Bu önbasım ile “Koronavirüs genoma girecek” diyenler var. Bu önbasımda koronavirüsün insan gemomuna girebileceğine dair verler yoktur. Açıklıyorum:
👉Yayında “chimeric” dedikleri virüs-insan sekanslarından bahsediyorlar. Bu tür sekanslar PCR hatası olarak
biorxiv.org/content/10.110…
rekombinasyon oluşturabilir. Bunu kontrolleyecek deneyleri yapmadılar.
👉RT enzimini overexpress ederek sundukları sistem tamamen suni bir sistemdir. RT overexpress ederseniz bir sürü RNA zincirini DNA’ya çevirip yakalarsınız. Bu, entegre oluyor anlamına gelmez.
👉Bu güne kadar
hiçbir canlının DNA sekansında entegre olmuş koronavirüsü sekansına rastlamadık, hem de yüzlerce farklı koronavirüsü ve enfekte olan bir sürü canlı olduğu halde.
👉Bu bir önbasımdır yani bilimsel hakemlerce henüz gözden geçmemiştir. BioRxiv ve MedRxiv’de çıkan her yazı önbasım.
👉Hakemler tarafından eleştirildikten sonraki halini de hep beraber okuyup analiz edebiliriz.
👉Hatırlatma: her virüsü kaptığınızda o virüsün RNA ve/veya DNA’sına maruz kalıyoruz. Bu çok normal. Entegre olabilen sekansları biliyoruz, entegre olamayan sekansları da.
👉Önbasımdaki önemli bir eksiklik daha: Entegre olmuş sekansları bulmak için çok standart bir test var: Genomdan DNA kimeralarını direkt olarak sekanslamak. Ama bu önbasımda bunu da yapmadılar.
👉Bilimin en güzel tarafı kimin ne dediği önemli değildir, sadece veriler önemlidir.
👉Bir sonuca ulaşmak için hipotezler bilimsel metodlarla değerlendirilir.
👉Kullanılan metodlar ve ortaya çıkan veriler bilim insanları arasında tartışılır değerlendirilir.
👉Bilim çok keyifli

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Semih Tareen

Semih Tareen Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @virusfantom

17 Dec
Pfizer-BioNTech aşısının prospektüsünü (EUA Fact Sheet) bilgilendirme amaçlı paylaşıyorum.
👉Önemli: Bir aşı veya ilaç sizin için uygun mu değil mi öğrenmek için hekiminizle görüşün.
👉Bu acil kullanım yetkisi 16 yaş ve üstü için geçerlidir.
fda.gov/media/144413/d…
👉3 hafta ara ile iki doz kas içine enjekte edilir (her doz 30ug, 0.3mL).
👉Karanlıkta, -80 ile -60 arasında muhafaza edilmeli.
👉Çözülmüş aşı tekrar dondurulmamalı.
👉Aşı dağıtımı termal kutularda donmuş karbondioksit kuru buz ile yapılır.
👉Eğer derin dondurucu yoksa kuru buz ilavesi yapılarak geçici bir süre için termal kutularda muhafaza edilebilir.
👉Donmuş aşı dolapta veya oda sıcaklığında çözülür.
👉Dolapta (2 ila 8C) 5 gün, oda sıcaklığında 2 saat muhafaza edilebilir.
Read 22 tweets
16 Dec
Virolog hatırlatması: Covid19 RNA aşılarında kullanılan iki önemli teknoloji önceden keşfedildiği için RNA aşıları bu kadar hızlı gelişti. Eğer elimizde bu keşifler olmasaydı hala aşı haberi bekliyor olurduk. Basic Science (temel bilim) araştırması bu yüzden önemli. İki buluş:
1️⃣2017 senesinde MERS koronavirüsünün S Spike proteininin stabil prefusion konformasyonu için gerekli iki Prolin aminoasiti. Yani? Covid19 RNA aşıları Spike proteininin prefusion (hücreye bağlanmadan önceki) halini kullanıyor. Bu, virüsün vücuda ilk girdiği hali tanımak için şart
Dolayısıyla, 2002 SARS ve 2012 MERS salgınları sonucu devam eden araştırmalar sayesinde nihayet 2017 senesinde koronavirüsün Spike proteinin prefusion halini nasıl yapacağımızı öğrendik. Yayın burada: pnas.org/content/114/35…
Read 6 tweets
13 Dec
Mutasyonların yerleşmesi için seçilim baskısı gerekir. Bu önbasımda seçilim baskısının virüsler üzerindeki etkisini harika bir örnekle görüyoruz. Bir Covid19 hastasında konvalesan plasma kullanımı sonucunda pozitif seçilime uğrayan mutasyonlar ortaya

