Thread by @MartinaSisters

El círculo de soluciones cada vez se va haciendo más profundo y eso dificulta mucho simplificar para encontrar un punto de claridad a través del cual ir construyendo el puzzle. Me centro en lo que creo que es el inicio de todo. Los aminoácidos clave de proteína spike: PRRAR(R)/S.

Para mí la clave está en averiguar porqué a esa cerradura creo que le falta un aminoácido esencial. He revisado bastantes virus felinos con esta estructura en spike y todos tienen ese equilibrio de letras RRXRR antes del corte de furina. Incluso otros beta y gamma coronavirus.

Si nos fijamos más en los humanos (Betacoronavirus) y comparamos el SARs-CoV-2 con el resto podemos ver como la Prolina (P) del SARsCoV-2 se hace corresponder vertical con la Arginina (R) de virus humanos como HKU 1a y 1b o OC 43 o Bovine
PRRAR
RRKRR
RRSRR

Está forzado ¿por qué?

Pues por que si no el virus HKU1a ¡no encajaría! Al tener un número de letras “completo” forzaría que se unan comparativamente de esta manera.

SCov2 ->TNSPRRAR
HKU1a ->SSSRRKRR

Así que se encaja aportando 2 espacios (consensus?)🧐

SCov2 ->TNS- -PRRAR
HKU1a -> SSSSRRKRR

Esto es curioso, porque así parece que tienen mismo nº de letras, cuando no es así. Sin embargo FIPV14F y C1Je no necesitarían desplazarse para tener los 4 aminoácidos coincidentes desde la P que comparten con SARs-CoV-2

SCov2 -> PRRAR
FIPV14F -> PRRAR

Pero al desplazarse...

¿Por qué SARs-CoV-2 NO tiene esa estructura que tiene por ejemplo el OC43 (humano) los virus felinos o el bovino? RRXRR
¿Por qué alinean las secuencias como si la P correspondiera a la R cuando hay una R adyacente en la que encaja mejor toda la secuencia?
No lo se y lo pregunto.

Es decir para poder encajarlo con virus “humanos” desplazan dos posiciones de AA que es innecesario desplazar si se hace una comparativa directa con el OC43 (el humano más afín). Pero se evita esa comparativa y así encaja con más... y a calzador con el murciélago, claro.

Siguiendo línea de ausencias me interesa leer que sucede cuando se introduce otro aminoácido. Al parecer si la Glicina (G) se introduce en lugar de una Arginina (R) esto afecta a la divisibilidad de célula infectada a su nivel de virulencia. (En rojo en las G en P5 y P1)

Esto se pudo estudiar con el FCeV/FCoV de los felinos wwwnc.cdc.gov/eid/article/19… y por supuesto en China y otros países saben perfectamente las mejores posiciones conservadas en un virus.

Ayer hablando sobre secuencia PRRAR, yo los llamaba solo proteínas equivocadamente creo, PRRAR al parecer se trata de un “motivo de secuencia” (gracias por el aporte) y engloba varias proteínas, así que he querido informarme algo más sobre motivos de secuencia y he leído esto.

Hasta ahora lo veía como explicación de las mutaciones que se están produciendo y el miedo a que la vacuna deje de funcionar pero... si estaban preparando una terapia y se escapó ¿a lo mejor tiene sentido que “falte” incluir ese aminoácido (R) u otro antes de ese corte de furina?

Por si alguien quiere leer más sobre variaciones genéticas para identificar cambios genéticos que afecten a los virus dejo este enlace sobre el virus de la Influenza, por si ayuda a entender más lo que quiero decir. espanol.cdc.gov/flu/about/prof…

Por supuesto investigaciones chinas ya sabían que el cambio de AA puede afectar respuesta celular. Pero ¿qué sucede cuando no se introduce “nada” antes de la furina? ¿Refuerza mi idea de que se les escapó de laboratorio antes de terminarse o el dejarlo “en blanco” favorece algo?

Con la rápida negativa de la OMS de investigar más la línea del laboratorio (la más obvia sabiendo que justo allí mismo se estudian y producen virus parecidos) me queda claro que ese es el camino a investigar más. Y si no estaba terminado ¿quizá faltaba el elemento clave?

He estado mirando qué sucede cuando “se pierde” un aminoácido y he revisado literatura científica que hable del corte de furina, encontrando este documento interesante, del 2015.
Al parecer si no hay una estructura doble quizá la furina no se active 😳
repositorio.uam.es/bitstream/hand…

Lo que entiendo (ruego me rectifiquen si no es así) es que un doble procesamiento de proteínas RR es necesario para que la proteína F se active. Los sitios de corte RARR Y KKRKRR son reconocidos en cultivo celulares por proteasas tipo furina (y cortan). ¿Y si no hay doble RR? 🤷‍♀️

Dejo preguntas:
¿Tendría sentido que el receptor ACE2 (o ECAII) se interiorice a la célula provocando proceso inflamatorio, fibrótico y oxidativo, porque “falte” un aminoácido en cerradura y la furina no reconozca la doble RR final para cortar?
¿Qué sucede si PRRAR no se corta?

Gracias por leerme. Mi objetivo sigue siendo el mismo desde el principio: indagar, encontrar ese resquicio que todo bicho viviente tiene, sea natural o artificial, para encontrar la causa “origen” de este virus y sobre todo para abrir puertas a su solución. 🙏Disculpad errores.

@threadreaderapp unroll please “Las respuestas del SARs-CoV-2 están en el genoma”