Thread by @ete_fr

Sur les cas de #variole #simesque (#MPXV) détectés de par le monde, quelques réflexions d'épidémiologie, de modélisation et d'évolution de l'équipe.

Car, pour le moment, ce sont surtout les #génomes viraux qui apportent des indications !

ecdc.europa.eu/en/news-events…

1/N

Sans entrer dans les détails, ces infections sont causées par un (gros) #virus à #ADN.

Pour des détails cliniques et thérapeutiques, @MarcGozlan a un post très détaillé en #acceslibre 👇
lemonde.fr/blog/realitesb…

2/N

Les épidémies de #MPXV sont beaucoup étudiées par les modélisateurs car elles ont, habituellement, un #R0<1. Autrement dit, on s'attend à ce qu'elles régressent vite.

Notre collègue @jlloydsmith les a beaucoup analysées :
journals.plos.org/ploscompbiol/a…
3/N

Si vous nous suivez, vous aurez aussi remarqué que @BaptElie a analysé des données d'#outbreak #MPXV (#monkeypox en anglais) dans son récent travail dans @royalsociety #ProceedingsB sur les causes des émergences d'épidémies.

doi.org/10.1098/rspb.2…

4/N

Jusque 2022, la majeure partie des cas étaient lié à des régions d'Afrique où le virus persiste dans des réservoirs animaux (#rongeurs).

L'épidémie récente est, pour le moment, surtout en Europe et Amérique du Nord (cf leparisien.fr/societe/sante/… de @nicolasberrod).

5/N

On observe aussi une hausse des cas.

Mais ⚠️, à ce stade, les conclusions épidémiologiques sont très fragiles à cause des #biais de dépistage.

Plus on cherche de cas, plus on en trouve.

La hausse pourrait donc ne traduire qu'un effort de dépistage.

ourworldindata.org/explorers/monk…
6/N

Au passage, il s'agit de l'exact effet inverse observé actuellement avec le nombre de reproduction #Rt du #SARSCoV2 calculé sur les dépistages en France, en forte baisse avec le pont de l'Ascension.

7/N

En revanche, l'analyse des génomes #ADN du #virus peut nous aide dans ces stades précoces d'épidémie comme l'illustre le travail **non relu par les pairs** de @AineToole et @arambaut !

virological.org/t/initial-obse…
8/N

D'abord, l'#arbre phylogénétique (la #généalogie du virus) suggère que :

1) cette épidémie est dans un #clade dérivant d'une épidémie de 2017 issue du Nigéria,

2) le virus comporte un nombre très élevé de #mutations dans son génome (47, soit 7 fois plus qu'attendu).

9/N

42 de 47 de ces mutations (89 %) correspondent à des changement de dimères (2 nucléotides consécutifs) du type TC→TT ou GA→AA.

De tels patrons suggèrent l'action d'#APOBEC3, une enzyme connue pour son action anti-virale (en mutant les virus) .

fr.wikipedia.org/wiki/APOBEC
10/N

Quand ils analysent une précédente explosion épidémique (#outbreak), nos collègues évolutionnistes ne trouvent pas autant de mutations typiques d'#APOBEC3.

** non relu par les pairs **

virological.org/t/initial-obse…

11/N

Leur conclusion est que le nombre élevé de mutations type #APOBEC3 au sein des génomes de #MPXV circulant actuellement suggère qu'il y a déjà eu bien plus de #circulation #interhumaine que dans les émergences précédentes.

** non relu par les pairs **

12/N

Les inconnues sont nombreuses.

Quelle proportion des personnes infectées ont des #symptômes ?

Combien de cas secondaires sont causés par une infection #R0 ?

Quelle est la #virulence de l'infection et sa durée ?

** figure de @MT_Sofonea **

13/N

Au final, on notera que la #biologie de l'#évolution (via la #génomique) est, pour le moment, notre principale fenêtre dans la compréhension de cette #émergence épidémique mondiale !

14/N

https://twitter.com/INEE_CNRS/status/1379781009688862724?s=20&t=2JkhS2I7e9zaeH_urvu9LQ