Sur les cas de #variole #simesque (#MPXV) détectés de par le monde, quelques réflexions d'épidémiologie, de modélisation et d'évolution de l'équipe.
Car, pour le moment, ce sont surtout les #génomes viraux qui apportent des indications !
ecdc.europa.eu/en/news-events…
1/N
Sans entrer dans les détails, ces infections sont causées par un (gros) #virus à #ADN.
Pour des détails cliniques et thérapeutiques, @MarcGozlan a un post très détaillé en #acceslibre 👇
lemonde.fr/blog/realitesb…
2/N
Les épidémies de #MPXV sont beaucoup étudiées par les modélisateurs car elles ont, habituellement, un #R0<1. Autrement dit, on s'attend à ce qu'elles régressent vite.
Notre collègue @jlloydsmith les a beaucoup analysées :
journals.plos.org/ploscompbiol/a…
3/N
Si vous nous suivez, vous aurez aussi remarqué que @BaptElie a analysé des données d'#outbreak #MPXV (#monkeypox en anglais) dans son récent travail dans @royalsociety #ProceedingsB sur les causes des émergences d'épidémies.
doi.org/10.1098/rspb.2…
4/N
Jusque 2022, la majeure partie des cas étaient lié à des régions d'Afrique où le virus persiste dans des réservoirs animaux (#rongeurs).
L'épidémie récente est, pour le moment, surtout en Europe et Amérique du Nord (cf leparisien.fr/societe/sante/… de @nicolasberrod).
5/N
On observe aussi une hausse des cas.
Mais ⚠️, à ce stade, les conclusions épidémiologiques sont très fragiles à cause des #biais de dépistage.
Plus on cherche de cas, plus on en trouve.
La hausse pourrait donc ne traduire qu'un effort de dépistage.
ourworldindata.org/explorers/monk…
6/N
Au passage, il s'agit de l'exact effet inverse observé actuellement avec le nombre de reproduction #Rt du #SARSCoV2 calculé sur les dépistages en France, en forte baisse avec le pont de l'Ascension.
7/N
En revanche, l'analyse des génomes #ADN du #virus peut nous aide dans ces stades précoces d'épidémie comme l'illustre le travail **non relu par les pairs** de @AineToole et @arambaut !
virological.org/t/initial-obse…
8/N
D'abord, l'#arbre phylogénétique (la #généalogie du virus) suggère que :
1) cette épidémie est dans un #clade dérivant d'une épidémie de 2017 issue du Nigéria,
2) le virus comporte un nombre très élevé de #mutations dans son génome (47, soit 7 fois plus qu'attendu).
9/N
42 de 47 de ces mutations (89 %) correspondent à des changement de dimères (2 nucléotides consécutifs) du type TC→TT ou GA→AA.
De tels patrons suggèrent l'action d'#APOBEC3, une enzyme connue pour son action anti-virale (en mutant les virus) .
fr.wikipedia.org/wiki/APOBEC
10/N
Quand ils analysent une précédente explosion épidémique (#outbreak), nos collègues évolutionnistes ne trouvent pas autant de mutations typiques d'#APOBEC3.
** non relu par les pairs **
virological.org/t/initial-obse…
11/N
Leur conclusion est que le nombre élevé de mutations type #APOBEC3 au sein des génomes de #MPXV circulant actuellement suggère qu'il y a déjà eu bien plus de #circulation #interhumaine que dans les émergences précédentes.
** non relu par les pairs **
12/N
Les inconnues sont nombreuses.
Quelle proportion des personnes infectées ont des #symptômes ?
Combien de cas secondaires sont causés par une infection #R0 ?
Quelle est la #virulence de l'infection et sa durée ?
** figure de @MT_Sofonea **
13/N
Au final, on notera que la #biologie de l'#évolution (via la #génomique) est, pour le moment, notre principale fenêtre dans la compréhension de cette #émergence épidémique mondiale !
14/N
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