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20 Dec, 6 tweets, 2 min read
Rilasciati orora alcuni dettagli che hanno motivato le decisioni Inglesi di ieri. È un breve sommario di NERVTAG, la task force governativa specializzata in minacce virali emergenti. 1/

khub.net/documents/1359…
Nella sostanza, poco di nuovo ma c'è qualche numero in più - e non è incoraggiante.

L'aumento di contagio è stimato sempre al 70% (tra il 67% e il 75%) sulla base di come cresce la frequenza di questo nuovo ceppo nel tempo. 2/
Questo corrisponde ad un aumento del numero R cha va da un MINIMO di 0.4 a un massimo di 0.9. Si tratta di numeri molto grandi. Tanto per confrontare: chiudere tutte le scuole abbassa il numero R di ~0.6

3/
I casi sotto osservazione sono ancora pochi (circa 1000). Di questi 1000, 4 sono morti e altrettanti erano re-infezioni. Ancora presto per capire se questi numeri sono rappresentativi ma il report dice che dati migliori saranno disponibili già la prossima settimana.

4/
Infine il report prevede che tra due settimane sapremo se (e quanto) il siero convalescente è in grado di bloccare la trasmissione di questa nuova variante in laboratorio chiarendo se si tratta di una variante immune agli anticorpi circolanti o no.

5/5
Aggiungo in zona cesarini un altro numero importante che ho dimenticato: carica virale circa 5 volte più alta. 6/

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21 Dec
Un piccolo aggiornamento che riguarda la contagiosità della nuova variante, VUI-202012/01 (non la scelta migliore per un nome). Niente di ufficiale ma uffciosamente gira attraverso le dichiarzioni di NERVTAG ed è meglio dare la notizia in maniera seria piuttosto che allarmista 1/
Il SAGE e NERVTAG (i due comitati scientifici che aiutano il PM) hanno pochi dubbi che questa variante sia effettivamente così tanto più contagiosa. Il mistero è: come è possibile che questa variantes possa essere così tanto più contagiosa in un periodo di relativo lockdown? 2/
Due possibilità: 1) questa variante è molto più infettiva nella popolazione generale, talmente tanto da superare le regole di distanziamento sociale tenute finora in UK; 2) questa variante è più infettiva soltanto in quella frazione della popolazione che non ha fatto lockdown 3/
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21 Dec
La variante Inglese VUI-202012/01 è importante per due motivi. Uno è "che cosa potrebbe fare" e il secondo è "che cosa rappresenta". Sono entrambe questioni cruciali e vanno affrontate in maniera fredda e separata. Lo copro qui come traduzione di questo 1/
Inziamo da "che cosa rappresenta". Mutazioni nel virus succedono in continuazione and a migliaia sono già state caratterizzate e studiate, se non altro come metodo di tracciare i contagi a livello nazionale. Il sito sotto ne contiene i dati di migliaia 2/

nextstrain.org/ncov/global
Se ci sono migliaia di varianti, perchè questa è cosi speciale? Dal punto di vista genetico, l'aspetto più unico di questa variante è che cambia MOLTO dalla linea parentale da cui si è evoluta. È come se avesse fatto un salto improvviso, piuttosto che piccoli passetti. 3/ Image
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21 Dec
There are two issues with the English variant, as it is now referred. One issue is "what it could do" and the other issue is "what it could represent". They are both important and we know just enough to make hyphoteses that can drive to experiments. I'll try and explain 1/
Let's start with the latter: what does it represent? Mutations happen all the time and variants have been recorded in the thousands. The website below shows several 1000s different variants recorded in different countries. Why is this SO special? 2/

nextstrain.org/ncov/global
The most special aspect of this variant is that the number of changes it shows is a large disconnect from its parental line as if this lineage made a big sudden jump rather than the usual slow progress to which we are used. 3/ Image
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19 Dec
Tra poco (alle 17 ore Italiane) Boris Johnson dovrebbe tenere una conferenza stampa straordinaria per parlare di una nuova variante di SarsCov2 isolata recentemente in Inghilterra che aumenta la contagiosità del virus del 50%. Spiego di cosa si tratta. 1/

La settimana scorsa Johnson aveva annunciato non grossi cambiamenti alle chiusure di Dicembre durante le feste natalizie, con aperture nei giorni di Natale che consentissero la riunione di fino a tre nuclei familiari. Questa nuova variante sta cambiando le carte in tavola 2/
Ora pare che verrà introdotto un livello di chiusura nuovo - il livello 4 - e che Londra e il sud ovest ripiomberanno nell'ordine di non uscire di casa, come a Marzo, senza nemmeno le scappatoie a tarallucci e vino Italiane annunciate ieri da Conte. 3/

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11 Dec
Vedo che questo paper sta facendo il giro tra i soliti noti. Fatemi spiegare cosa dice prima che si diffondano troppi fraintendimenti. Lo spiego qui sotto. 1/8
Il paper (che BTW è apparso su Nature Communication, e non Nature) racconta dei risultati sulla ricerca a tappeto fatta a Wuhan le ultime due settimane di Maggio. Circa 9.9M di persone sottoposte "volontariamente" al tampone. 2/8 nytimes.com/2020/05/26/wor…
Di questi 9.9M, 300 persone sono risultate positive ma asintomatiche. Sono state isolate loro e testati di nuovo tutti i loro contatti (1.2k persone). Nessun contatto è stato trovato positivo. Ne deduciamo che gli asintomatici non trasmettono il virus? No. 3/8
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10 Dec
According to the data, 3 covid cases out 169 were severe in the placebo group (1.7%) vs 1 case out of 9 in the vaccinated group (11%). This is likely a paradox due to the small numbers but highlights the problem with starting vaccination policies prematurely. 1/2
There's good evidence this vaccine reduces the Ns of cases but no evidence that it does so for the conditions we are desperate to control: the severe ones. Choosing a vaccine over another has an opportunity cost. Efficacy is not necessarily the best criteria. Choose wisely! 2/2
I should add that another way to look at these numbers is to look at the number of severe cases/number of potentially exposed subjects and that is 1/20k vs 9/20k. However, it is still small numbers we are talking about.
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