Tomó un tiempo, pero Delta ya es la variante de SARS-CoV-2 que domina en Sudamérica. Y ahora, ¿Qué sigue en los próximos meses?
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2. La llegada de Delta a desde junio coincide con una caída sostenida de nuevos casos luego de los picos de abril-mayo en varios países de la región. Nuestra calma actual contrasta con la alarmante situación de varios países de Europa.
3. La reducción de casos también coincide con el rápido aumento de la vacunación en la región, a pesar de las marcadas diferencias entre países de mayores y menores recursos. Noten también la injusta y alarmante situación de la África frente al resto de regiones.
4. Hay motivos para ser optimistas y pensar que la combinación de vacunación + altas tasas de inmunidad natural (post-infección) pueden prevenir un pico de hospitalizaciones y fallecidos a niveles de olas previas. Pero la situación de Europa nos recuerda que esto aún no termina.
5. Por su mayor transmisibilidad, Delta ha logrado desplazar a las variantes locales que causaron la mayoría de casos en la primera mitad del año. Gamma, Lambda y Mu aún circulan en algunos países pero todo indica que van en camino a la extinción.
6. Antes de hablar de Delta, un comentario sobre Mu: Un estudio reciente muestra que es la variante con mayor capacidad de escape a la neutralización por anticuerpos post-infección y post-vacunación. nejm.org/doi/full/10.10…
7. Estudios también estiman que Mu es la variante más transmisible después de Delta. Si no fuera por Delta, tal vez Mu hubiera llegado más lejos y podría haber sido un gran problema debido a su habilidad parcial para evadir la respuesta inmune.
https://twitter.com/trvrb/status/1447566579646930944?s=20
9. Se estima que Delta apareció a finales de 2020 en la India. Desde abril empezó a reportarse en otras regiones y hoy es casi el 100% de nuevos casos en 160+ países. Delta ha conseguido dominar el mundo en poco más de un año. outbreak.info/situation-repo…
10. Luego de varios meses y millones de infecciones, la Delta original (B.1.617.2) ha mutado y generado más de 120 sub-linajes reconocidos, llamados 'AY.x' Aquí un hilo que explica el sistema PANGO usado para la designación de nuevas variantes del virus.
https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1430888559150391310?s=20
11. Ojo: Que tengamos 120+ 'Hijas de Delta' no quiere decir que éstas se comporten distinto a la Delta original. Un nuevo linaje no implica un cambio en la biología del virus, pero sí nos ayuda a rastrear el movimiento de linajes entre países y regiones. Siguen siendo Delta.
12. Quizá han escuchado el término 'Delta Plus'. Esta NO es una designación formal y agrupa a varios linajes con mutaciones que *podrían* alterar su biología (ej. AY.1, AY.2). Pero hasta hoy no han mostrado un comportamiento distinto a la Delta original. technologyreview.com/2021/08/13/103…
13. Hace poco tuvimos en Perú noticias de una 'Delta Plus' local. En realidad fueron tres casos de AY.20 con la mutación N417K en el gen S (también presente en Beta y algunas hijas de Mu) y que podría ayudarle a escapar la protección de vacunas. dw.com/es/covid-19-pe…
14. Pero, luego de varias semanas, no observamos un aumento en la frecuencia de esta variante, que se mantiene por debajo del 0.1% de casos reportados desde julio.
15. Opino que el uso de 'cercos epidemiológicos' exponen innecesariamente a los afectados y hacen poco por evitar la transmisión del virus. Recuerden los cercos de Arequipa en Junio, implementados para evitar la propagación de Delta. Igual llegó a todas las regiones del país.
16. Desde octubre @UKHSA alerta sobre el crecimiento del linaje AY.4.2 en UK. Este aumenta lentamente en frecuencia cada semana y parece ser ligeramente más transmisible. Aún no observamos el aumento de AY.4.2 en otras regiones.
https://twitter.com/kallmemeg/status/1460312688463171586?s=20
18. Entonces, ¿Cuál de las 120+ Hijas de Delta deberían preocuparnos?
19. En noviembre, Perú reportó 10,000 genomas públicos en @GISAID. Esto es un GRAN logro, tomando en cuenta que en 2020 apenas llegamos a 1,000 secuencias. Gracias @INS_Peru @Minsa_Peru por invertir en escalar la capacidad de vigilancia genómica de SC2 en el país.
20. Usando estos datos públicos, podemos realizar análisis adicionales para determinar cómo los genomas se relacionan en tiempo y espacio. Esta análisis de @quipupe analiza 5000 genomas peruanos de julio-octubre 2021. ¡Exploren los datos! nextstrain.org/community/quip…
21. Hoy usaremos el portal @covSpectrum, una excelente herramienta gratuita que nos permite estimar el crecimiento de linajes en cada país utilizando datos públicos de GISAID. cov-spectrum.ethz.ch
22. Por ejemplo, para Perú, nos dice que Delta está claramente en aumento y que debemos prestar atención a los linajes AY.102, AY.39.2 y AY.43, que presentan una ventaja de transmisión frente al resto de variantes.
23. AY.43 parece haberse originado en Europa y hoy predomina en Alemania, Francia y Dinamarca. También es uno de los principales linajes en Brasil.
https://twitter.com/todospelasaude/status/1455256280814264321?s=2
https://twitter.com/FSpilki/status/1459183364162920451?s=20
24. En cambio, AY.39.2 y AY.102 parecen originarse en Peru o Chile (como la variante Lambda hace unos meses) y ya están presentes en EEUU y Europa. github.com/cov-lineages/p…
github.com/cov-lineages/p…
github.com/cov-lineages/p…
25. Reitero: Esta evidencia es preliminar y se requiere estudios epidemiológicos y de laboratorio para demostrar si estos linajes presentan ventajas reales frente al resto de Deltas.
26. Así, cada país tiene sus propios linajes de Delta según la ruta + número de introducciones, un poco de suerte y factores únicos a cada región.
27. Es imposible predecir dónde y cuándo va a aparecer una nueva variante de preocupación que reemplace a Delta en su dominancia global. Pero la evolución no se detiene y debemos seguir colectando datos mes a mes para monitorear estos cambios en la diversidad circulante.
28. Mientras el virus se siga transmitiendo, aumenta la probabilidad del evolución de nuevos linajes que combinen, por ejemplo, la transmisibilidad de Delta y la capacidad de evasión inmune de Mu. Este escenario es biológicamente plausible y representa una gran amenaza global.
29. Por último: Estos análisis son posibles gracias a la magia de los #datosabiertos. Por eso es importante insistir en que los grupos que generen estos datos los hagan públicos. Por eso jodemos tanto a INS con este tema. Y se ha avanzado mucho desde agosto.
30. Sudamérica aún representa menos del 3% de los 5 MILLONES de secuencias publicadas. Se ha mejorado mucho en 2021 pero aún no insuficiente. Necesitamos mayor inversión, descentralización, entrenamiento y coordinación entre academia, gobierno y entidades privadas. 💪
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