Variant heads-up to the virologist community:
A new delta sublineage AY.33 has been designated that (to me) appears to be the most critical delta sublineage designated so far. 1/n 🧵
(journos please don't yet write about it, this has not been scrutinised by the science community)
The defining Spike mutation is S:Q613H, a mutation that has already been studied in the context of other variants due to it's closeness to the mutation S:D614G which got fixed last summer.
The other spike substitutions on top of standard Delta are S:T29A, S:T250I, S:T299I. 2/
This lineage grabbed my attention not because of its high growth rate but because of its high number of extra spike mutations that is a clear outlier on the current delta tree (see screenshot). 3/
The lineage is most common in Belgium but also growing in Denmark, the Netherlands, Germany and Switzerland and has already been observed in more than 25 countries.
The first observation was in Japan mid-June in a traveller from Morocco. The second observation was in Morocco. 4/
Using timetree, the lineage seems to have arisen in April/ May. Belgium has strong ties to Morocco so it's plausible that the lineage is widespread in North Africa where unfortunately there is very little sequencing activity (last sequences is 3mo old and this precise lineage) 5/
At this point in time, it's difficult to estimate growth advantage because in no country has this lineage reached more than 10% and we only have a few weeks of data.
But using naive methods, it's plausible that the transmission advantage could be between 10-70%. 6/
Comparing transmission advantages it's interesting to see that the growth rate seems to be higher in countries with higher vaccination rate
Spain: advantage ~70% (left)
Denmark: ~30%
Belgium: ~30%
Germany: ~20%
Switzerland: ~10% (right)
Could this be a vax escape lineage? 7/
If I was a lab scientist, I'd take a close look at this lineage and study neutralising antibody titers.
Any comments are very welcome! If you think there's something fishy going on that could explain this, please comment! 8/
You can find further details here in the designation issue (plus a list of strain names that are part of it)
github.com/cov-lineages/p…
Just to be clear, I'm not certain that this lineage is going to be the next thing but I do see a certain chance that it is. I think it should be studied. You never know with new lineages whether it's a chance event or not.

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16 Aug
Protip: Beim "Fehler eingestehen" nicht fĂĽr andere sprechen.
Es ist schwer die Fassung zu bewahren, wenn ein rĂĽckgratloser Heuchler seine eigenen Fehler nicht eingestehen kann und die amorphe "internationale Gemeinschaft" mit einbezieht.
Thread 🧵 1/
Es gab im Mai einen offenen Brief von Bundeswehrgenerälen im Ruhestand und namhaften ExpertInnen die den mangelhaften Aufnahmeplan angeprangert haben.
Es war bereits absehbar dass die Taliban das Land mit gewisser Wahrscheinlichkeit ĂĽbernehmen wĂĽrden. 2/
augengeradeaus.net/2021/05/offene…
Due Unterzeichner sind wirklich das Who-is-Who der Afghanistan-Kenner-Szene:
- ehemalige Oberbefehlshaber, die in Afghanistan im Einsatz waren
- Deutsche Botschafter in Afghanistan
- Schneiderhan, der höchste deutsche General von 2002-2009
- und viele mehr 3/
Read 7 tweets
15 Aug
Die AnkĂĽndigung der 3G-Regel durch die MPK (Dienstag, 10. August) zeigt sich direkt in der Erstimpfrate.
Der Wochenschnitt sinkt nicht mehr.
Am Donnerstag wurden bereits 13% mehr geimpft als die Woche zuvor.
Davor war der RĂĽckgang etwa 20% pro Woche. 1/4
Die Grafik oben zeigt das Verhältnis der Summe der Erstimpfungen der letzten 7 Tage zu den 7 Tagen zuvor.
