Israel: Signs of vaccines affecting national pandemic dynamics

Drop in cases & hospitalizations of 60+ y/o in cities vaccinated early

Stronger than in late-vaccinated cities

Stronger than in younger people (only recently eligible)

Not seen in previous lockdown

**Caveats**
>>
When trying to identify the effects of the vaccination we’re hampered by the fact that right as the vaccination drive started Israel went into its 3rd lockdown following an unprecedented rise in infections (possibly due to the B117 strain).
>>
Therefore we need to tease apart the effect of the lockdown from that of the vaccinations and the new strain.
Luckily, we have 2 natural sources of variation that we can use to tease apart vaccine effects:
>>
1 - Age: for the first few weeks of the drive, mostly ages 60+ were eligible to be vaccinated
2 - Variation across municipalities: some were quick to get vaccinated, some less so
(much of the variation in correlation with SES )
>>
Here is the rate of (1st dose) vaccination in all cities in Israel with more than 5k aged 60+ population

Early vaccinated cities: cities that have at least 85% of ages 60+ vaccinated by 10/1

Late vaccinated cities: cities that have not reached 70% of 60+ vaccinated by 10/1
Finally, in order to try and control for the effects of the lockdown, we compare with the dynamics of the 2nd lockdown which started in Sept. 2020.

We therefore make a triple comparison:
Ages 60+ vs. 40-60
In early vs. late vaccinating cities
In the 3rd vs. 2nd lockdowns

>>
For example, hospitalizations for aged 60+ in the early vaccinated cities (green) declined faster and steeper compared to late vaccinated cities (red) in the 3rd lockdown (middle row);
and very different to the behavior exhibited in the 2nd lockdown for these age groups (top row)
The 60+ age group also declines faster and steeper when compared to a younger age group (age 40-60), and this behaviour is also very different in the 3rd lockdown compared to the 2nd
Positive PCR tests exhibit an even sharper contrast, but these are from routine testing data in Israel, where vaccinated individuals post 2nd dose do not need to be tested in order to be exempt from isolation. Nonetheless, this provides a good sanity check
And severe hospitalizations
Next step forward would be to conduct a formal statistical analysis to quantify and solidify these findings, as days go by and vaccination effects should become stronger

Preprint coming soon

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Eran Segal

Eran Segal Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @segal_eran

14 Jan
Israel:

1.95 million vaccinated (~22% pop.)

~76% of all 60+ years old

First signs of efficacy:

2-weeks after 30% of 60+ vac., drop of 25% in % of 60+ critically ill out of all cases

Cities with higher vac. rates have fewer critically ill

But many caveats and issues

>>> Image
Caveats:

1.5% critically ill 60+ years old of all cases is low, but we reached this number several months ago. So while good and the timing consistent with a vaccine effect, it may also be due to pandemic fluctuations

>>>
Also, lower fraction of critically ill out of cases could be due to an increase in the denominator, i.e., a rise in cases of the younger population. But this too may be a positive effect of the vaccines in reducing infections, and there are already positive such indications

>>>
Read 5 tweets
9 Jan
ניתחנו את ההשפעה של סגר הדוק לשבועיים ולאחריו חזרה מדורגת ולהערכתנו זה עשוי להספיק בהתמודדות מול הזן הבריטי

גם בלי הסגר, בתחלואה הקשה צפויה בלימה תוך כשבוע, אבל בגלל הסגר והחיסונים תיבלם עלית הזן הבריטי שהייתה קורית בלי סגר

כל זה גם עם 20% שכיחות ו-50% יותר הדבקה לזן הבריטי
>>>
קצב החיסונים מאד משפיע. הנחנו סה״כ 3 מיליון שיקבלו מנה 1 עד סוף ינואר ועוד 2 מיליון עד סוף פבר׳ אבל ה-2 מיליון של פבר׳ ישפיע רק על התחלואה במרץ

הנחנו שכיחות של 10% או 20% של הזן הבריטי מבין המאומתים של היום, והדבקה של 30%, 40% או 50% יותר

>>>
וככה עשויה להראות התחרות בין הזן הבריטי לזן הרגיל, תחת הנחה של שכיחות של 20% מבין המאומתים כיום לזן הבריטי, והדבקה של 50% יותר

כבר לקראת סוף ינואר הבריטי צפוי להיות הדומיננטי

כרגיל, עבודה מצוינת של @tomer1812 ושל @H_Rossman
Read 4 tweets
8 Jan
Israel explained:

1.7M vaccinated (20% of pop.)

