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Bio_Saiyan

Jan 18 • 10 tweets • 4 min read

[Mini-Thread] : on va débunker les articles qui pullulent disant « avec Omicron, la salive est meilleure pour le détecter ! »

Pourquoi c’est factuellement faux ?
Pourquoi ce n’est pas transposable en France ?
Et surtout : est-ce que mon chat sait saliver ?

C’est parti ! ⤵️⤵️

Petit rappel : on ne confond pas le SITE de prélèvement de la TECHNIQUE permettant la mise en évidence du virus.

Cf. une synthèse des reco actuelles en France
- « Autorisé » : 1er choix
- « Toléré » : si le site « autorisé » n’est pas possible

On commence avec la 1️⃣ère étude, au titre racoleur :
« Les écouvillonnages de salive sont l’échantillon de choix pour la détection d’Omicon »
(en analyse PCR)

Voyons les limites _et_ les conclusions erronées de cette étude (oui, je spoil)

medrxiv.org/content/10.110…

Limite n°1 : les auteurs ont comparé des prélèvements de salive avec des « Midturbinate », ce qui veut dire « nasal » et pas « nasopharyngé » (NP)
➡️en France, on fait en priorité du NP
➡️on perd 1/4 des positifs en nasal vs. NP !

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32596725/
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33203496/

Pour illustrer :
- 1ère image : nasal (et encore, nasal profond, vous n’irez jamais aussi loin en auto-prélèvement)
- 2nde image : nasopharyngé (on est juste en haut de la gorge)

Ici, on voit que sur les effectifs :
- il n’y a pas de différence statistiquement significative de performances de détection entre le nasal et le salivaire pour Omicron (nasal > salivaire pour Delta)

- idem pour la quantité : il y a la même « charge virale » sur un écouvillon issu de la salive et nasal pour Omicron que sur de la salive Delta… mais en nasal Delta était ↗️

=> ce n’est pas la salive qui est mieux pour Omicron, c’est le nasal qui est moins bien que pour Delta!

La publi n°2️⃣ a cherché à déterminé la cinétique de détection du virus entre la salive et… un prélèvement nasal (vous savez désormais maintenant 1 limite déjà de cette étude)

journals.asm.org/doi/epdf/10.11…

Pour faire simple ici :
- les auteurs jouent entre les limites de détection / limites de sensibilité pour s’arranger avec les données
- toutes les cinétiques ne sont pas superposables entre le patients : parfois c’est le nasal le premier à être identifié !

https://twitter.com/saiyanbio/status/1466826743130603526

Conclusion:
-aucune étude n’a montré que salive (PCR) > nasopharyngé (PCR)
au mieux on a salive (PCR) = nasal (PCR)
-je n’ai pas parlé des nombreuses études qui montrent que salive (PCR) > nasal (Ag).. mais parce que PCR > Ag !
Soyez 🧐

Pour ceux qui veulent explorer la salive👇

https://twitter.com/saiyanbio/status/1466826743130603526

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 19

@olivierveran

🎉Pour poursuivre la semaine de façon guillerette, voici 3 petites histoires pour illustrer le fait que non, un autotest NE garantit PAS l’absence de risque de contamination COVID🙅‍♂️

(Poke @olivierveran qui a affirmé cela, on va montrer par des cas concrets que c’est faux)
Go !⤵️

1️⃣ les conseils municipaux, c’est avec une bonne ambiance dans les campagnes.
Avec l’apéro à la fin.
Et si on tousse, c’est pas grave.
Ou pas.

Un cas testé positif. Le conseil municipal a alors eu l’idée… d’appeler l’ARS (on rigole pas !). Qui leur a donné… des autotests (!)

Tous le conseil municipal s’est « autotesté »… 7 positifs sur 20.
Mais plusieurs autres avaient de + en + de symptômes…
Donc ils m’ont appelé pour qu’on fasse des PCR (j’ai été un peu directif et fuck l’ARS qui nous a bien mis le bouzin)

Tout est résumé dans ce bôô schéma :

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 16

🚨Thread important🚨 : Estimation de la charge virale dans le temps Delta vs. Omicron
Données de mon labo, 545 échantillons

On va voir que :
1️⃣ Il y a ↘️ avec Omicron
2️⃣ connaître la cinétique doit conduire à revoir nos politiques de tests
3️⃣le nasopharynx, c’est pas la narine

✍️Méthode :
Résultats de la S50 de 2021, dernière semaine où
i) le dépistage des cas contacts était cohérent (J7)
ii) le criblage était exhaustif
iii) pas de difficulté pour avoir un rdv de PCR
iv) circulation Delta et Omicron, permettant d’apparier par préleveur / site / jour

📊Résultats !
Dans l’axe vertical on a les Ct : + c’est haut, moins on a de matériel viral détecté sur l’écouvillon de prélèvement (on dira « charge virale » par abus de langage par la suite)

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 13

Réunion hier soir avec l’ARS pour la “stratégie de test”.

