Thread by @touna14

#covid19France
La #VaccinationCovid a bien avancé chez les 80+, mais il y a toujours des cas #covid19 qui sont détectés dans cette tranche d'âge
On peut estimer l’incidence chez les 80+ non protégés grâce la couverture vaccinale et l’efficacité vaccinale attendu
Thread[1/13]

Pour construire ce graphique, j'ai utilisé les données d'efficacité vaccinale en vie réelle en Israël pour les 70+ (j'ai utilisé les données pour les "documented infection", c'est à dire symptomatique ou non, comme pour l'incidence en France),
[2/13]
nejm.org/doi/full/10.10…

L'efficacité de la protection vaccinale que j'ai utilisé :
- <14 jours post 1er dose : pas de protection
- [14-20j] post 1er dose : protégé à 22%[-9 ; 44]
- >20j post 1er dose -> 7j post la 2nd dose : protégé à 50% [19-72]
- >7j post la 2nd dose : protégé à 95%[87-100]

[3/13]

J'ai considéré que l'efficacité de Moderna est la même que celle de de Pfizer et que la part des 80+ vacciné avec de l'AstraZeneca est suffisamment faible pour être négligée (l'ouverture de la vaccination AZ aux +65 a été faite alors que les 80+ étaient déjà bien vaccinés)
[4/13]

Les données de @SantePubliqueFr permettent d'avoir l'évolution de la répartition des 80+ suivant le statut vaccinal que j'ai tracé ci-dessous
[5/13]

Ensuite, on peut estimer l'incidence chez les 80+ non protégé par la vaccination (que j'appelle INP) en résolvant l'équation :
Incidence-tot80+ =
%Non-protégé * INP
+ %[14-20j 1D] * INP * (1 - 0.22)
+ %[20j1D -> 7j 2D] * INP * (1 - 0.5)
+ %[>7j 2D] * INP * (1 - 0.95)

[6/13]

On obtient donc une estimation de l'incidence chez les 80+ non protégé par la vaccination, les intervalles de confiance à 95% ont été obtenus avec les intervalles de confiance de l'efficacité vaccinale.
On peut tirer plusieurs conclusions de ce graphique :
[7/13]

L'incidence chez les 80+ non protégés semble rester sur un plateau haut, les mesures de freinage prises n'ont pas l'air de faire ↘️l'incidence, seule la vaccination (et donc la protection contre l'infection) d'une part de + en + grande des 80+ fait ↘️l'incidence tot
[8/13]

Ainsi, chaque semaine; il semblerait que 0,3% des 80+ non protégé par la vaccination aient un test positif covid, les 80+ non protégé ont le même risque d'attraper la covid qu'en janv. (malgré le fait que 20% des français de tout âges soient vaccinés avec au moins 1 dose)[9/13]

De plus, comme l'efficacité de la vaccination 2doses est de 95%[87-100], on s'attend à ce que l'incidence dans la population 80+ vacciné 2 dose soit 5% [0-13] de celle de la population non vacciné. Soit une incidence de 16[0-50] dans la population vacciné 2 doses
[10/13]

Ramené à la population de 80+ qui a reçu sa seconde dose depuis plus de 7j jours (1,5M de personnes), cela correspondrait à 40[0-90] cas positif covid par jour chez les 80+ vacciné,
C'est cohérent avec ce que l'on voit apparaitre dans la presse
[11/13]
capital.fr/economie-polit…

Il peut être intéressant pour ceux qui manipulent les données covid (@gforestier, @covid_stat et autres) de faire le même calcul département par département.
Pour les autres tranches d'âges, c'est plus compliqué car on a pas la répartition par âge et par type de vaccin
[12/13]

Fin[13/13]
Poke @vincentglad @nicolasberrod @DavidHajage @Panda31808732 @helenerossinot @starjoin @Fabien_L @afao94 @MARYau_MCU_PH @NACREspirale @paldama @C_A_Gustave @ete_fr @eorphelin @PGuerendel @StephaneKM @EricBillyFR @flight_behav @CAudigierValett @fignon_laurent @FZores