Tra poco (alle 17 ore Italiane) Boris Johnson dovrebbe tenere una conferenza stampa straordinaria per parlare di una nuova variante di SarsCov2 isolata recentemente in Inghilterra che aumenta la contagiosità del virus del 50%. Spiego di cosa si tratta. 1/

La settimana scorsa Johnson aveva annunciato non grossi cambiamenti alle chiusure di Dicembre durante le feste natalizie, con aperture nei giorni di Natale che consentissero la riunione di fino a tre nuclei familiari. Questa nuova variante sta cambiando le carte in tavola 2/
Ora pare che verrà introdotto un livello di chiusura nuovo - il livello 4 - e che Londra e il sud ovest ripiomberanno nell'ordine di non uscire di casa, come a Marzo, senza nemmeno le scappatoie a tarallucci e vino Italiane annunciate ieri da Conte. 3/

Il motivo sarebbe una variante del virus descritta in questo preprint. Più che una variante, si tratta di una famiglia di varianti con una cosa in comune: una delezione di due aminoacidi in posizione 69/70 e una serie di polimorfismi nella RBD 4/

biorxiv.org/content/10.110…
Tutte le mutazioni riguardano la regione esposta della proteina spike, cioè le parti riconosciute dagli anticorpi. Sono probabilmente tentativi riusciti del ceppo virale di scappare dagli anticorpi di chi ha sviluppato immunità e sono immuni, ad esempio, alle terapia al plasma 5/
Filogeneticamente parlando, la delezione 69/70 si è sviluppata su un ramo contentente la mutazione 453 - già nota alle cronache per essere quella isolata nei furetti Danesi che ne ha portato allo sterminio per motivi precauzionali. 6/

nature.com/articles/d4158…
Al momento non c'è evidenza che questi nuovi ceppi siano più letali ma è chiaro che siano più virulenti. L'Inghilterra ha subito informato l'OMS. 7/

gov.uk/government/new…
Cosa vuol dire? Non sono buone notizie. Questi sono ceppi che si sono sviluppati per pressione evolutiva: vuol dire che appena un numero sufficiente di persone inizia ad avere anticorpi contro il virus per immunità acquisita direttamente o per via vaccinale, nuovi ceppi emergono
Sono ceppi che riescono a sfuggire alla riposta anticorpale e quindi si comportano come un virus nuovo. La cattiva notizia è che il virus ha un forte tasso evolutivo. La buona notizia non mi viene in mente in questo momento ma se dovesse la aggiungo qui sotto. 9/9
Terminata ora. Riepilogo: la variante è ormai la variante principale in circolazione (abbiamo un "nuovo virus" a Londra); fino al 70% più contagioso; Londra in tier-4; caldamente sconsigliato lasciare il paese; non sappiamo se la variante sia già fuori da UK nè da dove arrivi
Vista la contagiosità, visto il numero di immigrati EU a Londra, visto il periodo (Natale), temo che sia ormai scontato che questa variante si diffonderà velocemente nel resto d'Europa.
Rispondo anche a tutti quelli che chiedono "vuol dire che il vaccino non funzionerà?". Al momento non c'è prova che questa variante sia immune al vaccino. È possibile che ne cambi l'efficacia. Bisogna tenere sotto controllo i casi di re-infezione.
Se vediamo che il numero di re-infezioni sale drasticamente, allora dobbiamo iniziare a temere che questa generazione di vaccini potrebbe non essere efficace come si spera. Per fortuna con questa nuova tecnologia a mRNA si fa in fretta a produrre nuove varianti di vaccini.
Questo è il dato che mi preoccupa di più. Ricoveri in Londra e dintorni. Considerate che a Novembre avevamo lockdown nazionale.
Mi è venuta in mente la buona notizia! La buona notizia è questo virus è incredibilmente più contagioso della linea parentale quindi non è necessariamente detto che sia nato per pressione evolutiva. Potrebbe semplicemente avere maggiore fitness per caso.

