Thread by @soylajefita

🔹¿Qué sabemos de la nueva variante Ómicron? 🦠

Poco. Estamos frente a una variante, B.1.1.529, que hoy ya es considerada como "Variant of Concern" (VOC), cuando la primera infección confirmada fue el 9 de Noviembre de 2021. 1/31

Se han detectado casos en Sudáfrica, Botswana, Bélgica, Hong Kong e Israel.
Desde el 25 de Noviembre varios países han puesto restricciones a viajeros de Sudáfrica (EUA, Canadá, UE, Suiza, etc) y de algunos países del continente africano.
who.int/news/item/26-1… 2/31

Todavía no conocemos el impacto que pueda tener esta variante en su transmisión y la capacidad de evadir respuesta inmune o neutralización por parte de los anticuerpos.
nytimes.com/live/2021/11/2… 3/31

🔹¿Qué mutaciones tiene esta variante?

Reportan que tiene una inusual combinación de mutaciones que pudieron haberse originado en un paciente que tuvo infección crónica e inmunocompromiso, dándose condiciones que permitieron al virus modificarse. 4/31

Se han reportado alrededor de 50 mutaciones, pero la mayoría de ellas (30...) están en la proteína spike. De estas, 10 están en la zona RBM (receptor binding motif) dentro del RBD, que es la parte que se une al receptor ECA2 . 5/31

Este número de mutaciones en el RBD es mucho mayor que el reportado en variantes previas. 6/31

No sabemos aún qué hacen exactamente las, hasta ahora, 30 mutaciones que se han reportado en la proteína spike, y menos sabemos de las 10 mutaciones de la región RBM. Sin embargo, podrían asociarse a mayor transmisibilidad o evasión inmunológica. 7/31

El R0 calculado en Gauteng, donde se comenzaron a reportar los casos, fue de 1.93. La mayoría de los casos en Gauteng han sido por esta variante. El R0 seguramente cambiará con el tiempo.
forbes.com/sites/brucelee… 8/31

🔹¿Cómo la podemos detectar?

Hay que hacer secuenciación, como con todas. 9/31

Sin embargo, algo interesante es que esta variante tiene una mutación que lleva al "drop out" o falla en detección del gen S por parte de pruebas PCR (dando falso negativo para este gen), aunque la prueba sí sea positiva y se reporte como tal cuando los pacientes tienen… 10/31

…COVID-19. Cabe mencionar que la variante Delta es positiva para el gen S en PCR y eso podría ayudar a identificar entre Delta y Ómicron de manera más rápida antes de secuenciar. Muchas de las muestras evaluadas en Sudáfrica tienen este "target S gene failure". 11/31

OJO: No podemos confiar en esto como si tuviera 100% precisión, pero es una característica relevante que está ayudándonos a diferenciar a esta variante. 12/31

Aquí una buena foto de @Tuliodna mostrando el incremento de pruebas con el "S dropout" del gen S en pruebas PCR (en línea azul). 13/31

🔹¿Y, la transmisión?

Hasta ahorita se cree que puede ser más transmisible que Delta por la velocidad con la que se propagó en Gauteng. 14/31

Podemos pensar en dos opciones: 1) Se logró propagar más rápidamente que Delta porque hubo algún evento que se comportó como "súper spreader" o de súper dispersión en Gauteng, 15/31

2) La variante Ómicron logró ganar cabalmente la competencia a la variante Delta en esta zona porque efectivamente Ómicron sí es más transmisible que la variante Delta. 16/31

No olvidemos que hasta ahora Delta ha sido la "reina de la transmisión" y ha logrado desplazar a las demás variantes anteriores. Queda confirmar si todas estas mutaciones permitirán a Ómicron ganar la competencia a Delta. Esperemos que no... 17/31

🔹¿Y la severidad, la posibilidad de reinfección, la capacidad de evadir a los anticuerpos neutralizantes?

Tenemos más preguntas que respuestas. Y esta variante tiene más mutaciones de las que se habían reportado antes. 18/31

Los dominios RBD y NTD son los sitios más importantes que reconocen los anticuerpos neutralizantes en la proteína spike y esta variante tiene varias mutaciones en estas zonas. En la zona NTD tiene 9 mutaciones, según la fotografía reportada por Tulio de Oliveira. 19/31

Este dominio NTD puede modificarse sin que se afecte la infectividad del virus y, por eso, el virus puede darse el lujo de modificar sus antígenos a este nivel. 20/31

Las variantes pueden cambiar su estructura a nivel de zona NTD y tener, por lo mismo, una menor unión de anticuerpos neutralizantes en este dominio. Con las mutaciones en zona NTD, vemos que Ómicron podría estar buscando precisamente eso. 21/31

Las variantes anteriores estaban "remodelando" con más frecuencia su dominio NTD y menos el dominio RBD y la zona RBM....y ahora vemos que Ómicron está modificando su región RBD, y ¡específicamente la zona RBM! 22/31

¿Qué querrá hacer Ómicron con esas 10 mutaciones en el RBM de la proteína spike? 23/31

Recordemos que las mutaciones son un arma de doble filo: por un lado ayudan a mejorar transmisión y pueden promover evasión de sistema inmune, pero una mutación en la zona equivocada podría también afectar la supervivencia viral. 24/31

Las demás variantes habían respetado más la región RBD...Ómicron parece haber dado rienda suelta a las mutaciones en esta región ¿PARA QUÉ? Ya nos enteraremos... 25/31

🔹¿Funcionarán los antivirales y los anticuerpos monoclonales? 26/31

Los antivirales de Merck y Pfizer tienen mecanismos de acción diferentes entre ellos pero no dependen de mutaciones en la proteína spike y su unión con ECA2 como tal, sino que específicamente disminuyen replicación viral. 27/31

Entonces, si pensamos en bloqueo de replicación viral, se esperaría que siguieran funcionando.
Por otro lado, los anticuerpos monoclonales contra COVID-19 sí podrían disminuir su eficacia si se unen a una zona mutada por el virus.
theguardian.com/world/2021/nov… 28/31

Este hilo se hará viejo muy pronto porque la información cambiará ampliamente estas próximas semanas. Espero que no tardemos en conocer bien las consecuencias clínicas y epidemiológicas que resultarán de estas muchas mutaciones que esta nueva variante logró desarrollar. 29/31

Yo solo espero que no nos traiga más muertes y no logre evadir a los anticuerpos neutralizantes de las vacunas. En buen momento tenemos antivirales disponibles.

No, no podemos confiarnos con este virus...él no se da por vencido, y nos lo está mostrando. 30/31

🔹Moraleja: No deben de faltar vacunas vs COVID19 en los países más pobres, ni en los pacientes inmunocomprometidos. 31/31