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21 Mar, 5 tweets, 2 min read
Je viens de passer un temps totalement délirant à écrire un article dans mon blog sur l'adaptation du modèle SIR au cas d'une susceptibilité hétérogène dans la population:
madore.org/~david/weblog/…
J'essaierai d'en faire un résumé sur Twitter plus tard (et aussi de redire les points les plus importants en anglais, d'ailleurs), mais je trouve que c'est vraiment important (et surprenant que ça se traite si bien!).
Je viens de faire un fil résumé ici: — il faudra encore que je le traduise en anglais, d'ici là je veux bien des retours pour savoir si c'est clair.
Je suis assez surpris de voir que la transformée de Laplace soit tellement adaptée à la situation. Finalement, c'est vrai que les exponentielles sont partout! 😅
La traduction anglaise, donc: — mais surtout, j'y ai ajouté des graphes montrant comment calculer «graphiquement» le seuil d'immunité collective et le taux d'attaque à partir du graphe de cette transformée de Laplace.

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21 Mar
I've written a blog post about generalizing the SIR model to the case of variable (=heterogeneous) susceptibility. It's in French, so let me translate the key points in a Twitter thread because I think this is important and deserves more attention. •1/25 madore.org/~david/weblog/…
Just in case, I mention that Google Translate seems to do a fairly decent job on my blog post (though it does mess up the formula formatting): translate.google.com/translate?sl=f… — also, here's a Twitter thread in French which I'll mostly be translating below: •2/25
SIR is the most basic model in epidemiology, and is still much used by some (though with variations not relevant here). It's the one which predicts things like a herd immunity threshold at 1 − 1/R₀ (n.b.: in what follows, I'll write “κ” for R₀). •3/25
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21 Mar
Je me suis baladé avec @Conscrit_Neuneu hier (du côté du plateau de Saclay) et aujourd'hui (dans la forêt de Verrières), et je suis ravi de voir qu'il y avait PLEIN de monde dehors. Les gens semblent vraiment avoir capté le message «sortez», c'est super positif, ça.
Quand je dis «plein de monde», comprenons-nous bien: les distances entre familles restaient largement suffisantes pour qu'on puisse considérer le risque comme complètement négligeable, surtout pour un éphémère croisement. Mais les parkings forestiers étaient pleins.
Tout le contraire d'il y a un an et le stupide message «restez chez vous»: vers la mi-avril 2020, on ne croisait personne, fraudant le confinement, dans la forêt de Verrières. Là on évolue enfin vers une mentalité différente. Faut vraiment espérer que le beau temps tienne!
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21 Mar
J'essaie de résumer les points importants en quelques tweets (l'entrée de blog est là: madore.org/~david/weblog/…‌): ⤵️ •1/17
Le modèle SIR est le modèle épidémiologique le plus basique, et encore très utilisé (avec des variations pas vraiment pertinentes ici) par les modélisateurs. C'est lui notamment qui prédit la formule 1 − 1/R₀ pour le seuil d'immunité collective (je noterai “κ” pour R₀). •2/17
Mais ce modèle SIR fait plein d'hypothèses simplificatrices assez invraisemblables, entre autres que la population est homogène, et notamment, que tout le monde a la même susceptibilité à la maladie (probabilité de l'attraper à un moment donné). •3/17
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19 Mar
Je réponds à ça un peu longuement parce que je vois souvent cette surenchère du seuil d'immunité collective (même si je n'avais pas encore vu ça s'agissant des vaccins!), et qu'il y a plein de choses à préciser: ⤵️ •1/35
D'abord, le seuil d'immunité collective par infection n'est 1 − 1/R₀ que pour une population parfaitement homogène avec mélange parfait (toute personne a exactement les mêmes chances de contaminer toute autre personne dans chaque période de temps). •2/35
Si ces hypothèses ne sont pas vérifiées, le seuil sera différent, normalement vers le bas, pour la raison que j'ai souvent expliquée: les personnes les plus exposées seront immunisées en premier et freineront d'autant plus efficacement l'épidémie. •3/35
Read 35 tweets
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19 Mar
Je vois en gros quatre axes dans les décisions d'hier du gvt:
ⓐ retour des attestations + limite déplacements,
ⓑ plus d'insistance sur le télétravail,
ⓒ fermetures variées (commerces, lycées un peu),
ⓓ accélérer la vaccination.
Selon moi, le ⓐ est très contre-productif et contredit leur propre message:

Le ⓑ est sensé, et probablement efficace si mené sérieusement.

Le ⓒ est vraisemblablement efficace mais d'un coût exorbitant.

Le ⓓ est indiscutablement efficace mais lent.
(Après, je ne sais pas combien ⓑ et ⓓ seront menés sérieusement. Si ⓒ commence par la fermeture des rayons de chaussettes, je suis un peu pessimiste!)
Read 8 tweets
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19 Mar
Ce fil est digne d'Eric Feigl-Ding. Si je résume ce que j'ai compris ce qu'il dit, il veut un confinement total jusqu'à vaccination de 85% de la population, et encore, si ça se trouve l'immunité collective ça n'existe même pas, donc au-delà.
(Il paraît que le concept de personne vulnérable est devenu «obsolète» face aux nouveaux variants. J'imagine donc que maintenant qu'ils sont majoritaires, la part des 30–39 ans en réanimation a dû s'envoler depuis la mi-novembre? Ah non, tiens, c'est toujours ~2%.)
Ah oui, et il paraît qu'il n'y a que 2.3% de vaccinés au Royaume-Uni, parce que vacciné c'est avec 2 doses uniquement. Veuillez donc ignorer les rapports des autorités britanniques qui observent 73% à 90% d'efficacité des vaccins 2–3 semaines après 1 dose. assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
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