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21 Dec
La variante Inglese VUI-202012/01 è importante per due motivi. Uno è "che cosa potrebbe fare" e il secondo è "che cosa rappresenta". Sono entrambe questioni cruciali e vanno affrontate in maniera fredda e separata. Lo copro qui come traduzione di questo 1/
Inziamo da "che cosa rappresenta". Mutazioni nel virus succedono in continuazione and a migliaia sono già state caratterizzate e studiate, se non altro come metodo di tracciare i contagi a livello nazionale. Il sito sotto ne contiene i dati di migliaia 2/

nextstrain.org/ncov/global
Se ci sono migliaia di varianti, perchè questa è cosi speciale? Dal punto di vista genetico, l'aspetto più unico di questa variante è che cambia MOLTO dalla linea parentale da cui si è evoluta. È come se avesse fatto un salto improvviso, piuttosto che piccoli passetti. 3/ Image
Read 22 tweets
21 Dec
There are two issues with the English variant, as it is now referred. One issue is "what it could do" and the other issue is "what it could represent". They are both important and we know just enough to make hyphoteses that can drive to experiments. I'll try and explain 1/
Let's start with the latter: what does it represent? Mutations happen all the time and variants have been recorded in the thousands. The website below shows several 1000s different variants recorded in different countries. Why is this SO special? 2/

nextstrain.org/ncov/global
The most special aspect of this variant is that the number of changes it shows is a large disconnect from its parental line as if this lineage made a big sudden jump rather than the usual slow progress to which we are used. 3/ Image
Read 20 tweets
20 Dec
Rilasciati orora alcuni dettagli che hanno motivato le decisioni Inglesi di ieri. È un breve sommario di NERVTAG, la task force governativa specializzata in minacce virali emergenti. 1/

khub.net/documents/1359…
Nella sostanza, poco di nuovo ma c'è qualche numero in più - e non è incoraggiante.

L'aumento di contagio è stimato sempre al 70% (tra il 67% e il 75%) sulla base di come cresce la frequenza di questo nuovo ceppo nel tempo. 2/ Image
Questo corrisponde ad un aumento del numero R cha va da un MINIMO di 0.4 a un massimo di 0.9. Si tratta di numeri molto grandi. Tanto per confrontare: chiudere tutte le scuole abbassa il numero R di ~0.6

3/
Read 6 tweets
11 Dec
Vedo che questo paper sta facendo il giro tra i soliti noti. Fatemi spiegare cosa dice prima che si diffondano troppi fraintendimenti. Lo spiego qui sotto. 1/8
Il paper (che BTW è apparso su Nature Communication, e non Nature) racconta dei risultati sulla ricerca a tappeto fatta a Wuhan le ultime due settimane di Maggio. Circa 9.9M di persone sottoposte "volontariamente" al tampone. 2/8 nytimes.com/2020/05/26/wor…
Di questi 9.9M, 300 persone sono risultate positive ma asintomatiche. Sono state isolate loro e testati di nuovo tutti i loro contatti (1.2k persone). Nessun contatto è stato trovato positivo. Ne deduciamo che gli asintomatici non trasmettono il virus? No. 3/8
Read 9 tweets
10 Dec
According to the data, 3 covid cases out 169 were severe in the placebo group (1.7%) vs 1 case out of 9 in the vaccinated group (11%). This is likely a paradox due to the small numbers but highlights the problem with starting vaccination policies prematurely. 1/2
There's good evidence this vaccine reduces the Ns of cases but no evidence that it does so for the conditions we are desperate to control: the severe ones. Choosing a vaccine over another has an opportunity cost. Efficacy is not necessarily the best criteria. Choose wisely! 2/2
I should add that another way to look at these numbers is to look at the number of severe cases/number of potentially exposed subjects and that is 1/20k vs 9/20k. However, it is still small numbers we are talking about.
Read 4 tweets
8 Nov
Io non voglio fare il guastafeste ma tutte queste flessioni mimine dei casi che si vedono nell'ultima settimana non sono il miracolo di San Gennaro: il virus continua a girare, la gente continua ad andare a lavorare, i ragazzi continuano ad andare a scuola. 1/5
I miracoli non esistono e i casi ovviamente stanno crescendo come prima, non puo' che essere altrimenti.
Le flessioni che si vedono sono quelle di un sistema che non ce la fa: in termini di tamponi, in termini di ricoveri, di terapia intensiva, non ce la fa a contare i morti.2/5
Dai dati di excess death di Marzo sappiamo che solo uno su tre dei morti era passato dalla terapia intensiva. A Ottobre si era salito a uno su due ma temo che ora siamo di nuovo alla proporzioni della primavera. Bisogna smetterla di plottare tamponi e terapia intensive. 3/5
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