir.

9/n
👉Ama aşılar tek antikor değil, çeşitli antikor ve çok yönlü hücre bağışıklığı oluşturabildiği için virüs köşeye sıkışır. “Sampling Space” dediğimiz mutasyon alanı darlaşır. Bu yüzden doğru aşılama sayesinde virüsün mutasyon ile kaçma ihtimali azdır. Tabii her zaman veri veri

10/n
👉Bir hatırlatma daha: Virüslerde mutasyonlar 3 şekilde oluşabilir:
1️⃣Genom kopyalanırkenki hatalar
2️⃣Birden çok virüs hücreyi enfekte ederse genomlar arasındaki rekombinasyon
3️⃣Konak hücrede nükleik asit kurgulayan enzimler mutasyon sokabilir (örnek: APOBEC proteinleri)

11/n
👉Bu son noktayı açalım: İnsanlarda dahil pek çok canlıda RNA moleküllerini ‘edit’ (kurgu) yapabilen enzimler evrimleşti. Bunlardan en önemli ailelerden biri APOBEC ailesidir.
👉Bir hücre içi bağışıklık olan APOBEC, virüs RNA’sını mutasyonlayarak virüsü durdurmaya çalışır.

12/n
👉Örneğin HIV hastalarında mutasyonlardan bazıları insan APOBEC3G enzimi sayesinde olur. Peki HIV nasıl başarılı? Çünkü APOBEC proteinlerine karşı gelmek için kendisi Vif isimli proteini evrimleşmiş. HIV’nin Vif proteini insandaki APOBEC’leri durduruyor.

13/n
👉Gelelim SARSCOV2 virüsüne. Bu yayında gördülerki bazı SARSCOV2 mutasyonları insan hücresindeki APOBEC enzimleri sayesinde oluşmuş olabilir. Bu yüzden yok olan virüsler yok oldu, ama kalan virüsler kaldı (yani virüse zarar vermeyen mutasyonlar kaldı).

n/n
👉Bunu nasıl anlıyoruz? APOBEC enzimleri deaminaz enzimidir. RNA’daki Sitozin (C harfli) nükleotidleri Urasil’e (U harfine) çevirir.