Breve thread per gli italiani confusi dalle dichiarazioni di #Palù, apparse negli stessi giorni in cui la stampa internazionale sta invece rilanciando l'ipotesi wet market per l'origine di SARS-CoV-2. 1/
Palù si riferisce a un suo paper pubblicato due settimane fa in cui segnalava la presenza di una particolare sequenza del virus (quella che codifica per il Furin Cleavage Site, FCS) in una vecchia sequenza brevettata da Moderna per la cura del cancro. 2/
Nella sequenza di Moderna, però, quel pezzo di DNA non codifica per il FCS. Inoltre manca tra le due sequenze la somiglianza necessaria per permettere una ricombinazione e quindi l'inserimento del frammento nel virus (scenario ipotizzato nel paper). 3/
Dall'altra parte abbiamo due preprint (quindi non ancora revisionati) che hanno avuto grande risonanza nei media, e che hanno convinto molti (compreso me) del fatto che il virus sia partito da animali in vendita nel wet market di Huanan. 5/
Diciamo subito che il caso non è chiuso, e i giornali farebbero bene a evidenziare i limiti dei due studi e i possibili bias nei dati di partenza. I media che enfatizzano le scoperte omettendo le sfumature confondono il pubblico e fanno perdere fiducia nella scienza. 6/
Ad oggi l'ipotesi della zoonosi è in linea con i dati ufficiali forniti dalla Cina all'OMS, anche se manca la prova regina, ossia animali positivi al virus. La stessa Cina dà però interpretazioni diverse, suggerendo che siano stati gli umani a portare il virus nel mercato. 7/
La questione dei dati è centrale in questo discorso, perché le informazioni incomplete e contraddittorie sui primi casi di COVID a Wuhan sono il pilastro fondamentale su cui si basa l'ipotesi alternativa, ossia che il virus sia sfuggito da un laboratorio. 8/
SARS2 è un virus subdolo che si diffonde spesso senza dare sintomi, quindi è difficilissimo identificare l'origine. E se i dati sono parziali o distorti dall'iniziale focus sul mercato, ecco che le analisi fatte su quei dati perdono valore. 9/
Entrambi gli "schieramenti" (mercato/lab) hanno un disperato bisogno di dati, info e chiarimenti da parte della Cina, ma le collaborazioni con gli scienziati cinesi sono sempre più difficili. Purtroppo, senza collaborazione da parte cinese, il mistero delle origini resterà tale.
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L'ipotesi parte dalla scoperta di una sequenza brevettata da #Moderna in cui si trovano 19 nucleotidi identici a quelli che nel virus codificano per il famoso furin cleavage site (FCS). 2/
La sequenza in questione è una versione ottimizzata del gene umano Msh3. Si tratta di una proteina coinvolta nella riparazione del DNA, e nell'intenzione di Moderna sarebbe una molecola da utilizzare per la terapia oncologica. 3/
Mi sono divertito ad usare il tool online di @bmj_latest per calcolare la capacità predittiva di due test #antigenici disponibili in commercio: un #tampone nasale e un salivare. 1/
Il produttore dichiara per il tampone nasale una sensibilità del 95.4% e una specificità del 99.4%. I valori per il test salivare sono più bassi: rispettivamente, 90.1% e 99.3%. 2/
Il tool online di BMJ utilizza il teorema di #Bayes per calcolare la probabilità che un soggetto sia positivo quando il risultato del test è positivo, e quando invece è negativo. 3/ bmj.com/content/369/bm…
Big news from China on the search of the #OriginOfCovid - Head of Chinese WHO team attacks @MichaelWorobey paper: "unscientific to conclude that some early cases living close to the market was proof that it was the origin of the community transmission." 1/ archive.md/ybb2a
"Liang said Worobey did not verify the identity of a patient featured in The Paper’s video report. He said the first identified Covid-19 case did visit the hospital between December 6-8, and was accompanying a family member for a tooth extraction." 2/
"However, he also started experiencing cold-like symptoms such as headaches and dizziness on December 8. The female vendor from Huanan Market who had symptom onset on December 11, mentioned in the Science article, was not the first known Covid-19 case."
Someone found in a #Moderna patent from 2017 a short nucleotide sequence that is identical to the one encoding for the Furin Cleavage Site in SARS-CoV-2. While this may seem suspicious at first sight, I'll try to explain why there's "nothing to see here". 1/
First of all, the nucleotide sequence is really there. It is located in sequence 11652 from patent US 9587003, position 2733-2751 (revers strand). The Genbank ID is KH664781. 2/ ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KH6647…
The Moderna patent covers "modified polynucleotides for the production of oncology-related proteins and peptides". In other words, these are RNA molecules that are used in #cancer therapy, and were modified in order to improve the efficacy of treatment. 3/ lens.org/lens/patent/19…
Per chi volesse approfondire i temi trattati nel servizio di #PresaDiretta di ieri sera, ho raccolto in questo thread le fonti e i documenti principali citati in trasmissione. 🧵1/
Cominciamo dalla missione dell'#OMS a #Wuhan, all'inizio di quest'anno. Qui trovate il rapporto finale che considera "estremamente improbabile" l'incidente di laboratorio. 2/ who.int/publications/i…
One last thread on the origins of #SARSCoV2 before the upcoming publication of the US intelligence report. First of all, there are two things that might be even more important than the origin itself: research ethics and scientific debate. 1/
Since the beginning, some scientists working in Chinese institutions haven't been fully transparent. The history of #RaTG13 and the issues with its sequencing data, the miners pneumonia, the missing database, the pangolin CoV data. Hiding info, playing with words. Bad science. 2/
The second thing that I didn't like was the suppression of an open dialogue between scientists, which lasted for several months. Now it's easier for scientists to freely talk about the different scenarios, but do you remember how difficult it was one year ago? 3/