Sur les cas de #variole #simesque (#MPXV) détectés de par le monde, quelques réflexions d'épidémiologie, de modélisation et d'évolution de l'équipe.

Car, pour le moment, ce sont surtout les #génomes viraux qui apportent des indications !

ecdc.europa.eu/en/news-events…

1/N Sans entrer dans les détails, ces infections sont causées par un (gros) #virus à #ADN.

Pour des détails cliniques et thérapeutiques, @MarcGozlan a un post très détaillé en #acceslibre 👇
lemonde.fr/blog/realitesb…

2/N

🌟 Combien de décès hospitaliers et de séjours en soins critiques la #VaccinationCovid a-t-elle permis d'éviter en France ?

doi.org/10.31219/osf.i…

Nous venons de finaliser une étude (non encore évaluée par les pairs ⚠️) pour essayer de l'estimer.

Un fil 1/n 🧵👇 L'efficacité des vaccins 💉contre les formes symptomatiques et sévères est bien établie. Toutefois, pour estimer le nombre de formes critiques évitées *en vie réelle*, il est indispensable d'intégrer de la réduction de la circulation virale conférée par la vaccination. 2/n

Peut-on mieux anticiper la dynamique hospitalière de #COVID19 à l’aide des données numériques de mobilité ?

Des travaux de Christian Selinger (@ird_fr) avec @samuel_alizon (@CNRS) et @choisy_marc (@OUCRU_Vietnam) sont publiés en août sur ce sujet.

ijidonline.com/article/S1201-…

1/N Grâce à un partenariat avec l’opération @DataForGood_FR de @FacebookFR et l’@umontpellier, l'équipe a pu valider un modèle qui vise à expliquer les variations des nombres quotidiens d’admission et de décès à l'hôpital pour #COVID19.

dataforgood.fr

2/N

Dans notre dernière étude publiée dans @Eurosurveillanc, journal de l'@ECDC_EU,
nous présentons 4 projections de #COVIDSIM calibré
avec l'avantage de transmission du #VariantDelta estimé à partir des données PCR du laboratoire #CERBA. 1/12
eurosurveillance.org/content/10.280… Les hypothèses communes sont plutôt optimistes : 1) la vaccination est rapide (66% de la population totale vaccinée 2 doses au 1e sept.),
2) aucun relâchement des gestes barrières n'a lieu avant au moins le 14 juil., 2/12

** non relu par les pairs **

En collaboration avec #CERBA et @CHU_Montpellier, grâce à @BaptElie, nous avons étudié la cinétique du #SARSCoV2 à partir des Ct de 17113 tests #PCR chez 8006 personnes.

Nous détectons des différences entre #variants.

medrxiv.org/content/10.110…
1/N La cinétique correspond aux variations de charge virale au cours du temps au sein d'une personne infectée.

Dans le cas du #SARSCoV2, une des premières analyses a été réalisée sur des patient⋅e⋅s par l'équipe de Jérémie Guedj à @IAME_Center.

pnas.org/content/118/8/…
2/N

Nous sommes interpellé⋅e⋅s à propos de la #virulence plus élevée du #variant de #SARSCoV2 B.1.1.7 (ou #voc).

Certain⋅e⋅s y voient des études "contradictoires".

Tour d’horizon rapide avec deux études qui nous semblent solides et deux études, disons... «médiatiques».

1/N La première étude du @bmj_latest a suivi plus de 54.000 patients et analysé la mortalité après 28 jours.

