1/ Using GISAID data of 7 most prevalent #COVID19 variants from 42 countries, Delta variant still seems to have the largest growth advantage, but...
2/ Using sequencing data from the UK, AY.3 (which is also classified as Delta) and B.1.621 might have a growth advantage compared to B.1.617.2.

Word of caution: especially numbers of B.1.621 in the UK are currently low and growth advantage might be overestimated.
3/ Using GISAID data, B.1.621 seems to have a significant growth advantage compared to Delta only in the UK. The growth advantage of B.1.621 in the UK is therefore unlikely to indicate increased infectiousness. But might also be GISAID data issue
4/ On the other hand AY.3 seems to grow in other regions as well (USA; outbreak.info).
5/ Raw sequencing data in UK on a logit scale is shown below. Please note the downward deflection of B.1.617.2 which indicates that 'something else' is growing faster than B.1.617.2. This is most likely AY.3.
6/ In summary, more data is needed but I suggest keeping an eye on AY.3. It might be a different Delta variant compared to B1.617.2. *If* it has a real growth advantage over B.1.617.2, numbers in the UK might look like below
8/ Important to keep an eye on this too.
👇
9/ Sidenotes:
1. Two weeks ago I performed the same analysis with similar results (below).
2. If only AY sublineages are difficult to classify (but not B.1.617.2), B.1.617.2 still seems to decrease in the UK during last 3 weeks suggesting that 'something else' is growing faster.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Henk-Jan Westeneng

Henk-Jan Westeneng Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @HJWesteneng

13 Sep
1/ Volgens sommigen kunnen door de vaccinaties alle maatregelen afgeschaft worden.

Een 🧵 over vaccinaties, maatregelen en vrijheid.
2/ Hieronder de relatie tussen vaccinaties en maatregelen. 2 observaties:
1. Meer vaccinaties gaan gepaard met minder maatregelen (in EU 0.6 punten voor iedere 1% meer vaccinaties)
2. Alleen vaccinaties leiden waarschijnlijk niet tot volledig afschaffen maatregelen
3/ In landen met >50% volledig gevaccineerden is de relatie minder sterk (0.3 punten voor iedere 1% meer vaccinaties). Maar misschien zijn die landen nog voorzichtig met het afschaffen van maatregelen? 🤔
Read 6 tweets
16 Aug
1/ Morgen is de update van het RIVM. Bij dezen vast een pre-RIVM update.

Het aantal besmettingen is aan het stabiliseren, het percentage positief stijgt en de ziekenhuisopnames lijken ook weer toe te nemen. Wat is er aan de hand?

🧵
2/ Als je alleen naar het aantal besmettingen kijkt lijkt de R weer boven de 1 te zitten, maar grote onzekerheidsmarges.
3/ Als je naar de ziekenhuisopnames kijkt lijkt de R ook weer boven de 1 te zitten, maar grote onzekerheidsmarges. De IC loopt altijd wat achter ten opzichte van ziekenhuisopnames op de afdeling.
Read 5 tweets
17 Jul
1/ In NL blijkt momenteel dat, net als elders in de wereld, een toename in besmettingen gevolgd wordt door een toename in ziekenhuisopnames.

In NL stellen we dit alleen proefondervindelijk vast. Opnieuw.
2/ Begin juli schreef ik dat de Rt >1 geworden was en op 6 juli dat we inmiddels een Rt hadden die ver boven de 1 lag.
3/ 1 dag daarvoor, op 5 juni, waren de besmettingen inmiddels 6 dagen aan het stijgen en berekende ik dat de besmettingen zouden verlopen zoals hieronder 👇
Read 10 tweets
14 Jul
1/ Using data of 21 #COVID19 variants from 42 countries in a multilevel multinomial model I compared the growth rate of these variants.

The estimated growth advantage of Delta compared to Alpha is 62%/week (95% credible interval: 54-71%). Image
2/ Extrapolation of these numbers for 6 most prevalent variants in 42 different countries.
Left: linear scale
Right: logit scale ImageImage
3/ On 19 July, at least 13 countries are expected (with a probability of 97.5%) to have the Delta variant in >90% of the samples. Image
Read 5 tweets
10 Jul
1/ Er zijn nog steeds mensen die de *causale* relatie tussen besmettingen en ziekenhuisopnames niet (lijken te/willen) begrijpen.
2/ Een causale relatie kun je vergelijken met tandwielen die in elkaar grijpen. Als het ene tandwiel draait zal het andere tandwiel altijd meedraaien. Het ene tandwiel is misschien kleiner dan het andere, maar draaien zullen ze.
3/ Dus besmettingen zullen automatisch gevolgd worden door opnames (daarom ook onverstandig om op opnames en niet op besmettingen te sturen). Door immuniteit/varianten wordt de verhouding tussen de besmettingen en ziekenhuisopnames 'tandwielen' anders maar er is geen 'decoupling'
Read 7 tweets
10 Jul
1/ De verontwaardiging over de suboptimale aanpak van de crisis is erg begrijpelijk maar daarbij dreigt de vraag onder te sneeuwen of de nieuwe maatregelen voldoende zijn.

Dus we hebben nu een groot probleem maar gaan de nieuwe maatregelen dat oplossen?

Spoiler: nee
2/ Met de huidige nieuwe maatregelen hebben we minder beperkingen dan op 24 juni. De Rt was toen 1.37. Kortom, we gaan over een aantal weken evalueren en dan zal de Rt >1.37 blijken.
3/ In de tussentijd gaat de stijging gewoon door met ongekende snelheid. Kortom, nieuwe maatregelen zijn onvoldoende om de besmettingen terug te dringen en daarmee ook de ziekenhuisopnames in het kielzog daarvan.
Read 4 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(