Thread by @T_Fiolet

Bon je viens de lire un peu un scénario catastrophe sur le #COVID19fr dans une nouvelle publi de Science...

Aux USA, en l'absence de traitement ou vaccin, les mesures de distanciation sociale devraient être maintenue jusqu'en 2022 dans les simulations !

science.sciencemag.org/content/early/…

Autre point important : l'évolution de l'épidémie dans les prochaines années va surtout dépendre de la durée de l'immunité acquise pour le SRAS-CoV-2 et d'une éventuelle immunité croisée avec les autres béta-coronavirus et de la capacité de soins intensifs des pays

Dans tous les scénarios modélisés, le SRAS-CoV-2 était capable de provoquer une épidémie importante, peu importe le moment d'établissement du virus

Si l'immunité au SRAS-CoV-2 n'est pas permanente, le COVID-19 entrera en circulation régulièrement

Une immunité à court terme (40 semaines) favorise l’établissement de pics annuels de SRAS-CoV-2

Une Immunité de 2 ans est associée à des épidémies biennales

Une immunité permanente ferait disparaître le virus dans 5 ans ou plus

Je vais expliquer la construction de l'étude :

Il va falloir s'accrocher parce que c'est du modèle SIR en version hard. Ils ont utilisé ici un modèle multi-souche pour les coronavirus HCoV-OC43, HKU1 et SRAS-CoV-2

ça fait écho avec ma vidéo où j'explique le SIR :

Ici on a un modèle SEIHR :
S pour Sains
E Exposés
I Infectés
H Hospitalisés
R Guéris

Quand on est à l'état E, on peut soit aller dans le bras :
R des symptômes légers "recovered" (96% des cas)
H Hospitalisé (3%)
C Soins critiques (1%)

L'incidence historique des coronavirus OC43 et HKU1 a été estimée avec le nombre de tests positifs aux USA sur 5 ans entre octobre et mai (et pondérée par les visites chez le médecins). Ils ont pu estimer le taux de reproduction de base R0 et effectif Re

L'incidence ci-dessus a été modélisée par fonction spline

Re = force de transmission au cours du temps

Pic de R0 en octobre novembre et creux entre février et mai pour les deux coronavirus du rhume
Pour UKU1 : R0 médian = 1,85 (pic)
Pour OC43 : R0 médian = 1,56 (pic)

Ils ont simulé sur 20 ans la transmission de UKU1 et OC43 puis ont introduit le SRAS-CoV-2 comme 3è souche dans le modèle que je vous ai montré au-dessus

Ils ont fait plusieurs scénarios en faisant varier :
- l'effet saisonnier
- la durée de l'immunité acquise
- immunité croisée

Paramètres pour le SRAS-CoV-2 choisis :
Période de latence : 4,6j
Période infectieuse : 5j
Heure de transmission soutenue : 11 mars 2020

Dans tous les scénarios modélisés, le SRAS-CoV-2 était capable de provoquer une épidémie importante, peu importe le moment d'établissement

Une variation saisonnière élevée de la transmission (effet saisonnier) entraîne une incidence de pic plus faible pendant la première vague pandémique, mais des épidémies récurrentes plus importantes en hiver

Une bonne nouvelle quand même :
Si le SRAS-CoV-2 induit une immunité croisée contre HCoV-OC43 et HCoV-HKU1, l'incidence de tous les béta-coronavirus pourrait diminuer et même pratiquement disparaître

Si l'immunité contre le SRAS-CoV-2 ne dure que 2 ans, une immunité croisée légère (30%) contre le HCoV-OC43 et le HCoV-HKU1 pourrait éliminer efficacement la transmission du SRAS-CoV-2 jusqu'à 3 ans avant une résurgence en 2024

Dans tous les scénarios, il y a eu une résurgence de l'infection lorsque les mesures de distanciation sociale simulées ont été levées.

Période de distanciation sociale = en bleu
Pic de SRAS-CoV-2 = en vert

Dans le cas d'une période de distanciation sociale de 20 semaines avec une réduction de 60% de R0, l'amplitude de la résurgence était presque la même que si l'épidémie n'était pas contrôlée : pourquoi ?

Parce que la distance sociale serait "trop" efficace et qu'il n'y aurait pas assez de cas et donc de possibilité de mise en place d'immunité populationnelle (une hypothèse avancée par les auteurs !)

Une solution à défaut des traitements/vaccins :

L'augmentation de la capacité de soins intensifs (figures C et D) a permis d'accumuler plus rapidement l'immunité de la population, réduisant la durée globale de l'épidémie et la durée totale des mesures de distanciation sociale

Il faut avoir en tête que ce ne sont que des modèles : des possibilités qui peuvent encore changer !

L'étude comporte plusieurs limites :
❌ étude sur 5 ans : 5 saisons
❌ résultats extrapolables que dans les régions tempérées (bon bah chez nous)

❌ L'incidence a été estimée par le nombre de tests positifs. On ne connaît pas la vraie incidence totale
❌ Pas de modèle structuré par âge, ni de modèle spatial (géographie)
❌ pas de prise en compte de l'ouverture des écoles, ou du trafic aérien