L’infection par B.1.1.7 multiplierait le risque de décès par 1,32 à 2,04 par rapport à l'infection par un virus d'une autre lignée.

bmj.com/content/372/bm…

2/N

Le preprint de notre analyse des #Ct des tests #RTPCR de #SARSCoV2, en partenariat avec la Société Française de Microbiologie et plus de 20 laboratoires de virologie français est maintenant en ligne. **NON RELU PAR LES PAIRS**

medrxiv.org/content/10.110…
1/N Nous y analysons des valeurs quantitatives de millions de tests #RTPCR effectués en France en 2020 : les Ct, ou cycles de doublement.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… (doc très clair en anglais)

publichealthontario.ca/-/media/docume… (doc en français)

**NON RELU PAR LES PAIRS**
2/N

Notre analyse de la progression des #variants en France à partir de tests réalisés par le laboratoire CERBA et le @CHU_Montpellier est en preprint et en revue.

La carte régionale de la fréquence estimée des variants au 20 fév (scénario conservateur).

medrxiv.org/content/10.110…
1/N Nous avons analysé les facteurs de risques et, comme @SantePubliqueFr trouvons que la proportion de variants est plus élevée chez les plus jeunes.

Cela a aussi été décrit en Angleterre.

On ne peut pas encore trancher entre des raisons biologiques et épidémiologiques.

2/N

Au 8 Fév, la France avait contribué un peu plus de 5.000 génomes de #SARSCoV2 sur la base de données internationale @GISAID

Énième illustration de l'abandon de la recherche et de la santé publiques, même depuis Déc 2020, nous sommes à 236 génomes partagés par semaine.

1/N Depuis le 5 Fev, le séquençage est remboursé (avant, CHU et labos en étaient pour leur frais).

Mais le séquençage #Sanger (500 nucléotides donc 2% du génome du virus) est remboursé à 200 € comme le séquençage #NGS (>28.000 positions du génome).

legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTE…
2/N

Notre site #COVIDici permet de visualiser l’épidémie de #COVID19 par région et département, ainsi que de visualiser les tendances sur 2 semaines basé sur notre modèle épidémiologique.

Merci à @Occitanie et à @IFB_Bioinfo pour leur aide !

cloudapps.france-bioinformatique.fr/covidici/

1/N #Thread Sur #COVIDici, la courbe n’est pas un bête lissage des données mais issue d’un modèle mécanistique.

Il est donc normal qu’à des endroits les prévisions soient loin des données. Cela permet d'avancer en cherchant pourquoi cet endroit est différent.

medrxiv.org/content/10.110…
2/N

Estimations et projections de COVIDSIM (medrxiv.org/content/10.110…) au 21 janvier 2021. 1/N Le nombre de reproduction R est estimé à 1,09 [1,06 – 1,12], en concordance avec les approches statistiques. 2/N

First analyses support the idea that #B117 #SARSCoV2 #VOC has an increased transmissibility but unchanged clinical severity compared to already circulating variants. Is really an increase in transmission more problematic than an increase in lethality? Well, it depends. Thread 1/N To keep things simple, let us, once again, take the canonical SIR model (Kermack & McKendrick, 1927) and look at how the cumulative mortality of COVID-19 would vary through time assuming no initial immunity (nor vaccination) but public health measures such that R < R0 = 3. 2/N

Le #variant #B117 de #SARSCoV2 détecté outre-Manche fait la une.

Des modèles de fin Déc suggèrent que son R0 est plus de 50 % supérieur aux autres variants.

Cause ou conséquence ? Le variant s’est-il fixé « par hasard » ou de par son avantage ?

On en sait un peu plus.

1/N Le #variant #B117 a été détecté car 25 % des tests #PCR britanniques ont 3 cibles dans le génome viral et, pour le #B117, 2 sur 3 sont positives. Mais seul le séquençage permet d’être sûr.

Selon @PHE_uk, en Oct, 3 % des tests douteux étaient liés à #B117, en Déc > 95 %

2/N

Comment pourrait évoluer la #virulence du #SARSCoV2 pour l'homme ?

Quelques éléments de réponse dans ce #thread.

Pour des détails, il y a notre Rapport 12 du mois d'août :
covid-ete.ouvaton.org/Rapport12.html

1/N La #virulence est le mal qu’un parasite (virus, bactérie,...) fait à son hôte.