medrxiv.org/content/10.110…
çıkıyor. Görselde de görüldüğü gibi:
👉İlk 65 günde mutasyon çeşitliliği yok, fakat
👉65. günde ilk ve ikinci konvalesan plazma (CP) kullanımı sonucu oluşan seçilim baskısı bazı mutasyonların ortaya çıkmasına sebep oluyor.
👉Önce delH69/V70 ve D796H mutasyonları, arkasından da
W64G, Y200H, T240I mutasyonları,
👉93. ve 95. günlerde Remdesivir ve üçüncü konvalesan plazma sonucu tekrar bir seçilim baskısı ile yine en başta görülen delH69/70 ve D796H mutasyonları ortaya çıkıyor.
👉Peki her konvalesan plazma tedavisinde neden aynı delH69/70 ve D796H
Read 8 tweets
10 Dec
Şu an canlı yayında Pfizer’ın aşı başvurusunun FDA komitesini izliyorum. Bu yayınlar halka açıktır. Ben ve meslektaşlarım da geliştirdiğimiz terapiler için FDA ile benzer görüşmelerde bulunduk. Herkes izleyebilir:
Şu an canlı yayında konuşanları size tanıtayım:
Stanley Perlman: Iowa iniversitesi, coronavirus uzmani.
Susan Wollersheim: Georgetown universitesi pediatri bulaşıcı hastalık uzmanı.
Dorian Fink: FDA aşı baş direktörü.
Kathrin Jansen: Pfizer aşı bölümü başkanı.
Yayın nihayet bitti. 8 saat ve 40 dakika sürdü. En sonda komiteye şu soru soruldu: “Based on the totality of scientific evidence available, do the benefits of the Pfizer/BioNTech COVID-19 vaccine outweigh its risks for use in individuals 16 years of age and older?” Türkçesi: Image
Read 4 tweets
30 Nov
Virolog hatırlatması: bugüne kadar en hızlı geliştirilen aşı 4 sene sürdü, (kabakulak virüsü). HPV aşısı 15 sene civarı sürdü. Peki, Covid19 için bu kadar çabuk aşı geliştirilir mi? Bu hızda yapılan aşı çalışmalarına güvenilir mi? Açıklıyorum: 1/n
2/n
👉Aşı geliştirilmesinde önemli evreler var:
1️⃣Hastalığın tanınması, eğer viral kökenli ise virüsün izolasyonu ve genomunun sekanslanması
2️⃣Labda in vitro deneylerin yapılması
3️⃣Hayvan modelinin bulunup in vivo deneylerin yapılması
4️⃣Klinik deneyler
5️⃣İmalat, patent, onay.
3/n
👉Her evrede aşının geliştirilme süresi değişebilir: virüsün cinsine göre, kullanılan teknolojiye göre, klinik deneylere hasta bulabilmek, ülkelerin bürokrasisine ve patent kurallarına göre süre uzayıp kısalabilir.
Read 31 tweets
26 Nov
Başından beri söylüyoruz: SARSCOV2’de binlerce mutasyon var ve bu çok normal. Bu mutasyonlar etkisiz. Bu mutasyonların daha zayıf veya ölümcül olduğuna dair hiçbir veri yok. Bugün de çıkan bir yayın kabak gibi aynı şeyi söylüyor. 1/n nature.com/articles/s4146…
2/n
👉46,723 SARSCOV2 genomuna baktılar.
👉12,706 mutasyona baktılar, aralarında 398 tanesi birden çok kez görüldü. Bunlardan sıkça görülen 185 mutasyon üzerine odaklaştılar (D614G dahil).
👉Gördüler ki bu mutasyonların hiçbiri enfeksiyonun akışını değiştirecek frekansta değil.
3/n
👉Veriler şunu gösteriyor: daha çok sıklıkta görülen D614G gibi mutasyonlar evrimde ‘founder effect’ dediğimiz erken yerleşim sayesinde sıklıkla görülüyor (örneğin: Avrupa’ya gelen ilk vakada bu mutasyon zaten vardı ve yerleşti, gibi.)
Read 14 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!