Est-ce que l’ARS comprend quelque chose aux protocoles ? Est-ce qu’on va dans le mur ? Est-ce que j’ai eu besoin de caresser mon chat pour ne pas les insulter ?

C’est parti !
⤵️⤵️

1️⃣ ça commence avec un “quelle est votre capacité actuelle ?”
Sauf qu’on a commencé à distinguer nos capacités à :
a) enregistrer (nos prélèvements + ceux des infirmiers + CH)
b) prélever
c) analyser sur place ou un plateau technique
ARS : “j’ai pas prévu toutes ces colonnes !”

2️⃣suivi du classique “on va vous aider parce que vous êtes trop con et trop nul” (je traduit les sous entendus)

[dans le département plus de saturation, rdv en < 24h, mais l’ARS s’en fiche, storytelling toussa]

➡️ “on vous donne la consigne de faire des tests antigéniques !”

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 11

https://twitter.com/JeanCASTEX/status/1480631284485529601

🚨Nouveau protocole scolaire !!
On va tenter de prendre les choses sur un ton léger (sarcastique ?) pour voir… que rien ne va

https://twitter.com/JeanCASTEX/status/1480631284485529601

Rappelons qu’on a eu :
-1 protocole le 01/01 (2 tests)
-1 autre le 02 (1 test + 2 autotests)
-modifié le 6 (plus d’autotest, pénurie)
-modifié le 7 (pas 2 tests si < 7 jours)
… et là encore un nouveau 🙃

c’est plus un protocole, c’est Arturo Brachetti !

Donc maintenant :
* plus de fermeture de classe immédiat (gros mot)
* 3 autotests à J0, J2 et J4
* aucune preuve, 1 seule attestation (à quel moment ?)
[quand on sait que 40% des parents refusent les tests salivaires quand c’est proposé, vous espérez quoi de l’attestation ?]

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 7

🚨On est vendredi soir ! et vendredi soir c’est… DGS urgent !!
On va parler de prélèvement nasal, priorisation, autotest…

Est-ce que la DGS a déjà vu un enfant de < 3 ans ? Est-ce qu’ils sont enfin cohérents entre 2 pages ? Est-ce qu’ils ont tranché pour les chats ?

GO !!⤵️⤵️

1️⃣ On commence par 2 blagues :
- les protocoles « réactifs » dans l’EN (quel terme…)
- les tests de « réassurances » : les PUTAINS de tests à J5 post 1er prélèvement positifs ! OUI, ils nous encombrent, mais pourquoi ils existent ?!!!
restons calme, c’est la 1ère ligne…

2️⃣ Pour quelle raison on l’ignore (rien n’est justifié dans les DGS, « crois moi frère »), on nous invente « les tests antigéniques nasaux » ..?!!

Donc c’est comme un autotest, mais fait par un tiers (?)
Et allez savoir pourquoi, réservé aux moins de 12 ans (??)

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Bio_Saiyan

@SaiyanBio

Jan 6

🚨Vous aimiez les DGS urgents ?
Jérôme vient de nous inventer les “Reply aux DGS urgents” !!
(Jacques Allgood est en PLS et nous aussi)

➡️ Diminution du volume de criblage ⤵️⤵️

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/reply_…

Dans le détail :
- tout est surligné en JAUNE FLUO (parce que je n’ai pas assez mal au crâne visiblement)
- mais c’est encore bien flou:
1️⃣ criblage d’au moins 25% des PCR positives… donc officialisation de ne plus cribler les Ag ? (toujours pas dit clairement dans un DGS)

2️⃣ce n’est pas 25% du total, mais 25% des échantillons avec Ct<30 (je pense qu’ils se sont plantés dans la tournure de la phrase, pas assez de gens à la DGS pour relire les textes visiblement)