Dans le cas du #SARS-CoV-2, on peut la mesurer via le risque d’être hospitalisé ou de décéder. Sachant que cela dépend fortement de l’âge.
thelancet.com/journals/lanin…
2/N

Si la tendance de hausse lente de l'épidémie observée depuis décembre se maintient (R entre 1,0 et 1,1), contrairement à la première vague les services hospitaliers demeureront sous tension (3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév selon un scénario médian). 1/5 thread Si on rajoute un effet du réveillon de Noël (supposons R = 1,5 pendant 2 jours), cela suffirait malheureusement à faire repartir l'épidémie avec un risque prononcé d'avoir plus de 3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév. 2/5

Le 8 Déc, le Directeur Général Délégué à l’Innovation du @CNRS a écrit pour vendre le plan du gouvernement de 300 M€ pour "préserver l’emploi dans la R&D".

Traduction : amplifier la #fraude_fiscale du crédit impôt recherche #CIR.

Avec un beau lapsus en prime (page 2) !

1/n M. Jean-Luc Moullet, le délégué à l’innovation en question, est une incarnation du « pantouflage » à la française.

cnrs.fr/fr/personne/je…

2/n

Le temps de division par 2 des hospitalisations #COVID19 est d'environ 50 jours avec les chiffres du 6 Déc (état de l'épidémie la semaine du 16 Nov).

L'épidémie ralentit moins vite que les deux semaines précédentes où les temps étaient respectivment de 12,5 et 21 jours.

1/n Si on regarde les admissions en réanimation, l'effet est moins prononcé avec une taille d'épidémie qui se divise par deux tous les 25 jours (contre 12 et 17 jours les deux semaines précédentes).

Toutefois, il y a aussi plus de bruit car moins de cas...

2/n

À partir des chiffres hospitaliers et des décès jusqu’au 17 nov, nous estimons avec #COVIDSIM un Rt national de 0.82 [0.70 - 0.89] avec actuellement entre 180.000 et 380.000 porteuses de l’infection et de 11.800 à 30.700 nouvelles infections par jour. 1/n Thread Ceci correspond à notre scénario "plus réaliste" mais "optimiste" d'autant que la baisse du nombre de reproduction semble avoir été amorcée avant le début du confinement (effet #couvrefeux et/ou #vacances). 2/n

Probablement du fait de la baisse des températures, les pays européens augmentent les mesures de restriction contre #Covid_19 (couvre-feux, confinement suggéré, imposé...).

Une grosse différence réside dans le #seuil de déclenchement de ces mesures strictes.

1/n Thread Pour la variation des mesures de contrôle, il existe une visualisation par @OurWorldInData avec un indice de sévérité de la réponse (même si cet indice reste relativement arbitraire).

2/n
ourworldindata.org/grapher/covid-…

Dans @lemondefr, @JeanCASTEX déclare qu'il était « extrêmement difficile d’anticiper » la #deuxiemevague de #COVID19. Petit retour sur les prévisions de @santeprevention et du Conseil Scientifique depuis juillet... 1/n Thread
lemonde.fr/politique/arti… 27 Juillet, le Conseil Scientifique écrit dans on avis n°8 : "A moyen terme, cet avis envisage ce que pourrait être une reprise de la circulation du virus à un haut niveau à l'automne 2020."
solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
2/n

Ralentissement encore plus prononcé des temps de doublement de l'épidémie calculés sur les hospitalisations #COVID19 au niveau national au 10 nov. : environ 51 jours sur les 7 derniers jours, contre 21 jours la semaine précédente et 10 jours lors de l'annonce du confinement.
1/10 Rappelons que l'effet du confinement national n'est pas encore visible : les hospitalisations du 3 au 10 novembre reflètent l'état de l'épidémie entre le 16 et 31 octobre environ car il s'écoule entre 10 à 18 entre infection et hospitalisation.
2/10
medrxiv.org/content/10.110…