🚨Thread important🚨 : Estimation de la charge virale dans le temps Delta vs. Omicron
Données de mon labo, 545 échantillons

On va voir que :
1️⃣ Il y a ↘️ avec Omicron
2️⃣ connaître la cinétique doit conduire à revoir nos politiques de tests
3️⃣le nasopharynx, c’est pas la narine
✍️Méthode :
Résultats de la S50 de 2021, dernière semaine où
i) le dépistage des cas contacts était cohérent (J7)
ii) le criblage était exhaustif
iii) pas de difficulté pour avoir un rdv de PCR
iv) circulation Delta et Omicron, permettant d’apparier par préleveur / site / jour
📊Résultats !
Dans l’axe vertical on a les Ct : + c’est haut, moins on a de matériel viral détecté sur l’écouvillon de prélèvement (on dira « charge virale » par abus de langage par la suite)
1️⃣Evolution de le temps de la charge virale :
pour Delta ET Omicron, on a un pic au moment de l’apparition des symptômes.
De façon intéressante, le pic semble disparaître encore + vite avec Omicron
On a la même chose avec la normalisation utilisant un gène humain
2️⃣ Comparaison Delta vs. Omicron
quelque soit le moment du prélèvement, on a pratiquement toujours + de charge virale avec Delta qu’Omicron
👉l’extrême contagiosité d’Omicron est liée à son accroche bien meilleure sur nos cellules, pas la quantité de virus
MAIS !
↘️ virus c’est mécaniquement une ↘️ des performances des tests antigéniques / autotests 😱 (car ils ont besoin de + de virus pour se positiver)

On redit que le gouvernement bascule tout sur ces tests actuellement ? Qui n’étaient déjà pas extraordinaires (pour rappel 👇)
Focus sur Omicron :
- on sait que les symptômes apparaissent + tôt (srtt si vacciné ?)
- on voit que la charge virale à J7 du contact = celle d’un symptomatique depuis qq jours

➡️il faut s’isoler dès qu’on est cas contact ‼
➡️ pas de test à J0, et pas d’autotest à J2-4 (😘DGS)
Conséquence sur les tests n°1️⃣ :
les autotests détectent le virus + tardivement (cf 👇). Car il faut que s’accumulent bcp de virus, et qu’ils «migrent» jusque dans la narine.
➡️ on va rater les premiers jours de forte charge virale, là où potentiellement on est le + contagieux..
.. c’est ce qui explique le «j’avais des symptômes, mais le test ne s’est positivé qu’au bout de x jours»

Et c’est le même soucis pour tous ceux qui prélèvent mal pour les PCR : j’ai des valeurs ↗️ ↗️ en NASOPHARYNGÉ. On ne « loupe » pas le diagnostic avec une PCR BIEN PRÉLEVÉE
Conséquence sur les tests n°2️⃣ :
- ça sert ENCORE moins de faire un « mauvais » test comme un autotest, srtt à J2-J4
- il faut que le test soit au contraire profond pour détecter tôt le virus
car on sait bien que l’isolement dès les symptômes, c’est au pays des Bisounours 😘
Comparaison avec des données disponibles :
- l’étude en NBA trouvait un pic de sécrétion + faible et + court
- l’étude japonaise indiquait au contraire une qté similaire pendant 7 jours, sur un faible effectif ()
et ps en nasopharyngé dans les 2 cas ?
Conclusion :
- en nasopharyngé, j’ai bien un pic viral DÈS le début des symptômes avec Omicron
- il y a moins de quantité Omicron / Delta : importance encore + grande d’un « bon » test au « bon » moment et « bien » prélevé
#spoil :
Demain si j’ai le temps vous aurez quelques exemples illustratifs qui prouvent que, non, ce n’est pas parce qu’on a un autotest négatif qu’on est pas contaminant (oui, un ministre a sorti cette énormité)

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Jan 18,
[Mini-Thread] : on va débunker les articles qui pullulent disant « avec Omicron, la salive est meilleure pour le détecter ! »

Pourquoi c’est factuellement faux ?
Pourquoi ce n’est pas transposable en France ?
Et surtout : est-ce que mon chat sait saliver ?

C’est parti ! ⤵️⤵️
Petit rappel : on ne confond pas le SITE de prélèvement de la TECHNIQUE permettant la mise en évidence du virus.

Cf. une synthèse des reco actuelles en France
- « Autorisé » : 1er choix
- « Toléré » : si le site « autorisé » n’est pas possible Image
On commence avec la 1️⃣ère étude, au titre racoleur :
« Les écouvillonnages de salive sont l’échantillon de choix pour la détection d’Omicon »
(en analyse PCR)

Voyons les limites _et_ les conclusions erronées de cette étude (oui, je spoil)

medrxiv.org/content/10.110…
Read 10 tweets
Jan 13,
Réunion hier soir avec l’ARS pour la “stratégie de test”.

