Thread by @T_Fiolet

DECRYPTAGE et RESUME de l'étude observationnelle du Prof. #Raoult sur 80 patients Marseillais traités à l'#Hydroxychloroquine

83% des patients négatifs à la RT-PCR (test d'ARN du #COVID19france) à J7 et 93% au J8

Un préprint critiquable... mediterranee-infection.com/pre-prints-ihu/

L'article conclut "nous confirmons l'efficacité de l'hydroxychloroquine associée à l'azithromycine dans le traitement de COVID-19"

Non, impossible de conclure ça, dans cette étude OBSERVATIONNELLE (ce n'est pas un essai clinique), il n'y a pas de traitement contrôle comparatif

L'essai a évalué la sévérité des symptômes avec le Score NEWS (national early warning score) :
0-4 : risque faible
5-6 : risque moyen
>6 : risque élevé
researchgate.net/publication/33…

La charge virale a été suivie par RT-PCR où l'on obtient le Ct (seuil de cycle)

Dans un test de réaction en Chaîne par Polymérase, une réaction positive est détectée par accumulation d'un signal. Le Ct est le nombre de cycle requis pour que le signal dépasse un niveau de fond. Plus le Ct est bas, plus la quantité d'ARN virale est importante

Les patients avec un Ct>34 sont classés comme négatif au COVID-19 d'après Raoult

Ct <34 = contagieux

Attention la présence d'ARN viral ne veut pas dire que la personne est forcément infectieuse

Tous les patients ont reçu l’hydroxychloroquine/azithromycine pendant au moins 3j

Résultats : 80 patients hospitalisés entrés entre le 3 et 22 mars (77 à l’hôpital et 3 à l’unité COVID-19)

▪️ Médiane d’âge 52 ans
▪️ Durée entre les premiers symptômes et l’hospitalisation = 5j (max 17j)
▪️ Durée entre symptômes et début du traitement 4.9j

94% des patients traités le 1er jour d'admission
53,8% d’infection des voies respiratoires inf (pneumonie)
41.2% d’infection des voies respiratoires supérieure
⚠️ 4% d’asymptomatiques

92% ont un faible score NEWS = symptômes légers

Au final, 81.3% ont quitté l’hôpital (la plupart avait un score faible NEWS) mais 3 patients ont été transférés en Unité de Soins Intensifs et 1 décès (personne de 86 ans)

Moyenne de Ct à la PCR : 23,4
Je préfère une médiane qui n'est pas sensible aux outliers

83% des patients négatifs à la RT-PCR (test d'ARN du #COVID19france) à J7 et 93% au J8

⚠️
Figure vraiment difficilement lisible (voire trompeuse) :
1- Axe à droite pour le % de patients positifs qui varie entre -20% et 120% et qui n'est pas aligné avec l'autre axe...

C'est étrange que le nombre de personnes testées diminue fortement, je suppose qu'elles sont sorties de l'hôpital mais on n'a pas la % de personnes sorties par jour ("discharged")

Les traits bleus que j'ai rajouté = % de patients positifs

On ne sait pas si le % est rapporté au total de 80 patients ou s'il est rapport au nombre de personnes testées par jour !!

J'ai retracé le graphe :
Ligne rouge = rapportée à 80 patients
Ligne bleu = rapportée au nombre de personnes testées au cours du temps

J'ai l'impression que les auteurs ont calculé le % sur les 80 patients

Une autre limite : les patients étaient considérés comme guéris après 2 PCR négatives puis le critère a changé

La PCR du prélèvement nasopharyngé n'est pas suffisant pour dire si un individu reste infectieux

Côté stat, on pourrait aller plus loin qu'un simple calcul d'un R2 (coefficient de détermination = coeff de corrélation au ²)

On n'a pas autant de détails que dans un papier publié dans le NEJM ou le JAMA 😂

Et surtout on ne peut rien conclure sur l'efficacité de l'hydroxychloroquine (pas de contrôle), ça peut tout simplement être dû au hasard ou la guérison naturelle avec le système immunitaire qui se défend

De plus on n'a pas de différences majeures avec les autres études

A noter qu'en Chine, l'hydroxychloroquine n'a pas été rapportée dans les études publiées en peer-review dans les plus grands journaux. Les traitements donnés étaient :
- oseltamivir (tamiflu) : contre la grippe
- ganciclovir : contre les infections à cytomégalovirus

- lopinavir-ritonavir : contre le VIH
- interféron gamma
- plasma

- NEJM (n=1099) : nejm.org/doi/full/10.10…
- The Lancet (n=41) : thelancet.com/journals/lance…
- The Lancet (n=99) thelancet.com/journals/lance…
Correspondance dans le jama (5 cas critiques décrits) : jamanetwork.com/journals/jama/…