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@SystemsVirology
May 3 • 9 tweets • 5 min read Twitter logo Read on Twitter
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#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の論文第19弾「オミクロン亜株XBB.1.16の特性解析」を、Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis に発表しました。本研究では、世界で流行拡大中の #オミクロン XBB.1.16株（俗称 #アークトゥルス）の特性を解明しました。1/
thelancet.com/journals/lanin…
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5です。この株は、XBB.1のスパイクに #F486P という変異を獲得したものです。それに対し、XBB.1.16のスパイクは、この #F486P に加えて、#E180V と #T478R というふたつの変異を持っています。2/ Image
XBB.1.5とXBB.1.16は共通する変異もありますが、分子系統学的にはそれぞれ独立に誕生したものです。つまり、XBB.1.5とXBB.1.16は、「XBB.1の子供たち（＝XBB.1.5とXBB.1.16は兄妹）」であって、XBB.1.16は「XBB.1.5の子供」ではありません。3/ Image
インド🇮🇳、アメリカ🇺🇸、シンガポール🇸🇬、オーストラリア🇦🇺におけるXBB.1.16の伝播力（実効再生産数Re）を推定した結果、どの国でも、XBB.1.16のReがXBB.1.5のReより大きいことがわかりました。つまり、XBB.1.16がこれなら世界で流行拡大していくことが示唆されます。4/ Image
次に、XBB.1.16のスパイクが持つふたつの変異、 #E180V と #T478R がシュードウイルスの感染力に与える影響を評価しました。その結果、#E180V には感染力を下げる効果が、#T478R には感染力を上げる効果があることがわかりました。トータルとして、XBB.1.16の感染力は、XBB.1.5と同程度でした。5/ Image
BA.2, BA.5ブレイクスルー血清を用いた中和試験の結果、XBB.1.16は、XBB.1やXBB.1.5と同様、それぞれのブレイクスルー血清に対してきわめて高い抵抗性を示しました。6/ Image
これらの結果を元に、XBB.1.16とその他の株の抗原性を比較すると、XBB.1.5とXBB.1.16は、抗原性がやや異なることがわかりました。7/ Image
最後に、6つの治療用モノクロ抗体の効果を調べたところ、#ソトロビマブ だけが、XBB.1.16を含むXBB系統に有効でした。8/ Image
以上の結果より、XBB.1.16は、抗原性を変化させることでXBB.1.5をoutcompeteして増えやすくなった株と言えるかも？しれません。

現在の日本は第9波に入りつつある状況で、XBB.1.5の比率も増えてきています。ここにもしXBB.1.16も流入してくると...という懸念も... 9/9
www3.nhk.or.jp/news/html/2023…

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May 3
BREAKING🔔 The 19th paper from G2P-Japan🇯🇵 is out at Lancet Infectious Diseases @TheLancetInfDis . We elucidated the virological characteristics of new SARS-CoV-2 variant of interest, XBB.1.16 (aka #Arcturus) Please RT🔥 1/
thelancet.com/journals/lanin…
XBB.1.16 = XBB.1 + #F486P, #E180V, and #T478K in spike.
cf. XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike (i.e., XBB.1.16 = XBB.1.5 + #E180V and #T478K in spike). 2/ Image
A phylogenetic tree shows that XBB.1.16 is a descendant of XBB.1, not of XBB.1.5. 3/ Image
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Jan 15
BREAKING🔔 We introduce the latest work from G2P-Japan🇯🇵 focusing on the virological characteristics of new SARS-CoV-2 lineage of concern, XBB.1.5 (aka #Kraken), which is rapidly spreading in the US🇺🇸 Please RT! Preprint/peer-review paper will come soon🔥 1/
XBB.1.5 = XBB.1 + #F486P in spike. We also found that a part of XBB.1.5 has reversion mutation in Y144del (=XBB.1.5 + #ins144Y) in spike. Because #Y144del evades antiviral immunity and decreases pseudovirus infectivity, its reversion might be also critical. 2/
First, a brilliant young talent, @jampei2, showed that the relative basic reproduction number (Re) of XBB.1.5 is >1.2-fold greater than the parental XBB.1 (❗️). Importantly the "1.2-fold difference" is similar to the differences between BA.1 versus BA.2 and BA.2 versus BA.5. 3/
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Jan 15
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵の最新作「オミクロン亜株XBB.1.5の性状解析」を、論文/プレプリント公開前に速報します（図はメイキング）。本研究では、流行拡大中の#オミクロン XBB.1.5株（通称 #クラーケン）の性質を解明しました🔥 1/
2022年末にアメリカ🇺🇸で突如感染爆発を始めたのがXBB.1.5株です。この株は、↓で我々が報告しているXBB.1株（G2P-Japan🇯🇵プレプリント第15弾）が、スパイクに #F486P という変異を獲得したものです。2/
それに加え、XBB系統が持っていた #Y144del という欠損が復帰したXBB.1.5株（XBB.1.5+ins144Y）も確認されています。Y144del という変異は、ブレイクスルー血清への抵抗性の上昇と、ウイルスの感染力の減少に作用する変異です（G2P-Japan🇯🇵プレプリント第15弾より）。3/
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Dec 27, 2022
BREAKING🔔 The 15th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the virological characteristics of one of the latest SARS-CoV-2 lineages of concern, XBB, which was generated by recombination of two #Omicron subvariants. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. An example is BQ.1.1, which has convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346T, K444T, L452R, N460K & F486V. We reported it as below⬇️ 2/
Another variant of concern is XBB (aka #gryphon). First, two young talents, @jampei2 & @SpyrosLytras, showed that XBB emerged by recombination of two co-circulating BA.2 lineages, BJ.1 & BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during 2022 summer in India or its neighboring countries. 3/
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Dec 27, 2022
#拡散希望 速報🔔 G2P-Japan🇯🇵のプレプリント第15弾「組換えオミクロンXBBの性状解析」を、bioRxiv @biorxivpreprint に発表しました。本研究では、#遺伝子組換え で誕生した #オミクロン XBB株（通称 #グリフォン）の性質を解明しました。
biorxiv.org/content/10.110…

以下、本研究の概要です。1/
2022年後半になり、BA.5株以降、世界を席巻する新しい変異株の出現が見られず、また逆に、世界中でさまざまな #オミクロン亜株 が出現し、多様化しています。2/
たとえば、スパイクの5つの収斂進化変異（R346T, K444T, L452R, N460K, F486V）をコンプリートしたBQ.1.1株については、我々の先行プレプリント⬇️で、その誕生原理とウイルス学的な性状を報告しています。3/
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Dec 5, 2022
BREAKING🔔 The 14th preprint from G2P-Japan🇯🇵 is out @biorxivpreprint. We illuminated the evolutionary rule underlying the convergent evolution of #Omicron and the virological characteristics of one of the latest lineages of concern, BQ.1.1. Please RT. 1/
biorxiv.org/content/10.110…
In late 2022, the Omicron subvariants have highly diversified. However, some lineages have convergently acquired amino acid substitutions at five critical residues in the spike protein: R346, K444, L452, N460 and F486. 2/
Omicron BQ.1.1 (aka #Cerberus), a descendant of BA.5, bears all five substitutions at the convergent sites: #R346T #K444T #L452R #N460K #F486V. 3/
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