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28 Dec, 10 tweets, 4 min read
Mi sono divertito ad usare il tool online di @bmj_latest per calcolare la capacità predittiva di due test #antigenici disponibili in commercio: un #tampone nasale e un salivare. 1/
Il produttore dichiara per il tampone nasale una sensibilità del 95.4% e una specificità del 99.4%. I valori per il test salivare sono più bassi: rispettivamente, 90.1% e 99.3%. 2/
Il tool online di BMJ utilizza il teorema di #Bayes per calcolare la probabilità che un soggetto sia positivo quando il risultato del test è positivo, e quando invece è negativo. 3/
bmj.com/content/369/bm…
Oltre a sensibilità e specificità, il calcolo richiede di conoscere la prevalenza del #Covid nella popolazione. In mancanza di questo dato, la % di persone attualmente positive (approssimata per eccesso) credo possa essere una buona stima. 4/
Poiché nella mia Regione (#Lombardia) ci sono 150mila positivi su una popolazione di circa 10 milioni di persone, possiamo ipotizzare una prevalenza dell'1.6-1.7%. 5/
Inserendo questi valori per il tampone nasale si ottengono il 73,33% di probabilità di avere il Covid se il test è positivo, e lo 0,08% se è negativo. Per il test salivare le probabilità sono 72,2% e 0,17%. 6/
Questo calcolo ha ovviamente dei limiti: la prevalenza reale non è nota; i valori di sensibilità e specificità dichiarati dal produttore potrebbero essere migliori di quelli reali; infine, le performance del tampone dipendono anche da come viene eseguito il prelievo. 7/
Ricordo che i test rapidi sono in grado di riconoscere i positivi quando la #caricavirale è abbastanza alta. Ma questo potrebbe non essere un limite, se il test viene fatto nel momento giusto: soggetti con carica virale alta sono presumibilmente anche quelli più contagiosi. 8/
Grazie a @OpencovidM @sergiopistoi e @FlavioPons per gli spunti di riflessione. E se ho sbagliato qualcosa, mi corrigerete!
Chiedo scusa, il link corretto per i test rapidi è questo
bmj.com/content/373/bm…

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12 Dec
Big news from China on the search of the #OriginOfCovid - Head of Chinese WHO team attacks @MichaelWorobey paper: "unscientific to conclude that some early cases living close to the market was proof that it was the origin of the community transmission." 1/
archive.md/ybb2a
"Liang said Worobey did not verify the identity of a patient featured in The Paper’s video report. He said the first identified Covid-19 case did visit the hospital between December 6-8, and was accompanying a family member for a tooth extraction." 2/
"However, he also started experiencing cold-like symptoms such as headaches and dizziness on December 8. The female vendor from Huanan Market who had symptom onset on December 11, mentioned in the Science article, was not the first known Covid-19 case."
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8 Dec
Someone found in a #Moderna patent from 2017 a short nucleotide sequence that is identical to the one encoding for the Furin Cleavage Site in SARS-CoV-2. While this may seem suspicious at first sight, I'll try to explain why there's "nothing to see here". 1/
First of all, the nucleotide sequence is really there. It is located in sequence 11652 from patent US 9587003, position 2733-2751 (revers strand). The Genbank ID is KH664781. 2/
ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KH6647…
The Moderna patent covers "modified polynucleotides for the production of oncology-related proteins and peptides". In other words, these are RNA molecules that are used in #cancer therapy, and were modified in order to improve the efficacy of treatment. 3/
lens.org/lens/patent/19…
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24 Oct
Per chi volesse approfondire i temi trattati nel servizio di #PresaDiretta di ieri sera, ho raccolto in questo thread le fonti e i documenti principali citati in trasmissione. 🧵1/
Cominciamo dalla missione dell'#OMS a #Wuhan, all'inizio di quest'anno. Qui trovate il rapporto finale che considera "estremamente improbabile" l'incidente di laboratorio. 2/
who.int/publications/i…
Qui invece la famosa lettera scritta a @ScienceMagazine (primo autore @jbloom_lab) per chiedere di indagare tutti i possibili scenari. 3/
science.org/doi/10.1126/sc…
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25 Aug
One last thread on the origins of #SARSCoV2 before the upcoming publication of the US intelligence report. First of all, there are two things that might be even more important than the origin itself: research ethics and scientific debate. 1/
Since the beginning, some scientists working in Chinese institutions haven't been fully transparent. The history of #RaTG13 and the issues with its sequencing data, the miners pneumonia, the missing database, the pangolin CoV data. Hiding info, playing with words. Bad science. 2/
The second thing that I didn't like was the suppression of an open dialogue between scientists, which lasted for several months. Now it's easier for scientists to freely talk about the different scenarios, but do you remember how difficult it was one year ago? 3/
Read 11 tweets
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5 Apr
THREAD - What happened at the Huanan #seafood market?

The @WHO report is quite clear on this point: #SARSCoV2 might have jumped from a wild animal sold in this market and maybe other markets in #Wuhan. But what do we know exactly? 1/15

#originsofSARSCoV2 Image
After all this time, the Huanan seafood market still remains the main suspect for a simple reason: most of the early cases had visited at least one market in Wuhan city, and several of them visited the Huanan market. 2/15 Image
According to the report, 10,000 people visited this place every day, making it a perfect setting for an #outbreak. One might argue: what about the cases without market exposure? Good question! 3/15
Read 16 tweets
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21 Feb
Tra le #mutazioni del virus che preoccupano di più ci sono la #N501Y e la #E484K.

La prima permette a SARS-COV-2 di legarsi meglio al recettore ACE2, in altre parole i virus con questa mutazione riescono a entrare più facilmente nelle nostre cellule. 1/
Variante inglese 🇬🇧 (B.1.1.7), sudafricana 🇿🇦 (B.1.351) e brasiliana 🇧🇷 (P.1) hanno tutte quante la mutazione N501Y.

Probabilmente, è proprio per questo motivo che queste varianti tendono a essere più contagiose. 2/
La E484K, invece, aiuta il virus a sfuggire agli #anticorpi, pertanto potrebbe ridurre in parte l'efficacia dei #vaccini.

La #varianteinglese non ha questa mutazione (per ora), ma brasiliana e sudafricana sì. Per questo sono così temute! 3/
Read 11 tweets

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