Thread by @OscarGenomics

Nuevas investigaciones apoyan el origen zoonótico del #SARSCoV2, con varios contagios independientes al inicio de la pandemia
#abrohilo👇
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J. Peker y su equipo (Universidad de California, La Jolla) han analizado un conjunto de secuencias del inicio de la pandemia. En esos inicios, se podían separar filogenéticamente dos linajes el A y el B.
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El linaje A está asociado a contagios en China, y se asocia a otros mercados diferentes al de Huanan (Wuhan). El linaje B es el que se ha convertido en dominante en todo el planeta, asociado en sus inicios al mercado húmedo de Huanan.
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El linaje B contiene el genoma de referencia Hu-1. El linaje A contiene dos variantes clave en el genoma: la C8782T y la T28144C, ya que no se han visto de forma conjunta en ninguna secuencia intermedia entre ambos linajes.
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Este análisis indicaría si las mutaciones encontradas son producto de homoplasia o por el contrario errores de secuenciación. Y con ello▶️si los linajes provienen de 1 mismo origen (ej. fuga de laboratorio) o diferent (ej. varios contagios con hospedador intermedio diferente)
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Los resultados concluyen que en caso de ser ciertas esas mutaciones, entre el 40 y el 60% de otras mutaciones deberían ser producto de homoplasias, lo que es altamente improbable, y va en contra de q existan secuencias intermedias entre ambos linajes al inicio de la pandemia
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De hecho he mirado la información de algunas de las secuencias con mutación en esas posiciones claves en GISAID y es algo difusa. Por ejemplo, la secuencia EPI_ISL_1069206 procedente de una mujer de 36 años hospitalizada el 26 de enero de 2020 en Anhui) ...
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... se secuenció con tecnología de nanoporos, y no se conoce ni la profundidad de secuenciación ni el método de ensamblaje. Otra de las secuencias, EPI_ISL_437614 procedente de una persona de Tailandia (25 de febrero de 2020, sin otros datos) se secuenció con tecnología...
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...illumina, y método de ensamblaje IDBA-UD v.1.1.3., pero no sabemos la profundidad de secuenciacion.
Probablemnnte, las secuencias incorporan algún tipo de ruido en la secuenciación q de no haberse tratado correctamente, habría dado lugar a una secuencia consenso errónea.
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Otras secuencias tomadas en Japón, en el crucero Diamond Princess y también en España apoyarían la via de la aparición independiente de los linajes A y B, y por tanto
⚠️‼️ATENCIÓN ‼️⚠️
eliminarían la posibilidad de una FUGA de laboratorio.
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De momento es un trabajo en revisión (virological.org/t/evidence-aga…), y debemos esperar su confirmación. Pero me gustaría añadir que el avance de la ciencia ha dejado obsoletas alguna condiciones para alcanzar un conocimiento.
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Por ejemplo:
▶️ Los postulados de Koch para determinar un microorganismo y una enfermedad,
▶️ Las vacunas sólo pueden tener el patógeno atenuado, o
▶️ Hay que encontrar al hospedador intermedio para determinar una zoonosis.
(fin)