Hier ist die jeweilige Tagesveränderung, jeweils Tag geteilt durch Tag der Vorwoche. 2/4
1 Tag nach der MPK wurden zum ersten Mal seit Monaten innerhalb einer Woche wieder mehr Menschen erstgeimpft als am Vortag (+1%). 3/4
Read 5 tweets
6 Aug
Die Datenqualität der Hospitalisierungsinzidenz ist noch viel schlechter als ich es mir vorstellen konnte: Krankenhausaufnahmen werden nur in die Hospitalisierungsinzidenz gezählt, solange das Testergebnis(melde)datum (nicht das Aufnahmedatum) in den letzten 7 Tagen lag. 1/
Die Hospitalisierungsinzidenz gibt nicht an, wie viele neu aufgenommen wurden sondern wie viele kurz nach Test aufgenommen werden. Für jeden Tag zwischen Testergebnis und Aufnahme geht der Fall 1/7 weniger in die Inzidenz ein. 8 Tage nach Test zählt die Aufnahme gar nicht mehr 2/
So erklärt sich endlich die große Diskrepanz zwischen insgesamt neu gemeldeten Aufnahmen und der Aufnahmeinzidenz.
Wenn man nämlich die Inzidenz in Aufnahmen umrechnet, fehlen ca. 50% der Aufnahmen! Dass das Testergebnis entscheidend ist, hätte ich nicht für möglich gehalten. 3/
Read 12 tweets
3 Aug
Bitte alle einmal durchatmen. Nach allem was ich erkennen kann handelt es sich hier um eine Non-Story aufgrund sehr schlechter Pressemeldung von @Reuters.
Lambda ist höchst wahrscheinlich WENIGER übertragbar als Delta. Hier ein kurzer Thread zur Einordnung. 1/
Bevor wir zur Studie kommen: Lambda ist schon so lange bekannt wie Delta. Hat sich in einigen Ländern Südamerikas diesen Frühjahr langsam verbreitet (Grün). Z.B. in Chile, wo es aber erst von P.1/Gamma (Orange) und jetzt von Delta (Blau) überholt wird. Also doppelte Entwarnung 2/
In keinem Land außerhalb Südamerikas, nichtmal in Brasilien wo Gamma zuerst aufgetreten war hat sich Lambda je durchgesetzt. Gamma und Delta waren immer übertragbarer. Das ist der Punkt wo man aufhören sollte sich sorgen zu machen. Hier Brasilien: Lambda < Gamma < Delta 3/
Read 14 tweets
2 Aug
Gilt genau so auch fĂĽr Deutschland.
Ich vers nicht, dass @jensspahn auch in der Pandemie beim @rki_de spart. Das RKI ist so dĂĽnn besetzt, dass es in den Sommerferien verkĂĽrzte Lageberichte herausgeben muss. Es mangelt an Personal vorne und hinten. Wie kann das sein?
Das Schweizer Bundesgesundheitsamt hat in der Pandemie ca. 100 temporäre (wissenschaftliche) Mitarbeiter angestellt. Auf Deutschland skaliert wären das 1000 Mitarbeiter. Soviel wie das RKI insgesamt hat.
In der Schweiz gibt es mindestens so viel Föderalismus, daran liegt's nicht
Hier eine spannende kleine Anfrage zur Thematik (IT-) Personal am RKI.
Es wurden anscheinend nur 3 temporäre Mitarbeiter eingestellt (für epidemiologische Modellierung). Das war's.
Bis zu 180 Stellen zusätzlich, ist aber nicht klar wofür.
google.com/url?sa=t&sourc…
Read 4 tweets
11 Jul
So ein Mist.
Natürlich ist die Steigung aussagekräftig. Eine Verdopplung führt weiterhin zu einer Verdopplung der schweren Fälle.
Nur ist Inzidenz 100 jetzt eben wie 25 vor 6 Monaten. 1000 wie 250.
Ein Anstieg ist weiterhin ein Anstieg
Ich kann das auch mathematisch begrĂĽnden 1/6
Krankenhausaufnahmen (K) = Inzidenz (I) * Hospitalisierungsrate (R)
Die Rate ist jetzt 4 mal kleiner
Wenn die Inzidenz steigt, steigen aber weiterhin auch die Aufnahmen.
Leiten wir das Mal nach der Zeit ab.
K' = I' * R + I * R'
Teilen wir durch K für die relative Veränderung 2/6
K'/K = I' * R / (I * R) + I * R' / (I * R) weil K = I*R
R und I kĂĽrzen sich jeweils weg.
Also:
K'/K = I'/I + R'/R
Die rel wöchentliche Veränderung der Aufnahmen ist also die Summe der Tel wöchentlichen Veränderungen von Inzidenz und Hospitalisierungsrate. 3/6
Read 8 tweets

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