Est-ce que l’ARS comprend quelque chose aux protocoles ? Est-ce qu’on va dans le mur ? Est-ce que j’ai eu besoin de caresser mon chat pour ne pas les insulter ?

C’est parti !
⤵️⤵️
1️⃣ ça commence avec un “quelle est votre capacité actuelle ?”
Sauf qu’on a commencé à distinguer nos capacités à :
a) enregistrer (nos prélèvements + ceux des infirmiers + CH)
b) prélever
c) analyser sur place ou un plateau technique
ARS : “j’ai pas prévu toutes ces colonnes !”
2️⃣suivi du classique “on va vous aider parce que vous êtes trop con et trop nul” (je traduit les sous entendus)

[dans le département plus de saturation, rdv en < 24h, mais l’ARS s’en fiche, storytelling toussa]

➡️ “on vous donne la consigne de faire des tests antigéniques !”
Read 13 tweets
Jan 11,
🚨Nouveau protocole scolaire !!
On va tenter de prendre les choses sur un ton léger (sarcastique ?) pour voir… que rien ne va
Rappelons qu’on a eu :
-1 protocole le 01/01 (2 tests)
-1 autre le 02 (1 test + 2 autotests)
-modifié le 6 (plus d’autotest, pénurie)
-modifié le 7 (pas 2 tests si < 7 jours)
… et là encore un nouveau 🙃

c’est plus un protocole, c’est Arturo Brachetti !
Donc maintenant :
* plus de fermeture de classe immédiat (gros mot)
* 3 autotests à J0, J2 et J4
* aucune preuve, 1 seule attestation (à quel moment ?)
[quand on sait que 40% des parents refusent les tests salivaires quand c’est proposé, vous espérez quoi de l’attestation ?]
Read 12 tweets
Jan 7,
🚨On est vendredi soir ! et vendredi soir c’est… DGS urgent !!
On va parler de prélèvement nasal, priorisation, autotest…

Est-ce que la DGS a déjà vu un enfant de < 3 ans ? Est-ce qu’ils sont enfin cohérents entre 2 pages ? Est-ce qu’ils ont tranché pour les chats ?

GO !!⤵️⤵️
1️⃣ On commence par 2 blagues :
- les protocoles « réactifs » dans l’EN (quel terme…)
- les tests de « réassurances » : les PUTAINS de tests à J5 post 1er prélèvement positifs ! OUI, ils nous encombrent, mais pourquoi ils existent ?!!!
restons calme, c’est la 1ère ligne…
2️⃣ Pour quelle raison on l’ignore (rien n’est justifié dans les DGS, « crois moi frère »), on nous invente « les tests antigéniques nasaux » ..?!!

Donc c’est comme un autotest, mais fait par un tiers (?)
Et allez savoir pourquoi, réservé aux moins de 12 ans (??)
Read 17 tweets
Jan 6,
🚨Vous aimiez les DGS urgents ?
Jérôme vient de nous inventer les “Reply aux DGS urgents” !!
(Jacques Allgood est en PLS et nous aussi)

➡️ Diminution du volume de criblage ⤵️⤵️

solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/reply_…
Dans le détail :
- tout est surligné en JAUNE FLUO (parce que je n’ai pas assez mal au crâne visiblement)
- mais c’est encore bien flou:
1️⃣ criblage d’au moins 25% des PCR positives… donc officialisation de ne plus cribler les Ag ? (toujours pas dit clairement dans un DGS)
2️⃣ce n’est pas 25% du total, mais 25% des échantillons avec Ct<30 (je pense qu’ils se sont plantés dans la tournure de la phrase, pas assez de gens à la DGS pour relire les textes visiblement)
Read 7 tweets
Dec 30, 2021
[Thread important] Modification importante concernant la prise en charge des urgences dans les hôpitaux
Pourquoi vous risquez d’avoir + de prises de sang aux urgences ? Comment on incite les hôpitaux à vous renvoyez chez vous ?
C’est parti !⤵️ ⤵️ ⤵️
1️⃣Vous avez p-ê vu passer l’info, mais à partir du 1/01 chaque passage aux urgences (sans hospitalisation) vous sera facturé environ 20€ - non pris en charge par l’assurance maladie, à vous de faire jouer votre mutuelle ensuite.

legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTE…

huffingtonpost.fr/entry/aux-urge…
(je vous laisse lire l’article précédent pour ceux qui n’ont pas peur du cynisme absolu du « on ne communique pas, on va laisser chacun dans son coin expliquer au patient à 3h du matin » - le courage politique, toussa….)

Mais c’est pas fini !
Read 15 tweets

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