>70% of all 60+ years old

Currently a major surge, but we project a plateau in critically ill in a week

Despite all this, Israel tightened its 3rd lockdown today

A thread on why this was the right decision to make now

>>> Image
In 1-2 weeks, we expect a plateau in the critically ill due to:

1. Effect of the less strict lockdown imposed 10 days ago

2. Start of the vaccines effect

3. Striking similarity in critically ill rise in the 2nd and 3rd lockdowns. If a rerun, then plateau is a few days away Image
There are early signs for our projection of a plateau in the coming 1-2 weeks, since the Arab sector has already plateaued, and in the other sectors despite a >60% weekly rise in cases in children, 60+ rose only 10%

May also be the first effects of the vaccines. Too early to say ImageImage
Read 10 tweets
26 Dec 20
Israel's Covid-19 end game: Lockdown + Rapid vaccination

Israel is the first to enter a 3rd lockdown but is also #2 in vaccines per capita with 2.4% vaccinated and a daily date of 1.1%

This strategy may end our Covid-19 fatalities by March. We modeled how this may play out

>>>
First, how did we reach a 3rd wave and 3rd lockdown?

Simple: we never ended the 2nd wave and still carry the burden of those mistakes:

Numbers were still high when we exited 2nd lockdown
And we repeated the same mistakes of the second wave. When cases started rising in specific sectors, first the Arab sector, then the orthodox, we didn't put enough measures in these peak areas, so eventually it spread to all sectors and all cities
Read 11 tweets
26 Dec 20
קצב החיסונים המהיר משנה דרמטית את התמונה

ניתחנו מה צפוי (מאומתים, קשים, נפטרים) בתרחיש:
1. הסגר המתוכנן
2. ללא סגר

מדגיש שאלו תרחישים שתלויים בהנחות על קצב החיסון ומקדם ההדבקה

תחת הנחות שהן לדעתנו ריאלויות (תרחישים 2a ו-2b), לא חייבים סגר, אבל יש לזה מחיר בחיי אדם

>>>
הנחנו:

-- חיסון האוכלוסייה בקצב של 100,000 ליום החל מה-27 לדצ׳

-- אנשים מעל גיל 60 יחוסנו ראשונים

-- החיסון יהיה יעיל שבועיים לאחר מתן המנה הראשונה

-- יעילות החיסון 95% במניעת תחלואה קשה, ו-65% במניעת הדבקה

-- רק כ-80% מהציבור בכל שכבת גיל יבחר להתחסן
בחלופה של הסגר שמתחיל מחר, ובהנחה שיעילותו תהיה דומה לסגר השני, יצא לנו ששיא התחלואה יהיה באמצע ינואר ומשם תתחיל ירידה בתחלואה. בשיא יהיו כ-6000 מאומתים, 900 חולים קשה בבתי החולים ועוד כ-1100 נפטרים מקורונה עד מרץ
Read 10 tweets
5 Dec 20
התחלואה עולה, אבל בקרוב מתחילים לחסן

מה עושים?

ניתחנו שתי חלופות מבחינת השפעתן על מאומתים, חולים קשה, ונפטרים:

1. סגר מונע החל משבוע הבא

2. המשך המאמצים (שהנחנו שלא יצליחו) להורדת התחלואה בלי הגבלות נוספות, והורדת התחלואה בעזרת החיסון

>>>
את הניתוחים עשינו בעזרת מודל מלא של תהליך המחלה של אדם מאבחון PCR חיובי, והערכת הפרמטרים נעשתה לפי נתונים היסטוריים של כלל המאומתים בישראל

המודל פותח עם @GorfineMalka @ShalitUri @jonathansomer1 @RomGutman Asaf Ben Arie
@H_Rossman @tomer1812

פירוט:

>>> Image
בחלופה 1 הנחנו:

סגר ב-11 בדצמבר, דומה לשני אבל עם בתי הספר פתוחים בערים ירוקות

השפעת הסגר על התחלואה תהיה דומה לסגר השני, גם ביציאה מהסגר

התעלמנו מהשפעת החיסון בארבעת החודשים הקרובים

והתוצאות?

>>>
Read 11 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!